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基于代谢组学数据的复杂植物性状的回归建模

Regression-Based Modeling of Complex Plant Traits Based on Metabolomics Data.

作者信息

de Abreu E Lima Francisco, Leifels Lydia, Nikoloski Zoran

机构信息

Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Potsdam-Golm, Germany.

Bioinformatics Group, Institute of Biochemistry and Biology, University of Potsdam, Potsdam, Germany.

出版信息

Methods Mol Biol. 2018;1778:321-327. doi: 10.1007/978-1-4939-7819-9_23.

DOI:10.1007/978-1-4939-7819-9_23
PMID:29761449
Abstract

Bridging metabolomics with plant phenotypic responses is challenging. Multivariate analyses account for the existing dependencies among metabolites, and regression models in particular capture such dependencies in search for association with a given trait. However, special care should be undertaken with metabolomics data. Here we propose a modeling workflow that considers all caveats imposed by such large data sets.

摘要

将代谢组学与植物表型反应联系起来具有挑战性。多变量分析考虑了代谢物之间现有的相关性,特别是回归模型在寻找与给定性状的关联时捕捉到了这种相关性。然而,对于代谢组学数据应格外小心。在此,我们提出一种建模工作流程,该流程考虑了此类大数据集带来的所有注意事项。

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