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利用平均核苷酸同一性改进美国国立生物技术信息中心原核生物基因组的分类归属。

Using average nucleotide identity to improve taxonomic assignments in prokaryotic genomes at the NCBI.

作者信息

Ciufo Stacy, Kannan Sivakumar, Sharma Shobha, Badretdin Azat, Clark Karen, Turner Seán, Brover Slava, Schoch Conrad L, Kimchi Avi, DiCuccio Michael

机构信息

National Center of Biotechnology Information, National Institutes of Health, 9600 Rockville Pike, Bethesda, MD, 20892, USA.

出版信息

Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Jul;68(7):2386-2392. doi: 10.1099/ijsem.0.002809. Epub 2018 May 24.

DOI:10.1099/ijsem.0.002809
PMID:29792589
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6978984/
Abstract

Average nucleotide identity analysis is a useful tool to verify taxonomic identities in prokaryotic genomes, for both complete and draft assemblies. Using optimum threshold ranges appropriate for different prokaryotic taxa, we have reviewed all prokaryotic genome assemblies in GenBank with regard to their taxonomic identity. We present the methods used to make such comparisons, the current status of GenBank verifications, and recent developments in confirming species assignments in new genome submissions.

摘要

平均核苷酸一致性分析是一种用于验证原核生物基因组分类身份的有用工具，适用于完整组装和草图组装。通过使用适合不同原核生物分类群的最佳阈值范围，我们对GenBank中所有原核生物基因组组装的分类身份进行了审查。我们介绍了进行此类比较所使用的方法、GenBank验证的现状以及在确认新提交基因组中的物种分类方面的最新进展。

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