• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

解旋酶连接上游开放阅读框和RNA结构。

A helicase links upstream ORFs and RNA structure.

作者信息

Jankowsky Eckhard, Guenther Ulf-Peter

机构信息

Center for RNA Science and Therapeutics, School of Medicine, Case Western Reserve University, Cleveland, OH, 44106, USA.

EMBL, Heidelberg, Germany.

出版信息

Curr Genet. 2019 Apr;65(2):453-456. doi: 10.1007/s00294-018-0911-z. Epub 2018 Nov 27.

DOI:10.1007/s00294-018-0911-z
PMID:30483885
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6446933/
Abstract

Upstream open reading frames (uORFs) in 5' UTRs of eukaryotic mRNAs are increasingly recognized as important elements that regulate cellular protein synthesis. Since uORFs can start from non-AUG codons, an enormous number of potential uORF initiation sites exists in 5'UTRs. However, only a subset of these sites is used and it has been unclear how actual start sites are selected. Studies of the DEAD-box helicase Ded1p from S. cerevisiae show that translation of uORFs with non-AUG initiation codons occurs upstream of mRNA structures that emerge with defective Ded1p. The data designate mRNA structure as important determinant for non-AUG initiation sites of uORFs. Ded1p can control this RNA structure and thereby regulate uORF translation.

摘要

真核生物mRNA 5'非翻译区(UTR)中的上游开放阅读框(uORF)越来越被认为是调节细胞蛋白质合成的重要元件。由于uORF可以从非AUG密码子起始,5'UTR中存在大量潜在的uORF起始位点。然而,这些位点中只有一部分被使用,目前尚不清楚实际的起始位点是如何被选择的。对酿酒酵母中DEAD盒解旋酶Ded1p的研究表明,具有非AUG起始密码子的uORF的翻译发生在因Ded1p缺陷而出现的mRNA结构的上游。这些数据表明mRNA结构是uORF非AUG起始位点的重要决定因素。Ded1p可以控制这种RNA结构,从而调节uORF的翻译。

相似文献

1
A helicase links upstream ORFs and RNA structure.解旋酶连接上游开放阅读框和RNA结构。
Curr Genet. 2019 Apr;65(2):453-456. doi: 10.1007/s00294-018-0911-z. Epub 2018 Nov 27.
2
The helicase Ded1p controls use of near-cognate translation initiation codons in 5' UTRs.解旋酶 Ded1p 控制 5'UTR 中近同功翻译起始密码子的使用。
Nature. 2018 Jul;559(7712):130-134. doi: 10.1038/s41586-018-0258-0. Epub 2018 Jun 27.
3
Temperature-dependent regulation of upstream open reading frame translation in S. cerevisiae.温度依赖性调节酿酒酵母中上游开放阅读框的翻译。
BMC Biol. 2019 Dec 6;17(1):101. doi: 10.1186/s12915-019-0718-5.
4
Conserved non-AUG uORFs revealed by a novel regression analysis of ribosome profiling data.新型核糖体图谱数据分析揭示的保守非 AUG uORFs。
Genome Res. 2018 Feb;28(2):214-222. doi: 10.1101/gr.221507.117. Epub 2017 Dec 18.
5
uORF-seqr: A Machine Learning-Based Approach to the Identification of Upstream Open Reading Frames in Yeast.uORF-seqr:一种基于机器学习的酵母上游开放阅读框识别方法。
Methods Mol Biol. 2021;2252:313-329. doi: 10.1007/978-1-0716-1150-0_15.
6
eIF1 discriminates against suboptimal initiation sites to prevent excessive uORF translation genome-wide.真核起始因子 1 区分非最佳起始位点以防止全基因组范围内非翻译起始区翻译过度。
RNA. 2020 Apr;26(4):419-438. doi: 10.1261/rna.073536.119. Epub 2020 Jan 8.
7
Post-termination ribosome interactions with the 5'UTR modulate yeast mRNA stability.终止后核糖体与5'非翻译区的相互作用调节酵母mRNA的稳定性。
EMBO J. 1999 Jun 1;18(11):3139-52. doi: 10.1093/emboj/18.11.3139.
8
Impacts of uORF codon identity and position on translation regulation.uORF 密码子的身份和位置对翻译调控的影响。
Nucleic Acids Res. 2019 Sep 26;47(17):9358-9367. doi: 10.1093/nar/gkz681.
9
Genome-wide identification of Arabidopsis non-AUG-initiated upstream ORFs with evolutionarily conserved regulatory sequences that control protein expression levels.全基因组鉴定拟南芥中具有进化保守调控序列的非AUG起始上游开放阅读框,这些调控序列控制蛋白质表达水平。
Plant Mol Biol. 2023 Jan;111(1-2):37-55. doi: 10.1007/s11103-022-01309-1. Epub 2022 Aug 31.
10
High-Throughput Quantitation of Yeast uORF Regulatory Impacts Using FACS-uORF.使用 FACS-uORF 高通量定量酵母 uORF 调控影响。
Methods Mol Biol. 2022;2404:331-351. doi: 10.1007/978-1-0716-1851-6_18.

引用本文的文献

1
Identification of RNA structures and their roles in RNA functions.RNA结构的鉴定及其在RNA功能中的作用。
Nat Rev Mol Cell Biol. 2024 Oct;25(10):784-801. doi: 10.1038/s41580-024-00748-6. Epub 2024 Jun 26.
2
Secondary structures that regulate mRNA translation provide insights for ASO-mediated modulation of cardiac hypertrophy.调节 mRNA 翻译的二级结构为反义寡核苷酸介导的心脏肥大调控提供了思路。
Nat Commun. 2023 Oct 3;14(1):6166. doi: 10.1038/s41467-023-41799-1.
3
Secondary structures that regulate mRNA translation provide insights for ASO-mediated modulation of cardiac hypertrophy.

本文引用的文献

1
Genome-wide maps of ribosomal occupancy provide insights into adaptive evolution and regulatory roles of uORFs during Drosophila development.核糖体占据的全基因组图谱为研究果蝇发育过程中 uORFs 的适应性进化和调控作用提供了新的视角。
PLoS Biol. 2018 Jul 20;16(7):e2003903. doi: 10.1371/journal.pbio.2003903. eCollection 2018 Jul.
2
The helicase Ded1p controls use of near-cognate translation initiation codons in 5' UTRs.解旋酶 Ded1p 控制 5'UTR 中近同功翻译起始密码子的使用。
Nature. 2018 Jul;559(7712):130-134. doi: 10.1038/s41586-018-0258-0. Epub 2018 Jun 27.
3
Translation initiation by cap-dependent ribosome recruitment: Recent insights and open questions.
调节mRNA翻译的二级结构为反义寡核苷酸介导的心肌肥厚调节提供了见解。
bioRxiv. 2023 Jun 15:2023.06.15.545153. doi: 10.1101/2023.06.15.545153.
4
The translational landscape as regulated by the RNA helicase DDX3.由 RNA 解旋酶 DDX3 调控的翻译景观。
BMB Rep. 2022 Mar;55(3):125-135. doi: 10.5483/BMBRep.2022.55.3.188.
5
Mechanisms Mediating the Regulation of Peroxisomal Fatty Acid Beta-Oxidation by PPARα.介导过氧化物酶体脂肪酸β-氧化的 PPARα 调节机制。
Int J Mol Sci. 2021 Aug 20;22(16):8969. doi: 10.3390/ijms22168969.
6
ATP utilization by a DEAD-box protein during refolding of a misfolded group I intron ribozyme.DEAD-box 蛋白在错误折叠的 I 型内含子核酶折叠复性过程中的 ATP 利用。
J Biol Chem. 2021 Jan-Jun;296:100132. doi: 10.1074/jbc.RA120.015029. Epub 2020 Dec 5.
7
Pharmacological inhibition of DEAD-Box RNA Helicase 3 attenuates stress granule assembly.药理学抑制 DEAD-Box RNA 解旋酶 3 可减轻应激颗粒组装。
Biochem Pharmacol. 2020 Dec;182:114280. doi: 10.1016/j.bcp.2020.114280. Epub 2020 Oct 10.
帽依赖核糖体招募的翻译起始:最新的见解和未解决的问题。
Wiley Interdiscip Rev RNA. 2018 Jul;9(4):e1473. doi: 10.1002/wrna.1473. Epub 2018 Apr 6.
4
Loss-of-function uORF mutations in human malignancies.人类恶性肿瘤中功能丧失的 uORF 突变。
Sci Rep. 2018 Feb 5;8(1):2395. doi: 10.1038/s41598-018-19201-8.
5
Conserved non-AUG uORFs revealed by a novel regression analysis of ribosome profiling data.新型核糖体图谱数据分析揭示的保守非 AUG uORFs。
Genome Res. 2018 Feb;28(2):214-222. doi: 10.1101/gr.221507.117. Epub 2017 Dec 18.
6
Non-AUG translation: a new start for protein synthesis in eukaryotes.非AUG翻译:真核生物蛋白质合成的新起点。
Genes Dev. 2017 Sep 1;31(17):1717-1731. doi: 10.1101/gad.305250.117.
7
New developments in RAN translation: insights from multiple diseases.RAN翻译的新进展:来自多种疾病的见解
Curr Opin Genet Dev. 2017 Jun;44:125-134. doi: 10.1016/j.gde.2017.03.006. Epub 2017 Mar 30.
8
Decoding sORF translation - from small proteins to gene regulation.解码短开放阅读框翻译——从小蛋白到基因调控
RNA Biol. 2016 Nov;13(11):1051-1059. doi: 10.1080/15476286.2016.1218589. Epub 2016 Aug 12.
9
Coupling between the DEAD-box RNA helicases Ded1p and eIF4A.DEAD盒RNA解旋酶Ded1p与真核起始因子4A(eIF4A)之间的偶联
Elife. 2016 Aug 5;5:e16408. doi: 10.7554/eLife.16408.
10
Translational control by 5'-untranslated regions of eukaryotic mRNAs.真核生物 mRNAs 5'-非翻译区的翻译调控。
Science. 2016 Jun 17;352(6292):1413-6. doi: 10.1126/science.aad9868.