• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

木质纤维素降解子囊菌CAB 683的基因组序列草图

Draft Genome Sequence of the Lignocellulose-Degrading Ascomycete CAB 683.

作者信息

Borstlap Cornelius Johannes, de Witt Riaan Neethling, Botha Alfred, Volschenk Heinrich

机构信息

Department of Microbiology, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2019 Jan 3;8(1). doi: 10.1128/MRA.01429-18. eCollection 2019 Jan.

DOI:10.1128/MRA.01429-18
PMID:30637394
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6318365/
Abstract

is a soft-rot-causing ascomycete able to degrade lignocellulosic biomass. The first draft genome sequence of strain CAB 683 reported here has an estimated size of 30 Mb assembled into 852 scaffolds and 10,035 predicted protein-coding genes.

摘要

是一种能引起软腐的子囊菌,能够降解木质纤维素生物质。本文报道的菌株CAB 683的基因组草图序列估计大小为30 Mb,组装成852个支架和10035个预测的蛋白质编码基因。

相似文献

1
Draft Genome Sequence of the Lignocellulose-Degrading Ascomycete CAB 683.木质纤维素降解子囊菌CAB 683的基因组序列草图
Microbiol Resour Announc. 2019 Jan 3;8(1). doi: 10.1128/MRA.01429-18. eCollection 2019 Jan.
2
Draft Genome Sequence of the Sordariomycete () CBS 245.38.粪壳菌纲()CBS 245.38的基因组序列草图
Genome Announc. 2018 Feb 15;6(7):e01510-17. doi: 10.1128/genomeA.01510-17.
3
Draft Genome Sequence of Coniochaeta ligniaria NRRL 30616, a Lignocellulolytic Fungus for Bioabatement of Inhibitors in Plant Biomass Hydrolysates.木质素分解真菌 Coniochaeta ligniaria NRRL 30616 的基因组序列草图,用于生物去除植物生物质水解产物中的抑制剂
Genome Announc. 2017 Jan 26;5(4):e01476-16. doi: 10.1128/genomeA.01476-16.
4
Draft Genome Sequence of the Wood-Degrading Ascomycete DSM 104547.木腐子囊菌DSM 104547的基因组序列草图
Genome Announc. 2017 Oct 26;5(43):e01076-17. doi: 10.1128/genomeA.01076-17.
5
Draft Genome Sequence of a Chitinophaga Strain Isolated from a Lignocellulose Biomass-Degrading Consortium.从木质纤维素生物质降解菌群中分离出的噬几丁质菌菌株的基因组序列草图
Genome Announc. 2017 Jan 19;5(3):e01056-16. doi: 10.1128/genomeA.01056-16.
6
Draft Genome Sequence of Xylaria longipes DSM 107183, a Saprotrophic Ascomycete Colonizing Hardwood.长柄炭角菌DSM 107183的基因组草图序列,一种定殖于硬木的腐生子囊菌。
Microbiol Resour Announc. 2019 Mar 21;8(12):e00157-19. doi: 10.1128/MRA.00157-19.
7
Draft Genome Sequence of the Ectomycorrhizal Ascomycete .外生菌根子囊菌的基因组序列草图
Microbiol Resour Announc. 2019 Dec 12;8(50):e00857-19. doi: 10.1128/MRA.00857-19.
8
Genetic transformation of sp. 2T2.1, key fungal member of a lignocellulose-degrading microbial consortium.2T2.1菌株的遗传转化,木质纤维素降解微生物群落的关键真菌成员。
Biol Methods Protoc. 2019 Feb 18;4(1):bpz001. doi: 10.1093/biomethods/bpz001. eCollection 2019.
9
The genome sequence of the soft-rot fungus reveals a high gene dosage for lignocellulolytic enzymes.软腐真菌的基因组序列显示木质纤维素分解酶的基因剂量很高。
Mycology. 2018 Jan 9;9(1):59-69. doi: 10.1080/21501203.2017.1419995. eCollection 2018.
10
Genomic analysis of a lignocellulose degrading strain from the underexplored genus Meridianimaribacter.对一个来自研究较少的梅里迪安马希拉菌属的木质纤维素降解菌株进行基因组分析。
Genomics. 2020 Jan;112(1):952-960. doi: 10.1016/j.ygeno.2019.06.011. Epub 2019 Jun 13.

引用本文的文献

1
A snapshot of microbial diversity and function in an undisturbed sugarcane bagasse pile.未扰动的甘蔗渣堆中微生物多样性和功能的快照。
BMC Biotechnol. 2020 Feb 28;20(1):12. doi: 10.1186/s12896-020-00609-y.
2
Genome expansion by allopolyploidization in the fungal strain 2T2.1 and its exceptional lignocellulolytic machinery.真菌菌株2T2.1中异源多倍体化导致的基因组扩张及其独特的木质纤维素降解机制。
Biotechnol Biofuels. 2019 Sep 23;12:229. doi: 10.1186/s13068-019-1569-6. eCollection 2019.

本文引用的文献

1
BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs.BUSCO:利用单拷贝同源基因评估基因组组装和注释的完整性。
Bioinformatics. 2015 Oct 1;31(19):3210-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btv351. Epub 2015 Jun 9.
2
The Helvella lacunosa species complex in western North America: cryptic species, misapplied names and parasites.北美洲西部的 Helvella lacunosa 物种复合体:隐存种、误用名和寄生物。
Mycologia. 2013 Sep-Oct;105(5):1275-86. doi: 10.3852/12-391. Epub 2013 May 24.
3
dbCAN: a web resource for automated carbohydrate-active enzyme annotation.dbCAN:一个用于自动化碳水化合物活性酶注释的网络资源。
Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W445-51. doi: 10.1093/nar/gks479. Epub 2012 May 29.
4
SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.SPAdes:一种新的基因组组装算法及其在单细胞测序中的应用
J Comput Biol. 2012 May;19(5):455-77. doi: 10.1089/cmb.2012.0021. Epub 2012 Apr 16.
5
The lignicolous fungus Coniochaeta pulveracea and its interactions with syntrophic yeasts from the woody phylloplane.木质外生菌 Coniochaeta pulveracea 及其与木质叶层共生酵母的相互作用。
Microb Ecol. 2011 Oct;62(3):609-19. doi: 10.1007/s00248-011-9869-9. Epub 2011 May 18.
6
New insights into the ligninolytic capability of a wood decay ascomycete.木材腐朽子囊菌木质素分解能力的新见解。
Appl Environ Microbiol. 2007 Oct;73(20):6691-4. doi: 10.1128/AEM.01361-07. Epub 2007 Aug 31.
7
Phenolic Compound Utilization by the Soft Rot Fungus Lecythophora hoffmannii.软腐真菌 Lecythophora hoffmannii 对酚类化合物的利用。
Appl Environ Microbiol. 1988 Jul;54(7):1882-5. doi: 10.1128/aem.54.7.1882-1885.1988.
8
Mineralization of 14C-labelled synthetic lignin and extracellular enzyme activities of the wood-colonizing ascomycetes Xylaria hypoxylon and Xylaria polymorpha.14C标记的合成木质素的矿化作用以及木生子囊菌 Hypoxylon xylaria 和多形炭角菌(Xylaria polymorpha)的胞外酶活性。
Appl Microbiol Biotechnol. 2006 Jan;69(5):573-9. doi: 10.1007/s00253-005-0010-1. Epub 2005 Jul 14.