使用 BioDepot-Workflow-Builder 构建容器化工作流程。
Building Containerized Workflows Using the BioDepot-Workflow-Builder.
机构信息
School of Engineering and Technology, University of Washington, Tacoma, WA 98402, USA.
Icahn School of Medicine at Mount Sinai, 1468 Madison Ave, New York, NY 10029, USA.
出版信息
Cell Syst. 2019 Nov 27;9(5):508-514.e3. doi: 10.1016/j.cels.2019.08.007. Epub 2019 Sep 11.
Abstract
We present the BioDepot-workflow-builder (Bwb), a software tool that allows users to create and execute reproducible bioinformatics workflows using a drag-and-drop interface. Graphical widgets represent Docker containers executing a modular task. Widgets are linked graphically to build bioinformatics workflows that can be reproducibly deployed across different local and cloud platforms. Each widget contains a form-based user interface to facilitate parameter entry and a console to display intermediate results. Bwb provides tools for rapid customization of widgets, containers, and workflows. Saved workflows can be shared using Bwb's native format or exported as shell scripts.
摘要
我们介绍了 BioDepot-workflow-builder（Bwb），这是一款软件工具，允许用户使用拖放界面创建和执行可重复的生物信息学工作流程。图形小部件代表执行模块化任务的 Docker 容器。小部件通过图形链接构建生物信息学工作流程，可以在不同的本地和云平台上可重复部署。每个小部件都包含一个基于表单的用户界面，以方便参数输入和控制台显示中间结果。Bwb 提供了快速定制小部件、容器和工作流程的工具。保存的工作流程可以使用 Bwb 的本机格式共享，也可以导出为 shell 脚本。
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