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开源计算框架,用于研究行为阶段。

Open-source computational framework for studying behavioral phase.

机构信息

Mathematics Department, NYC College of Technology, City University of New York, Brooklyn, NY 11201, USA.

Advanced Science Research Center, The Graduate Center, City University of New York, New York, NY 10031, USA.

出版信息

STAR Protoc. 2021 Jan 22;2(1):100285. doi: 10.1016/j.xpro.2020.100285. eCollection 2021 Mar 19.

DOI:10.1016/j.xpro.2020.100285
PMID:33532734
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7829270/
Abstract

This protocol describes a standardized method for analyzing behavioral rhythmicity under light dark cycles, temperature ramps, and free running conditions. The protocol constitutes a step-by-step guide from generation of appropriate genetic crosses to behavioral experiments. We also provide an open-source computational framework using R for the analysis of the phase of behavior using circular statistics. An extended method for complete use is also provided. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Fernandez et al. (2020).

摘要

本方案描述了一种分析光暗循环、温度斜坡和自由运行条件下行为节律性的标准化方法。该方案从合适的遗传杂交产生到行为实验提供了一个逐步指南。我们还提供了一个使用 R 进行行为相位的循环统计分析的开源计算框架。还提供了一个完整使用的扩展方法。有关本方案使用和执行的完整详细信息,请参见 Fernandez 等人(2020 年)。

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