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相似文献

1
Endemic SARS-CoV-2 Polymorphisms Can Cause a Higher Diagnostic Target Failure Rate than Estimated by Aggregate Global Sequencing Data.地方性严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）多态性可能导致诊断靶点失败率高于全球总体测序数据估计的水平。
J Clin Microbiol. 2021 Jul 19;59(8):e0091321. doi: 10.1128/JCM.00913-21.
2
SARS-CoV-2 variants with T135I nucleocapsid mutations may affect antigen test performance.SARS-CoV-2 带有 T135I 核衣壳突变的变异株可能会影响抗原检测的性能。
Int J Infect Dis. 2022 Jan;114:112-114. doi: 10.1016/j.ijid.2021.11.006. Epub 2021 Nov 7.
3
A SARS-CoV-2 Nucleocapsid Variant that Affects Antigen Test Performance.一种影响抗原检测性能的 SARS-CoV-2 核衣壳变异株。
J Clin Virol. 2021 Aug;141:104900. doi: 10.1016/j.jcv.2021.104900. Epub 2021 Jun 17.
4
Assessment of two-pool multiplex long-amplicon nanopore sequencing of SARS-CoV-2.评估 SARS-CoV-2 两池复用长扩增子纳米孔测序。
J Med Virol. 2022 Jan;94(1):327-334. doi: 10.1002/jmv.27336. Epub 2021 Sep 23.
5
Clinical Validation of a SARS-CoV-2 Real-Time Reverse Transcription PCR Assay Targeting the Nucleocapsid Gene.一种针对核衣壳基因的新型冠状病毒实时逆转录聚合酶链反应检测方法的临床验证
J Appl Lab Med. 2020 Sep 1;5(5):889-896. doi: 10.1093/jalm/jfaa089.
6
SARS-CoV-2 N gene mutations impact detection by clinical molecular diagnostics: reports in two cities in the United States.SARS-CoV-2 N 基因突变影响临床分子诊断检测：来自美国两个城市的报告。
Diagn Microbiol Infect Dis. 2021 Nov;101(3):115468. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2021.115468. Epub 2021 Jul 5.
7
SARS-CoV-2 N gene dropout and N gene Ct value shift as indicator for the presence of B.1.1.7 lineage in a commercial multiplex PCR assay.SARS-CoV-2 N 基因缺失和 N 基因 Ct 值偏移作为商业多重 PCR 检测中存在 B.1.1.7 谱系的指标。
Clin Microbiol Infect. 2021 Sep;27(9):1353.e1-1353.e5. doi: 10.1016/j.cmi.2021.05.025. Epub 2021 May 24.
8
A rapid, cost-effective tailed amplicon method for sequencing SARS-CoV-2.一种快速、经济的 SARS-CoV-2 测序长尾扩增方法。
BMC Genomics. 2020 Dec 4;21(1):863. doi: 10.1186/s12864-020-07283-6.
9
Comparison of RNA In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Techniques for the Detection and Localization of SARS-CoV-2 in Human Tissues.RNA 原位杂交与免疫组织化学技术在检测和定位人组织中 SARS-CoV-2 的比较。
Am J Surg Pathol. 2021 Jan;45(1):14-24. doi: 10.1097/PAS.0000000000001563.
10
Assessing oligonucleotide designs from early lab developed PCR diagnostic tests for SARS-CoV-2 using the PCR_strainer pipeline.使用 PCR_strainer 管道评估早期实验室开发的用于 SARS-CoV-2 的 PCR 诊断检测的寡核苷酸设计。
J Clin Virol. 2020 Oct;131:104581. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104581. Epub 2020 Aug 21.

引用本文的文献

1
Wastewater Surveillance for SARS-CoV-2 in Northern Italy: An Evaluation of Three Different Gene Targets.意大利北部新冠病毒的废水监测：三种不同基因靶点的评估
Microorganisms. 2025 Jan 22;13(2):236. doi: 10.3390/microorganisms13020236.
2
SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Mutations Found in Switzerland Disrupt N-Gene Amplification in Commonly Used Multiplex RT-PCR Assay.在瑞士发现的严重急性呼吸综合征冠状病毒2核衣壳蛋白突变会干扰常用多重逆转录聚合酶链反应检测中的N基因扩增。
Pathogens. 2023 Nov 24;12(12):1383. doi: 10.3390/pathogens12121383.
3
A mutation responsible for impaired detection by the Xpert SARS-CoV-2 assay independently emerged in different lineages during the SARS-CoV-2 pandemic.一种导致 Xpert SARS-CoV-2 检测能力受损的突变，在 SARS-CoV-2 大流行期间，独立地在不同的谱系中出现。
BMC Microbiol. 2023 Jul 17;23(1):190. doi: 10.1186/s12866-023-02924-8.
4
Diagnostics and analysis of SARS-CoV-2: current status, recent advances, challenges and perspectives.严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的诊断与分析：现状、最新进展、挑战与展望
Chem Sci. 2023 May 3;14(23):6149-6206. doi: 10.1039/d2sc06665c. eCollection 2023 Jun 14.
5
Cycle Threshold (Ct) Values of SARS-CoV-2 Detected with the GeneXpert System and a Mutation Associated with Different Target Gene Failure.使用GeneXpert系统检测的新型冠状病毒2019（SARS-CoV-2）循环阈值（Ct）值以及与不同靶基因失败相关的一种突变
Curr Issues Mol Biol. 2023 May 7;45(5):4124-4134. doi: 10.3390/cimb45050262.
6
Deciphering a Case of SARS-CoV-2 Gene Dropout With the Xpert Xpress Assay.运用Xpert Xpress检测法解析一例新冠病毒基因缺失病例
Ann Lab Med. 2023 Jul 1;43(4):392-394. doi: 10.3343/alm.2023.43.4.392. Epub 2023 Feb 24.
7
Analytical performance of rapid nucleic acid detection assays and routine RT-qPCR assays for detection of SARS-CoV-2 in Shanghai, China in 2022.2022 年中国上海用于检测 SARS-CoV-2 的快速核酸检测和常规 RT-qPCR 检测分析性能。
Diagn Microbiol Infect Dis. 2023 Feb;105(2):115860. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2022.115860. Epub 2022 Nov 12.
8
Emergence of a mutation in the nucleocapsid gene of SARS-CoV-2 interferes with PCR detection in Canada.加拿大出现的一种 SARS-CoV-2 核衣壳基因突变会干扰 PCR 检测。
Sci Rep. 2022 Jun 27;12(1):10867. doi: 10.1038/s41598-022-13995-4.
9
Partial ORF1ab Gene Target Failure with Omicron BA.2.12.1.奥密克戎 BA.2.12.1 部分 ORF1ab 基因目标失败。
J Clin Microbiol. 2022 Jun 15;60(6):e0060022. doi: 10.1128/jcm.00600-22. Epub 2022 May 18.
10
Assessment of BIV1-CovIran inactivated vaccine-elicited neutralizing antibody against the emerging SARS-CoV-2 variants of concern.评估 BIV1-CovIran 灭活疫苗对新兴 SARS-CoV-2 关切变异株诱导的中和抗体。
Clin Microbiol Infect. 2022 Jun;28(6):882.e1-882.e7. doi: 10.1016/j.cmi.2022.02.030. Epub 2022 Mar 3.

本文引用的文献

1
S-Gene Target Failure as a Marker of Variant B.1.1.7 Among SARS-CoV-2 Isolates in the Greater Toronto Area, December 2020 to March 2021.S 基因目标失败作为 2020 年 12 月至 2021 年 3 月大多伦多地区 SARS-CoV-2 分离株中 B.1.1.7 变体的标志物。
JAMA. 2021 May 25;325(20):2115-2116. doi: 10.1001/jama.2021.5607.
2
Two-step strategy for the identification of SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 and other variants with spike deletion H69-V70, France, August to December 2020.2020 年 8 月至 12 月法国用于鉴定 202012/01 关注变异株和其他具有刺突缺失 H69-V70 的变异株的两步策略
Euro Surveill. 2021 Jan;26(3). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.3.2100008.
3
A Novel Point Mutation in the N Gene of SARS-CoV-2 May Affect the Detection of the Virus by Reverse Transcription-Quantitative PCR.新型冠状病毒N基因中的一个点突变可能影响逆转录定量PCR对该病毒的检测。
J Clin Microbiol. 2021 Mar 19;59(4). doi: 10.1128/JCM.03278-20.
4
SARS-CoV-2 samples may escape detection because of a single point mutation in the N gene.SARS-CoV-2 样本可能由于 N 基因中的单点突变而逃避检测。
Euro Surveill. 2020 Oct;25(39). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.39.2001650.
5
College of American Pathologists (CAP) Microbiology Committee Perspective: Caution Must Be Used in Interpreting the Cycle Threshold (Ct) Value.美国病理学家学会（CAP）微生物学委员会观点：解读循环阈值（Ct）值时必须谨慎。
Clin Infect Dis. 2021 May 18;72(10):e685-e686. doi: 10.1093/cid/ciaa1199.
6
A Recurrent Mutation at Position 26340 of SARS-CoV-2 Is Associated with Failure of the E Gene Quantitative Reverse Transcription-PCR Utilized in a Commercial Dual-Target Diagnostic Assay.SARS-CoV-2 第 26340 位的一个频发突变与商业双靶标诊断检测中 E 基因定量 RT-PCR 失败相关。
J Clin Microbiol. 2020 Sep 22;58(10). doi: 10.1128/JCM.01598-20.

Endemic SARS-CoV-2 Polymorphisms Can Cause a Higher Diagnostic Target Failure Rate than Estimated by Aggregate Global Sequencing Data.

作者信息

Rhoads Daniel D, Plunkett David, Nakitandwe Joy, Dempsey Andrew, Tu Zheng Jin, Procop Gary W, Bosler David, Rubin Brian P, Loeffelholz Michael J, Brock Jay E

机构信息

Pathology and Laboratory Medicine Institute, Cleveland Clinic, Cleveland, Ohio, USA.

Cepheid, Sunnyvale, California, USA.

出版信息

J Clin Microbiol. 2021 Jul 19;59(8):e0091321. doi: 10.1128/JCM.00913-21.

DOI:10.1128/JCM.00913-21
PMID:33972454
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8288267/
Abstract
摘要