基于 MATLAB 的脚本包 Grafeo 的多色三维 dSTORM 数据分析协议。

Institut Jean-Pierre Bourgin, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78000 Versailles, France.

STAR Protoc. 2021 Sep 9;2(3):100808. doi: 10.1016/j.xpro.2021.100808. eCollection 2021 Sep 17.

This protocol describes the step-by-step analysis of the multicolor (one-, two-, or three-color) two- and three-dimensional dSTORM (direct STochastic Optical Reconstruction Microscopy) data using MATLAB-based script package Grafeo. Grafeo primarily uses pointillist data visualization and analysis frameworks, including the nearest neighbors, approach, Voronoi tessellation, Delaunay triangulation, Ripley's (K, L) and two-point correlation functions, and graph-based clustering. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Peaucelle et al. (2020), Haas et al., 2018, Haas et al. (2020b).

本方案描述了使用基于 MATLAB 的脚本包 Grafeo 逐步分析多色（单、双或三色）二维和三维 dSTORM（直接随机光学重建显微镜）数据的过程。Grafeo 主要使用点状数据可视化和分析框架，包括最近邻、逼近、Voronoi 剖分、Delaunay 三角剖分、Ripley 的 (K, L) 和两点相关函数，以及基于图的聚类。有关使用和执行本方案的详细信息，请参考 Peaucelle 等人（2020 年）、Haas 等人，2018 年，Haas 等人。（2020b）。