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基于数据驱动的多种高维单细胞表达谱的比较。

Data-driven comparison of multiple high-dimensional single-cell expression profiles.

机构信息

Center for Genomic Medicine, Graduate School of Medicine, Kyoto University, Nanbusogo-Kenkyu-To-1, 5F, 53 Syogoin-Kawaramachi, Sakyo-ku, Kyoto, 606-8507, Japan.

出版信息

J Hum Genet. 2022 Apr;67(4):215-221. doi: 10.1038/s10038-021-00989-9. Epub 2021 Nov 1.

DOI:10.1038/s10038-021-00989-9
PMID:34719682
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8948086/
Abstract

Comparing multiple single-cell expression datasets such as cytometry and scRNA-seq data between case and control donors provides information to elucidate the mechanisms of disease. We propose a completely data-driven computational biological method for this task. This overcomes the challenges of conventional cellular subset-based comparisons and facilitates further analyses such as machine learning and gene set analysis of single-cell expression datasets.

摘要

比较病例和对照供体之间的多个单细胞表达数据集,如流式细胞术和 scRNA-seq 数据,可以提供阐明疾病机制的信息。我们为此任务提出了一种完全基于数据的计算生物学方法。这克服了传统基于细胞亚群比较的挑战,并促进了单细胞表达数据集的机器学习和基因集分析等进一步分析。

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