SimPlot++：一个用于表示序列相似性和检测重组的 Python 应用程序。
SimPlot++: a Python application for representing sequence similarity and detecting recombination.
机构信息
Department of Computer Sciences, Université du Québec à Montréal, Montreal, QC H3T 1N8, Canada.
Agriculture and Agri-Food Canada, Saint-Jean-sur-Richelieu, QC J3B 3E6, Canada.
出版信息
Bioinformatics. 2022 May 26;38(11):3118-3120. doi: 10.1093/bioinformatics/btac287.
MOTIVATION
Accurate detection of sequence similarity and homologous recombination are essential parts of many evolutionary analyses.
RESULTS
We have developed SimPlot++, an open-source multiplatform application implemented in Python, which can be used to produce publication quality sequence similarity plots using 63 nucleotide and 20 amino acid distance models, to detect intergenic and intragenic recombination events using Φ, Max-χ2, NSS or proportion tests, and to generate and analyze interactive sequence similarity networks. SimPlot++ supports multicore data processing and provides useful distance calculability diagnostics.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
SimPlot++ is freely available on GitHub at: https://github.com/Stephane-S/Simplot_PlusPlus, as both an executable file (for Windows) and Python scripts (for Windows/Linux/MacOS).
动机
准确检测序列相似性和同源重组是许多进化分析的重要组成部分。
结果
我们开发了 SimPlot++，这是一个用 Python 实现的开源跨平台应用程序，它可以使用 63 个核苷酸和 20 个氨基酸距离模型生成出版物质量的序列相似性图，使用 Φ、Max-χ2、NSS 或比例测试来检测基因间和基因内重组事件，并生成和分析交互式序列相似性网络。SimPlot++支持多核数据处理，并提供有用的距离计算诊断。
可用性和实现
SimPlot++可在 GitHub 上免费获得：https://github.com/Stephane-S/Simplot_PlusPlus，提供可执行文件（适用于 Windows）和 Python 脚本（适用于 Windows/Linux/MacOS）。
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