在体内从内源基因座表达的伙伴蛋白之间的蛋白质-蛋白质相互作用的深度突变扫描。

Deep Mutational Scanning of Protein-Protein Interactions Between Partners Expressed from Their Endogenous Loci In Vivo.

机构信息

Département de Biochimie, Microbiologie et Bio-informatique, Faculté de Sciences et Génie, Université Laval, Québec, QC, Canada.

PROTEO, le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, QC, Canada.

出版信息

Methods Mol Biol. 2022;2477:237-259. doi: 10.1007/978-1-0716-2257-5_14.

DOI:10.1007/978-1-0716-2257-5_14

PMID:35524121

Abstract

Deep mutational scanning (DMS) generates mutants of a protein of interest in a comprehensive manner. CRISPR-Cas9 technology enables large-scale genome editing with high efficiency. Using both DMS and CRISPR-Cas9 therefore allows us to investigate the effects of thousands of mutations inserted directly in the genome. Combined with protein-fragment complementation assay (PCA), which enables the quantitative measurement of protein-protein interactions (PPIs) in vivo, these methods allow for the systematic assessment of the effects of mutations on PPIs in living cells. Here, we describe a method leveraging DMS, CRISPR-Cas9, and PCA to study the effect of point mutations on PPIs mediated by protein domains in yeast.

摘要

深度突变扫描（DMS）以全面的方式生成目标蛋白的突变体。CRISPR-Cas9 技术可实现高效的大规模基因组编辑。因此，同时使用 DMS 和 CRISPR-Cas9 使我们能够研究直接插入基因组的数千个突变的影响。结合能够在体内定量测量蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的蛋白片段互补测定法（PCA），这些方法允许对突变对活细胞中 PPIs 的影响进行系统评估。在这里，我们描述了一种利用 DMS、CRISPR-Cas9 和 PCA 来研究点突变对酵母中蛋白结构域介导的 PPIs 影响的方法。