• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

利用太平洋生物科学公司的高保真测序技术从人类粪便样本中恢复宏基因组组装基因组

Recovery of Metagenome-Assembled Genomes from a Human Fecal Sample with Pacific Biosciences High-Fidelity Sequencing.

作者信息

Plaza Oñate Florian, Roume Hugo, Almeida Mathieu

机构信息

Université Paris-Saclay, INRAE, MGP, Jouy-en-Josas, France.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2022 Jun 16;11(6):e0025022. doi: 10.1128/mra.00250-22. Epub 2022 May 9.

DOI:10.1128/mra.00250-22
PMID:35532226
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9202402/
Abstract

Here, we report the recovery of 89 metagenome-assembled genomes (MAGs) derived from a human fecal sample subjected to Pacific Biosciences (PacBio) high-fidelity (HiFi) sequencing. A total of 9 MAGs consisted of complete circular contigs, and 45 MAGs were high-quality draft genomes according to the minimum information about a metagenome-assembled genome (MIMAG) standards.

摘要

在此,我们报告了从一份经太平洋生物科学公司(PacBio)高保真(HiFi)测序的人类粪便样本中获得的89个宏基因组组装基因组(MAG)。根据宏基因组组装基因组的最低信息标准(MIMAG),共有9个MAG由完整的环状重叠群组成,45个MAG为高质量草图基因组。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2eb/9202402/d8cdcf9ad61c/mra.00250-22-f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2eb/9202402/d8cdcf9ad61c/mra.00250-22-f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2eb/9202402/d8cdcf9ad61c/mra.00250-22-f001.jpg

相似文献

1
Recovery of Metagenome-Assembled Genomes from a Human Fecal Sample with Pacific Biosciences High-Fidelity Sequencing.利用太平洋生物科学公司的高保真测序技术从人类粪便样本中恢复宏基因组组装基因组
Microbiol Resour Announc. 2022 Jun 16;11(6):e0025022. doi: 10.1128/mra.00250-22. Epub 2022 May 9.
2
Recovery of metagenome-assembled microbial genomes from a full-scale biogas plant of food waste by pacific biosciences high-fidelity sequencing.通过太平洋生物科学公司的高保真测序从一座全规模食物垃圾沼气厂中恢复宏基因组组装的微生物基因组。
Front Microbiol. 2023 Jan 9;13:1095497. doi: 10.3389/fmicb.2022.1095497. eCollection 2022.
3
Improved microbial genomes and gene catalog of the chicken gut from metagenomic sequencing of high-fidelity long reads.基于高通量长读长测序的宏基因组分析,提高了鸡肠道微生物基因组和基因序列的完整性。
Gigascience. 2022 Nov 18;11. doi: 10.1093/gigascience/giac116.
4
HiFi metagenomic sequencing enables assembly of accurate and complete genomes from human gut microbiota.HiFi 宏基因组测序能够从人体肠道微生物组中组装出准确和完整的基因组。
Nat Commun. 2022 Oct 26;13(1):6367. doi: 10.1038/s41467-022-34149-0.
5
The Reliability of Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) in Representing Natural Populations: Insights from Comparing MAGs against Isolate Genomes Derived from the Same Fecal Sample.宏基因组组装基因组(MAGs)在代表自然种群方面的可靠性:来自比较源自同一粪便样本的分离基因组的 MAGs 的见解。
Appl Environ Microbiol. 2021 Feb 26;87(6). doi: 10.1128/AEM.02593-20.
6
Long-read metagenomics retrieves complete single-contig bacterial genomes from canine feces.长读宏基因组从犬粪便中获得完整的单菌基因组。
BMC Genomics. 2021 May 6;22(1):330. doi: 10.1186/s12864-021-07607-0.
7
Recovery of High Quality Metagenome-Assembled Genomes From Full-Scale Activated Sludge Microbial Communities in a Tropical Climate Using Longitudinal Metagenome Sampling.利用纵向宏基因组采样从热带气候下的全规模活性污泥微生物群落中恢复高质量宏基因组组装基因组
Front Microbiol. 2022 Jun 13;13:869135. doi: 10.3389/fmicb.2022.869135. eCollection 2022.
8
Metagenome-assembled genomes recovered from the datasets of a high-altitude Himalayan hot spring Khirganga, Himachal Pradesh, India.从印度喜马偕尔邦高海拔喜马拉雅温泉基尔甘加的数据集恢复的宏基因组组装基因组。
Data Brief. 2021 Nov 6;39:107551. doi: 10.1016/j.dib.2021.107551. eCollection 2021 Dec.
9
Analyzing rare mutations in metagenomes assembled using long and accurate reads.分析使用长而准确的reads 组装的宏基因组中的稀有突变。
Genome Res. 2022 Nov-Dec;32(11-12):2119-2133. doi: 10.1101/gr.276917.122. Epub 2022 Nov 23.
10
Large-scale quality assessment of prokaryotic genomes with metashot/prok-quality.使用 metashot/prok-quality 对原核生物基因组进行大规模质量评估。
F1000Res. 2021 Aug 17;10:822. doi: 10.12688/f1000research.54418.1. eCollection 2021.

引用本文的文献

1
A natural ANI gap that can define intra-species units of bacteriophages and other viruses.一个可以定义噬菌体和其他病毒种内单位的自然平均核苷酸差异。
mBio. 2024 Aug 14;15(8):e0153624. doi: 10.1128/mbio.01536-24. Epub 2024 Jul 22.
2
Evaluating and improving the representation of bacterial contents in long-read metagenome assemblies.评估和改进长读长基因组组装中细菌含量的表示。
Genome Biol. 2024 Apr 11;25(1):92. doi: 10.1186/s13059-024-03234-6.
3
Study of amino acids absorption and gut microbiome on consumption of pea protein blended with enzymes-probiotics supplement.

本文引用的文献

1
A deep siamese neural network improves metagenome-assembled genomes in microbiome datasets across different environments.深度暹罗神经网络提高了不同环境中微生物组数据集的宏基因组组装基因组。
Nat Commun. 2022 Apr 28;13(1):2326. doi: 10.1038/s41467-022-29843-y.
2
Finding the right fit: evaluation of short-read and long-read sequencing approaches to maximize the utility of clinical microbiome data.找到合适的方法:评估短读长读测序方法,以最大限度地提高临床微生物组数据的效用。
Microb Genom. 2022 Mar;8(3). doi: 10.1099/mgen.0.000794.
3
Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities.
食用添加酶-益生菌补充剂的豌豆蛋白后氨基酸吸收与肠道微生物群的研究。
Front Nutr. 2024 Jan 23;11:1307734. doi: 10.3389/fnut.2024.1307734. eCollection 2024.
4
Trait biases in microbial reference genomes.微生物参考基因组中的性状偏差。
Sci Data. 2023 Feb 9;10(1):84. doi: 10.1038/s41597-023-01994-7.
5
HiFi metagenomic sequencing enables assembly of accurate and complete genomes from human gut microbiota.HiFi 宏基因组测序能够从人体肠道微生物组中组装出准确和完整的基因组。
Nat Commun. 2022 Oct 26;13(1):6367. doi: 10.1038/s41467-022-34149-0.
从复杂微生物群落中生成谱系分辨的、完整的宏基因组组装基因组。
Nat Biotechnol. 2022 May;40(5):711-719. doi: 10.1038/s41587-021-01130-z. Epub 2022 Jan 3.
4
BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.BUSCO 更新:用于真核生物、原核生物和病毒基因组评分的新颖且简化的工作流程以及更广泛和更深的系统发育覆盖范围。
Mol Biol Evol. 2021 Sep 27;38(10):4647-4654. doi: 10.1093/molbev/msab199.
5
GUNC: detection of chimerism and contamination in prokaryotic genomes.GUNC:原核基因组嵌合体和污染的检测。
Genome Biol. 2021 Jun 13;22(1):178. doi: 10.1186/s13059-021-02393-0.
6
metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs.metaFlye:使用重复图进行可扩展的长读长宏基因组组装。
Nat Methods. 2020 Nov;17(11):1103-1110. doi: 10.1038/s41592-020-00971-x. Epub 2020 Oct 5.
7
A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome.人类肠道微生物组 204938 个参考基因组的统一目录。
Nat Biotechnol. 2021 Jan;39(1):105-114. doi: 10.1038/s41587-020-0603-3. Epub 2020 Jul 20.
8
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.GTDB-Tk:一个使用基因组分类数据库对基因组进行分类的工具包。
Bioinformatics. 2019 Nov 15;36(6):1925-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btz848.
9
MetaBAT 2: an adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies.MetaBAT 2:一种用于从宏基因组组装中进行稳健且高效的基因组重建的自适应分箱算法。
PeerJ. 2019 Jul 26;7:e7359. doi: 10.7717/peerj.7359. eCollection 2019.
10
High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.高通量 ANI 分析 9 万余组原核基因组揭示了清晰的物种界限。
Nat Commun. 2018 Nov 30;9(1):5114. doi: 10.1038/s41467-018-07641-9.