mapDATAge：一个用于通过空间和时间展示古 DNA 数据的 ShinyR 包。
mapDATAge: a ShinyR package to chart ancient DNA data through space and time.
机构信息
Centre for Anthropobiology and Genomics of Toulouse, CNRS UMR 5288, Université de Toulouse, Université Paul Sabatier, Toulouse 31000, France.
出版信息
Bioinformatics. 2022 Aug 10;38(16):3992-3994. doi: 10.1093/bioinformatics/btac425.
SUMMARY
Ancient DNA datasets are increasingly difficult to visualize for users lacking computational experience. Here, we describe mapDATAge, which aims to provide user-friendly automated modules for the interactive mapping of allele, haplogroup and/or ancestry distributions through space and time. mapDATAge enhances collaborative data sharing while assisting the assessment and reporting of spatiotemporal patterns of genetic changes.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
mapDATAge is a Shiny R application designed for exploring spatiotemporal patterns in ancient DNA data through a graphical user interface. It is freely available under GNU Public License in Github: https://github.com/xuefenfei712/mapDATAge.
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
摘要
对于缺乏计算经验的用户来说，越来越难以可视化古 DNA 数据集。在这里，我们描述了 mapDATAge，它旨在提供用户友好的自动化模块，通过空间和时间来实现等位基因、单倍型群和/或祖先分布的交互式映射。mapDATAge 增强了协作数据共享，同时协助评估和报告遗传变化的时空模式。
可用性和实现
mapDATAge 是一个 Shiny R 应用程序，旨在通过图形用户界面探索古 DNA 数据中的时空模式。它在 Github 下根据 GNU 公共许可证免费提供：https://github.com/xuefenfei712/mapDATAge。
补充信息
补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。
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