利用免疫沉淀和 piRNA 测序分析涡虫 PIWI-piRNA 相互作用。

Planarian PIWI-piRNA Interaction Analysis Using Immunoprecipitation and piRNA Sequencing.

机构信息

College of Science and Engineering, Aoyama Gakuin University, Sagamihara Chuo Ku, Kanagawa, Japan.

Department of Biophysics, Graduate School of Science, Kyoto University, Kyoto, Japan.

出版信息

Methods Mol Biol. 2022;2509:69-81. doi: 10.1007/978-1-0716-2380-0_4.

DOI:10.1007/978-1-0716-2380-0_4

PMID:35796957

Abstract

The freshwater planarian Dugesia japonica is a good in vivo model for studying the function of piwi genes in adult pluripotent stem cell (aPSC) due to their abundant aPSCs. Generally, PIWI family proteins encoded by piwi genes bind to small noncoding RNAs called piRNAs (PIWI-interacting piRNAs). The analysis of PIWI-piRNA complexes in the planarian is useful for revealing the functions of piwi genes in the aPSC system. In this chapter, we present an immunoprecipitation protocol for PIWI-piRNA complexes from whole planarians.

摘要

日本三角涡虫是一种淡水扁形动物，由于其具有丰富的多能性成体干细胞(aPSC)，因此是研究 piwi 基因在成体多能性干细胞(aPSC)中功能的良好活体模型。一般来说，piwi 基因编码的 PIWI 家族蛋白与称为 piRNA(PIWI 相互作用的 piRNA)的小非编码 RNA 结合。分析扁形动物中的 PIWI-piRNA 复合物有助于揭示 piwi 基因在 aPSC 系统中的功能。在本章中，我们提供了一种从整个扁形动物中免疫沉淀 PIWI-piRNA 复合物的方案。