• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

Standardized annotation of translated open reading frames.

作者信息

Mudge Jonathan M, Ruiz-Orera Jorge, Prensner John R, Brunet Marie A, Calvet Ferriol, Jungreis Irwin, Gonzalez Jose Manuel, Magrane Michele, Martinez Thomas F, Schulz Jana Felicitas, Yang Yucheng T, Albà M Mar, Aspden Julie L, Baranov Pavel V, Bazzini Ariel A, Bruford Elspeth, Martin Maria Jesus, Calviello Lorenzo, Carvunis Anne-Ruxandra, Chen Jin, Couso Juan Pablo, Deutsch Eric W, Flicek Paul, Frankish Adam, Gerstein Mark, Hubner Norbert, Ingolia Nicholas T, Kellis Manolis, Menschaert Gerben, Moritz Robert L, Ohler Uwe, Roucou Xavier, Saghatelian Alan, Weissman Jonathan S, van Heesch Sebastiaan

机构信息

European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK.

Cardiovascular and Metabolic Sciences, Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association (MDC), Berlin, Germany.

出版信息

Nat Biotechnol. 2022 Jul;40(7):994-999. doi: 10.1038/s41587-022-01369-0.

DOI:10.1038/s41587-022-01369-0
PMID:35831657
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9757701/
Abstract
摘要
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/ee5a/9757701/c08d50e72b89/nihms-1854551-f0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/ee5a/9757701/c08d50e72b89/nihms-1854551-f0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/ee5a/9757701/c08d50e72b89/nihms-1854551-f0001.jpg

相似文献

1
Standardized annotation of translated open reading frames.翻译后的开放阅读框的标准化注释。
Nat Biotechnol. 2022 Jul;40(7):994-999. doi: 10.1038/s41587-022-01369-0.
2
Thousands of novel translated open reading frames in humans inferred by ribosome footprint profiling.通过核糖体足迹分析推断出的人类数千个新的翻译开放阅读框。
Elife. 2016 May 27;5:e13328. doi: 10.7554/eLife.13328.
3
Genome-Wide Analysis of Actively Translated Open Reading Frames Using RiboTaper/ORFquant.使用 RiboTaper/ORFquant 进行全基因组范围内活跃翻译的开放阅读框的分析。
Methods Mol Biol. 2021;2252:331-346. doi: 10.1007/978-1-0716-1150-0_16.
4
uORF-seqr: A Machine Learning-Based Approach to the Identification of Upstream Open Reading Frames in Yeast.uORF-seqr:一种基于机器学习的酵母上游开放阅读框识别方法。
Methods Mol Biol. 2021;2252:313-329. doi: 10.1007/978-1-0716-1150-0_15.
5
The Protein Coded by a Short Open Reading Frame, Not by the Annotated Coding Sequence, Is the Main Gene Product of the Dual-Coding Gene .短开放阅读框编码的蛋白,而非注释编码序列,是双编码基因的主要基因产物。
Mol Cell Proteomics. 2018 Dec;17(12):2402-2411. doi: 10.1074/mcp.RA118.000593. Epub 2018 Sep 4.
6
Evolution of new proteins from translated sORFs in long non-coding RNAs.长非编码 RNA 中转录起始区翻译产生的新蛋白质的进化。
Exp Cell Res. 2020 Jun 1;391(1):111940. doi: 10.1016/j.yexcr.2020.111940. Epub 2020 Mar 7.
7
Upstream open reading frames as regulators of mRNA translation.作为mRNA翻译调节因子的上游开放阅读框
Mol Cell Biol. 2000 Dec;20(23):8635-42. doi: 10.1128/MCB.20.23.8635-8642.2000.
8
smORFer: a modular algorithm to detect small ORFs in prokaryotes.smORFer:一种用于在原核生物中检测小开放阅读框的模块化算法。
Nucleic Acids Res. 2021 Sep 7;49(15):e89. doi: 10.1093/nar/gkab477.
9
Observation of dually decoded regions of the human genome using ribosome profiling data.使用核糖体图谱数据观察人类基因组的双重解码区域。
Genome Res. 2012 Nov;22(11):2219-29. doi: 10.1101/gr.133249.111. Epub 2012 May 16.
10
DeepRibo: a neural network for precise gene annotation of prokaryotes by combining ribosome profiling signal and binding site patterns.DeepRibo:通过结合核糖体图谱信号和结合位点模式,用于精确预测原核生物基因注释的神经网络。
Nucleic Acids Res. 2019 Apr 8;47(6):e36. doi: 10.1093/nar/gkz061.

引用本文的文献

1
Upstream open reading frame translation enhances immunogenic peptide presentation in mitotically arrested cancer cells.上游开放阅读框翻译增强有丝分裂停滞癌细胞中的免疫原性肽呈递。
Nat Commun. 2025 Aug 27;16(1):8008. doi: 10.1038/s41467-025-63405-2.
2
Ribo-ITP expands the translatome of limited input samples.核糖肌苷三磷酸(Ribo-ITP)扩展了有限输入样本的翻译组。
bioRxiv. 2025 Aug 4:2025.08.04.668486. doi: 10.1101/2025.08.04.668486.
3
ShortStop: a machine learning framework for microprotein discovery.ShortStop:一种用于微小蛋白质发现的机器学习框架。

本文引用的文献

1
Unannotated proteins expand the MHC-I-restricted immunopeptidome in cancer.无注释蛋白扩展了癌症中 MHC-I 限制的免疫肽组。
Nat Biotechnol. 2022 Feb;40(2):209-217. doi: 10.1038/s41587-021-01021-3. Epub 2021 Oct 18.
2
Multiplexed functional genomic analysis of 5' untranslated region mutations across the spectrum of prostate cancer.多指标基因组分析前列腺癌 5' 非翻译区突变谱。
Nat Commun. 2021 Jul 9;12(1):4217. doi: 10.1038/s41467-021-24445-6.
3
Noncanonical open reading frames encode functional proteins essential for cancer cell survival.
BMC Methods. 2025;2(1):16. doi: 10.1186/s44330-025-00037-4. Epub 2025 Aug 1.
4
De Novo transcriptome assembly of Diaprepes abbreviatus: foundations for functional genomics and targeted pest management.短体蜡蚧的从头转录组组装:功能基因组学和靶向害虫管理的基础
BMC Genomics. 2025 Jul 27;26(1):694. doi: 10.1186/s12864-025-11880-8.
5
Structures and functions of the MICOS: Pathogenesis and therapeutic implications in Alzheimer's disease.线粒体接触位点和嵴组织系统(MICOS)的结构与功能:在阿尔茨海默病中的发病机制及治疗意义
Acta Pharm Sin B. 2025 Jun;15(6):2966-2984. doi: 10.1016/j.apsb.2025.04.019. Epub 2025 Apr 22.
6
CRISPRware: a software package for contextual gRNA library design.CRISPRware:用于上下文gRNA文库设计的软件包。
BMC Genomics. 2025 Jul 1;26(1):607. doi: 10.1186/s12864-025-11775-8.
7
Harnessing Noncanonical Proteins for Next-Generation Drug Discovery and Diagnosis.利用非规范蛋白质进行下一代药物发现与诊断。
WIREs Mech Dis. 2025 May-Jun;17(3):e70001. doi: 10.1002/wsbm.70001.
8
Emerging Technologies and Future Directions in Interorgan Crosstalk Cardiometabolic Research.器官间串扰在心脏代谢研究中的新兴技术与未来方向
Circ Res. 2025 May 23;136(11):1494-1506. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.125.325515. Epub 2025 May 22.
9
Eukaryotic Microproteins.真核生物微小蛋白
Annu Rev Biochem. 2025 Jun;94(1):1-28. doi: 10.1146/annurev-biochem-080124-012840. Epub 2025 Apr 17.
10
RIBOSS detects novel translational events by combining long- and short-read transcriptome and translatome profiling.RIBOSS通过结合长读长和短读长转录组及翻译组分析来检测新的翻译事件。
Brief Bioinform. 2025 Mar 4;26(2). doi: 10.1093/bib/bbaf164.
非规范开放阅读框编码对癌细胞存活至关重要的功能蛋白。
Nat Biotechnol. 2021 Jun;39(6):697-704. doi: 10.1038/s41587-020-00806-2. Epub 2021 Jan 28.
4
A platform for curated products from novel open reading frames prompts reinterpretation of disease variants.一个来自新型开放阅读框的精选产品平台促使对疾病变体进行重新解释。
Genome Res. 2021 Feb;31(2):327-336. doi: 10.1101/gr.263202.120. Epub 2021 Jan 19.
5
A high-stringency blueprint of the human proteome.人类蛋白质组的高精度蓝图。
Nat Commun. 2020 Oct 16;11(1):5301. doi: 10.1038/s41467-020-19045-9.
6
Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes.整合蛋白质基因组深度测序和分析可准确鉴定肿瘤免疫肽组中的非经典肽。
Nat Commun. 2020 Mar 10;11(1):1293. doi: 10.1038/s41467-020-14968-9.
7
Pervasive functional translation of noncanonical human open reading frames.广泛存在的非规范人类开放阅读框的功能翻译。
Science. 2020 Mar 6;367(6482):1140-1146. doi: 10.1126/science.aay0262.
8
Accurate annotation of human protein-coding small open reading frames.准确注释人类蛋白质编码的小开放阅读框。
Nat Chem Biol. 2020 Apr;16(4):458-468. doi: 10.1038/s41589-019-0425-0. Epub 2019 Dec 9.
9
ClinVar: improvements to accessing data.ClinVar:访问数据的改进。
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D835-D844. doi: 10.1093/nar/gkz972.
10
How evolution builds genes from scratch.进化如何从头构建基因。
Nature. 2019 Oct;574(7778):314-316. doi: 10.1038/d41586-019-03061-x.