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从厄瓜多尔埃斯梅拉达斯的蚊子中分离出的登革热病毒2型全基因组测序。该国南亚-美洲基因型III的基因组流行病学。

Whole Genome Sequencing of DENV-2 isolated from mosquitoes in Esmeraldas, Ecuador. Genomic epidemiology of genotype III Southern Asian-American in the country.

作者信息

Carrazco-Montalvo Andrés, Gutiérrez-Pallo Diana, Arévalo Valentina, Ponce Patricio, Rodríguez-Polit Cristina, Alarcón Damaris, Echeverría-Garcés Gabriela, Coloma Josefina, Nipaz Victoria, Cevallos Varsovia

机构信息

Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática (GENSBIO), Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública (INSPI), Quito, Ecuador.

Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas y Vectoriales (CIREV), Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública (INSPI), Quito, Ecuador.

出版信息

bioRxiv. 2024 Feb 8:2024.02.06.579255. doi: 10.1101/2024.02.06.579255.

DOI:10.1101/2024.02.06.579255
PMID:38370752
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10871324/
Abstract

Ecuador is a tropical country reporting Dengue virus (DENV) outbreaks with areas of hyperendemic viral transmission. Entomo-virological surveillance and monitoring effort conducted in the Northwestern border province of Esmeraldas in April 2022, five pools of female mosquitoes from a rural community tested positive for DENV serotype 2 by RT-qPCR. One pool was sequenced by Illumina MiSeq, and it corresponded to genotype III Southern Asian-American. Comparison with other genomes revealed genetic similarity to a human DENV genome sequenced in 2021, also from Esmeraldas. Potential introduction events to the country could have originated from Colombia, considering the vicinity of the collection sites to the neighboring country and high human movement. The inclusion of genomic information complements entomo-virological surveillance, providing valuable insights into genetic variants. This contribution enhances our understanding of Dengue virus (DENV) epidemiology in rural areas and guides evidence-based decisions for surveillance and interventions.

摘要

厄瓜多尔是一个热带国家，报告有登革热病毒（DENV）疫情，存在病毒高度地方性传播的地区。2022年4月在西北部边境省份埃斯梅拉达斯开展了昆虫病毒学监测工作，从一个农村社区采集的五组雌性蚊子样本经逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）检测，登革热病毒2型呈阳性。其中一组样本通过Illumina MiSeq进行了测序，结果显示为III型南亚-美洲基因型。与其他基因组进行比较后发现，其与2021年同样来自埃斯梅拉达斯的一个人类DENV基因组具有遗传相似性。考虑到采集地点与邻国哥伦比亚相邻且人员流动频繁，该国可能存在病毒传入事件。基因组信息的纳入补充了昆虫病毒学监测，为了解基因变异提供了有价值的见解。这一成果有助于我们更好地了解农村地区的登革热病毒（DENV）流行病学，并为监测和干预措施提供循证决策依据。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/805e/10871324/197bba5ad53b/nihpp-2024.02.06.579255v1-f0003.jpg
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