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在活细胞中使用交联免疫沉淀研究蛋白质与 RNA:DNA 杂种或 RNA-DNA 嵌合体的直接结合的方案。

Protocol to study the direct binding of proteins to RNA:DNA hybrids or RNA-DNA chimeras in living cells using cross-linking immunoprecipitation.

机构信息

Institut Curie, PSL Research University, CNRS UMR 3348, INSERM U1278, Orsay, France; Université Paris-Saclay, CNRS UMR 3348, INSERM U1278, Orsay, France; Equipe labellisée Ligue contre le Cancer, Orsay, France.

Institut Curie, PSL Research University, CNRS UMR 3348, INSERM U1278, Orsay, France; Université Paris-Saclay, CNRS UMR 3348, INSERM U1278, Orsay, France; Equipe labellisée Ligue contre le Cancer, Orsay, France.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Sep 20;5(3):103292. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103292. Epub 2024 Sep 12.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103292
PMID:39264804
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11422765/
Abstract

RNA-binding proteins (RBPs) are involved in many biological processes. The direct interaction between protein and RNA can be studied using cross-linking immunoprecipitation (CLIP) techniques in living cells. Here, we present a protocol to characterize the direct binding of proteins to RNA:DNA hybrids or RNA-DNA chimeras in living cells using CLIP. We describe steps for RNA-protein UV-C cross-linking in living cells, isolating RNA-protein complexes, RNA labeling, and extracting nucleic acid. We then detail procedures for nuclease treatment and nucleic acid migration.

摘要

RNA 结合蛋白（RBPs）参与许多生物过程。在活细胞中可以使用交联免疫沉淀（CLIP）技术研究蛋白质与 RNA 之间的直接相互作用。在这里，我们介绍了一种使用 CLIP 在活细胞中研究蛋白质与 RNA：DNA 杂种或 RNA-DNA 嵌合体直接结合的方案。我们描述了在活细胞中进行 RNA-蛋白质 UV-C 交联、分离 RNA-蛋白质复合物、RNA 标记和提取核酸的步骤。然后，我们详细介绍了核酸酶处理和核酸迁移的程序。

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