• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

NAPROC-13 的化学信息学特征：天然产物 C NMR 去重复数据库。

Chemoinformatic Characterization of NAPROC-13: A Database for Natural Product C NMR Dereplication.

机构信息

DIFACQUIM Research Group, Department of Pharmacy, School of Chemistry, Universidad Nacional Autónoma de México, Avenida Universidad 3000, Mexico City 04510, Mexico.

Science and Technology Faculty, Universidad Tecnológica de Panamá, Campus Metropolitano Víctor Levi Sasso, Avenida Universidad Tecnológica, Vía Puente Centenario, Panama City 0819-07289, Panama.

出版信息

J Nat Prod. 2024 Sep 27;87(9):2216-2229. doi: 10.1021/acs.jnatprod.4c00530. Epub 2024 Sep 13.

DOI:10.1021/acs.jnatprod.4c00530
PMID:39269718
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11443490/
Abstract

Natural products (NPs) are secondary metabolites of natural origin with broad applications across various human activities, particularly the discovery of bioactive compounds. Structural elucidation of new NPs entails significant cost and effort. On the other hand, the dereplication of known compounds is crucial for the early exclusion of irrelevant compounds in contemporary pharmaceutical research. NAPROC-13 stands out as a publicly accessible database, providing structural and C NMR spectroscopic information for over 25 000 compounds, rendering it a pivotal resource in natural product (NP) research, favoring open science. This study seeks to quantitatively analyze the chemical content, structural diversity, and chemical space coverage of NPs within NAPROC-13, compared to FDA-approved drugs and a very diverse subset of NPs, UNPD-A. Findings indicated that NPs in NAPROC-13 exhibit properties comparable to those in UNPD-A, albeit showcasing a notably diverse array of structural content, scaffolds, ring systems of pharmaceutical interest, and molecular fragments. NAPROC-13 covers a specific region of the chemical multiverse (a generalization of the chemical space from different chemical representations) regarding physicochemical properties and a region as broad as UNPD-A in terms of the structural features represented by fingerprints.

摘要

天然产物（NPs）是天然来源的次生代谢产物，在人类各种活动中有着广泛的应用，特别是在生物活性化合物的发现方面。新 NPs 的结构阐明需要大量的成本和努力。另一方面，已知化合物的去重复对于当代药物研究中早期排除不相关化合物至关重要。NAPROC-13 是一个公开可访问的数据库，提供了超过 25000 种化合物的结构和 C NMR 波谱信息，使其成为天然产物（NP）研究中的关键资源，有利于开放科学。本研究旨在定量分析 NAPROC-13 中 NPs 的化学含量、结构多样性和化学空间覆盖范围，并与 FDA 批准的药物和非常多样化的 NPs 子集 UNPD-A 进行比较。研究结果表明，NAPROC-13 中的 NPs 具有与 UNPD-A 相当的性质，尽管它们展示了一系列结构内容、药物感兴趣的骨架、环系统和分子片段明显不同。NAPROC-13 在物理化学性质方面涵盖了化学多元宇宙（不同化学表示形式的化学空间的推广）的特定区域，在指纹所代表的结构特征方面涵盖了与 UNPD-A 一样广泛的区域。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/9966f52cc2d9/np4c00530_0010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/179c4413bc26/np4c00530_0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/3185b1d56bee/np4c00530_0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/ea0d9241ddca/np4c00530_0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/67f96ca0ce30/np4c00530_0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/f93cb007464f/np4c00530_0005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/5c7b860845f7/np4c00530_0006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/e50102b9dc29/np4c00530_0007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/f59a8f27e6d6/np4c00530_0008.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/dd1d680a9fc0/np4c00530_0009.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/9966f52cc2d9/np4c00530_0010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/179c4413bc26/np4c00530_0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/3185b1d56bee/np4c00530_0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/ea0d9241ddca/np4c00530_0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/67f96ca0ce30/np4c00530_0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/f93cb007464f/np4c00530_0005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/5c7b860845f7/np4c00530_0006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/e50102b9dc29/np4c00530_0007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/f59a8f27e6d6/np4c00530_0008.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/dd1d680a9fc0/np4c00530_0009.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0028/11443490/9966f52cc2d9/np4c00530_0010.jpg

相似文献

1
Chemoinformatic Characterization of NAPROC-13: A Database for Natural Product C NMR Dereplication.NAPROC-13 的化学信息学特征：天然产物 C NMR 去重复数据库。
J Nat Prod. 2024 Sep 27;87(9):2216-2229. doi: 10.1021/acs.jnatprod.4c00530. Epub 2024 Sep 13.
2
Database for Rapid Dereplication of Known Natural Products Using Data from MS and Fast NMR Experiments.利用 MS 和快速 NMR 实验数据进行已知天然产物快速复制品数据库的建立。
J Nat Prod. 2017 Jun 23;80(6):1758-1766. doi: 10.1021/acs.jnatprod.6b01093. Epub 2017 Jun 15.
3
NAPROC-13: a database for the dereplication of natural product mixtures in bioassay-guided protocols.NAPROC-13：用于生物测定指导方案中天然产物混合物去重复的数据库。
Bioinformatics. 2007 Dec 1;23(23):3256-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btm516. Epub 2007 Oct 22.
4
The Three Pillars of Natural Product Dereplication. Alkaloids from the Bulbs of (C. Presl) J.F. Macbr. as a Preliminary Test Case.天然产物去重复化的三大支柱：以（C. Presl）J.F. Macbr.的鳞茎中的生物碱为例进行初步测试。
Molecules. 2021 Jan 26;26(3):637. doi: 10.3390/molecules26030637.
5
Computational Structural Revision of Elaeophorbate and Other Triterpenoids with the Help of NAPROC-13. A New Strategy for Structural Revision of Natural Products.借助NAPROC-13对油叶菌素及其他三萜类化合物进行计算结构修正。一种天然产物结构修正的新策略。
J Nat Prod. 2023 Apr 28;86(4):897-908. doi: 10.1021/acs.jnatprod.2c01135. Epub 2023 Mar 7.
6
Cheminformatic characterization of natural products from Panama.巴拿马天然产物的 cheminformatic 特征描述。
Mol Divers. 2017 Nov;21(4):779-789. doi: 10.1007/s11030-017-9781-4. Epub 2017 Aug 22.
7
Synergistic Combination of NAPROC-13 and NMR C DFT Calculations: A Powerful Approach for Revising the Structure of Natural Products.NAPROC-13 与 NMR C DFT 计算的协同组合：修订天然产物结构的有力方法。
J Nat Prod. 2023 Oct 27;86(10):2294-2303. doi: 10.1021/acs.jnatprod.3c00437. Epub 2023 Sep 7.
8
Natural Products Dereplication: Databases and Analytical Methods.天然产物去重复：数据库与分析方法。
Prog Chem Org Nat Prod. 2024;124:1-56. doi: 10.1007/978-3-031-59567-7_1.
9
Principle and design of pseudo-natural products.伪天然产物的原理与设计。
Nat Chem. 2020 Mar;12(3):227-235. doi: 10.1038/s41557-019-0411-x. Epub 2020 Feb 3.
10
Navigating the Chemical Space and Chemical Multiverse of a Unified Latin American Natural Product Database: LANaPDB.探索统一的拉丁美洲天然产物数据库（LANaPDB）的化学空间和化学多元宇宙。
Pharmaceuticals (Basel). 2023 Sep 30;16(10):1388. doi: 10.3390/ph16101388.

本文引用的文献

1
Updating and profiling the natural product-likeness of Latin American compound libraries.更新和分析拉丁美洲化合物库的天然产物特性。
Mol Inform. 2024 Jul;43(7):e202400052. doi: 10.1002/minf.202400052. Epub 2024 Jun 21.
2
One chiral fingerprint to find them all.一种手性指纹图谱就能找出所有情况。
J Cheminform. 2024 May 13;16(1):53. doi: 10.1186/s13321-024-00849-6.
3
Chemical Multiverse and Diversity of Food Chemicals.化学多元宇宙与食品化学的多样性。
J Chem Inf Model. 2024 Feb 26;64(4):1229-1244. doi: 10.1021/acs.jcim.3c01617. Epub 2024 Feb 14.
4
Design of a multi-target focused library for antidiabetic targets using a comprehensive set of chemical transformation rules.利用一套全面的化学转化规则设计针对抗糖尿病靶点的多靶点聚焦文库。
Front Pharmacol. 2023 Nov 2;14:1276444. doi: 10.3389/fphar.2023.1276444. eCollection 2023.
5
Challenges in natural product-based drug discovery assisted with -based methods.基于[具体方法]辅助的天然产物药物发现中的挑战。 （原文中“-based methods”处表述不完整，可能影响准确理解）
RSC Adv. 2023 Oct 30;13(45):31578-31594. doi: 10.1039/d3ra06831e. eCollection 2023 Oct 26.
6
Navigating the Chemical Space and Chemical Multiverse of a Unified Latin American Natural Product Database: LANaPDB.探索统一的拉丁美洲天然产物数据库（LANaPDB）的化学空间和化学多元宇宙。
Pharmaceuticals (Basel). 2023 Sep 30;16(10):1388. doi: 10.3390/ph16101388.
7
Synergistic Combination of NAPROC-13 and NMR C DFT Calculations: A Powerful Approach for Revising the Structure of Natural Products.NAPROC-13 与 NMR C DFT 计算的协同组合：修订天然产物结构的有力方法。
J Nat Prod. 2023 Oct 27;86(10):2294-2303. doi: 10.1021/acs.jnatprod.3c00437. Epub 2023 Sep 7.
8
Diversity and Chemical Space Characterization of Inhibitors of the Epigenetic Target G9a: A Chemoinformatics Approach.表观遗传靶点G9a抑制剂的多样性与化学空间表征：一种化学信息学方法
ACS Omega. 2023 Aug 11;8(33):30694-30704. doi: 10.1021/acsomega.3c04566. eCollection 2023 Aug 22.
9
Biological Activity and Structural Diversity of Steroids Containing Aromatic Rings, Phosphate Groups, or Halogen Atoms.含芳环、磷酸基团或卤素原子的甾体的生物活性和结构多样性。
Molecules. 2023 Jul 20;28(14):5549. doi: 10.3390/molecules28145549.
10
Advanced Methods for Natural Products Discovery: Bioactivity Screening, Dereplication, Metabolomics Profiling, Genomic Sequencing, Databases and Informatic Tools, and Structure Elucidation.天然产物发现的先进方法：生物活性筛选、去重复、代谢组学分析、基因组测序、数据库和信息工具以及结构解析。
Mar Drugs. 2023 May 19;21(5):308. doi: 10.3390/md21050308.