使用 PHi-C2 进行 4D 基因组分析

4D Genome Analysis Using PHi-C2.

机构信息

Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research (BDR), Hyogo, Kobe, Japan.

出版信息

Methods Mol Biol. 2025;2856:271-279. doi: 10.1007/978-1-0716-4136-1_16.

Abstract

Hi-C methods reveal 3D genome features but lack correspondence to dynamic chromatin behavior. PHi-C2, Python software, addresses this gap by transforming Hi-C data into polymer models. After the optimization algorithm, it enables us to calculate 3D conformations and conduct dynamic simulations, providing insights into chromatin dynamics, including the mean-squared displacement and rheological properties. This chapter introduces PHi-C2 usage, offering a tutorial for comprehensive 4D genome analysis.

摘要

Hi-C 方法揭示了 3D 基因组特征，但与动态染色质行为缺乏对应关系。PHi-C2，即 Python 软件，通过将 Hi-C 数据转换为聚合物模型来解决这一差距。在优化算法之后，它使我们能够计算 3D 构象并进行动态模拟，深入了解染色质动力学，包括均方位移和流变特性。本章介绍了 PHi-C2 的使用方法，提供了一个全面的 4D 基因组分析教程。