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李痘病毒分离株的限制性片段长度多态性鉴别

Restriction fragment length polymorphism differentiation of plum pox virus isolates.

作者信息

Poncarová Z, Komínek P

机构信息

Research Institute of Crop Production, Prague, Czech Republic.

出版信息

Acta Virol. 1998 Sep;42(4):268-9.

PMID:10073236
Abstract

Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) technique and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis were used to analyse six isolates of plum pox virus (PPV). Whole coat protein (CP) gene was amplified in four isolates using the unipoty-polyT primer pari. PPV-D was identified by RFLP analysis using SfuI and DraI enzymes in two of the isolates. Two isolates of PPV-M strain yielded RT-PCR products which could not be digested by the two enzymes. Other isolates were subjected to RT-PCR using P1-P2 primers. The specificity of the RT-PCR products was confirmed by AluI digestion, while RsaI digestion enabled strain differentiation. No mixed infection was found.

摘要

采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术和限制性片段长度多态性(RFLP)分析对六个李痘病毒(PPV)分离株进行分析。使用通用多聚T引物对在四个分离株中扩增了完整的外壳蛋白(CP)基因。通过使用SfuI和DraI酶的RFLP分析在两个分离株中鉴定出PPV-D。两个PPV-M株系的分离株产生了不能被这两种酶消化的RT-PCR产物。其他分离株使用P1-P2引物进行RT-PCR。通过AluI消化确认了RT-PCR产物的特异性,而RsaI消化可实现株系区分。未发现混合感染。

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引用本文的文献

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Sharka: the past, the present and the future.沙卡:过去、现在和未来。
Viruses. 2012 Nov 7;4(11):2853-901. doi: 10.3390/v4112853.