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GENECLASS2:一款用于基因分型和第一代移民检测的软件。

GENECLASS2: a software for genetic assignment and first-generation migrant detection.

作者信息

Piry S, Alapetite A, Cornuet J-M, Paetkau D, Baudouin L, Estoup A

机构信息

Centre de Biologie et de Gestion des Populations, INRA, Campus International de Baillarguet CS 30 016, F34988, Monferrier-sur-Lez CEDEX, France.

出版信息

J Hered. 2004 Nov-Dec;95(6):536-9. doi: 10.1093/jhered/esh074.

DOI:10.1093/jhered/esh074
PMID:15475402
Abstract

GENECLASS2 is a software that computes various genetic assignment criteria to assign or exclude reference populations as the origin of diploid or haploid individuals, as well as of groups of individuals, on the basis of multilocus genotype data. In addition to traditional assignment aims, the program allows the specific task of first-generation migrant detection. It includes several Monte Carlo resampling algorithms that compute for each individual its probability of belonging to each reference population or to be a resident (i.e., not a first-generation migrant) in the population where it was sampled. A user-friendly interface facilitates the treatment of large datasets.

摘要

GENECLASS2是一款软件,它基于多位点基因型数据计算各种遗传分配标准,以确定或排除参考群体作为二倍体或单倍体个体以及个体群体的起源。除了传统的分配目标外,该程序还允许进行第一代移民检测这一特定任务。它包括几种蒙特卡罗重采样算法,这些算法为每个个体计算其属于每个参考群体的概率,或者计算其在采样群体中作为居民(即不是第一代移民)的概率。用户友好的界面便于处理大型数据集。

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