使用HierFstat对多层次分层结构群体进行分析的分步教程。
A step-by-step tutorial to use HierFstat to analyse populations hierarchically structured at multiple levels.
作者信息
de Meeûs Thierry, Goudet Jérôme
机构信息
Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses, Unité Mixte de Recherche 2724, Institute de Recherche pour le Développement, Centre National de la Recherche Scientifique, Centre IRD, BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France.
出版信息
Infect Genet Evol. 2007 Dec;7(6):731-5. doi: 10.1016/j.meegid.2007.07.005. Epub 2007 Jul 19.
The populations of parasites and infectious agents are most of the time structured in complex hierarchy that lies beyond the classical nested design described by Wright's F-statistics (F(IS), F(ST) and F(IT)). In this note we propose a user-friendly step-by-step notice for using recent software (HierFstat) that computes and test fixation indices for any hierarchical structure. We add some tricks and tips for some special data kind (haploid, single locus), some other procedure (bootstrap over loci) and how to handle crossed factors.
寄生虫和传染原群体大多数时候具有复杂的层级结构，这超出了赖特F统计量（F(IS)、F(ST)和F(IT)）所描述的经典嵌套设计。在本说明中，我们为使用最近的软件（HierFstat）提出了一份用户友好的逐步指南，该软件可计算并检验任何层级结构的固定指数。我们还针对一些特殊数据类型（单倍体、单基因座）、其他一些程序（基因座间的自助法）以及如何处理交叉因素提供了一些技巧和提示。
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