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GOToolBox：基于基因本体论的基因数据集功能分析

GOToolBox: functional analysis of gene datasets based on Gene Ontology.

作者信息

Martin David, Brun Christine, Remy Elisabeth, Mouren Pierre, Thieffry Denis, Jacq Bernard

机构信息

Laboratoire de Génétique et Physiologie du Développement, IBDM, CNRS/INSERM/Université de la Méditerranée, Parc Scientifique de Luminy, case 907, 13288 Marseille, France.

出版信息

Genome Biol. 2004;5(12):R101. doi: 10.1186/gb-2004-5-12-r101. Epub 2004 Nov 26.

DOI:10.1186/gb-2004-5-12-r101
PMID:15575967
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC545796/
Abstract

We have developed methods and tools based on the Gene Ontology (GO) resource allowing the identification of statistically over- or under-represented terms in a gene dataset; the clustering of functionally related genes within a set; and the retrieval of genes sharing annotations with a query gene. GO annotations can also be constrained to a slim hierarchy or a given level of the ontology. The source codes are available upon request, and distributed under the GPL license.

摘要

我们基于基因本体论（GO）资源开发了多种方法和工具，可用于识别基因数据集中统计学上过度或不足代表的术语；对一组内功能相关的基因进行聚类；以及检索与查询基因共享注释的基因。GO注释也可以被限制在一个精简层次结构或本体的给定级别。源代码可根据要求提供，并根据GPL许可进行分发。

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