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BABELOMICS：基因组规模实验功能注释中的系统生物学视角。

BABELOMICS: a systems biology perspective in the functional annotation of genome-scale experiments.

作者信息

Al-Shahrour Fátima, Minguez Pablo, Tárraga Joaquín, Montaner David, Alloza Eva, Vaquerizas Juan M, Conde Lucía, Blaschke Christian, Vera Javier, Dopazo Joaquín

机构信息

Bioinformatics Department, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Autopista del Saler 16, E-46013, Valencia, Spain.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W472-6. doi: 10.1093/nar/gkl172.

DOI:10.1093/nar/gkl172
PMID:16845052
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1538844/
Abstract

We present a new version of Babelomics, a complete suite of web tools for functional analysis of genome-scale experiments, with new and improved tools. New functionally relevant terms have been included such as CisRed motifs or bioentities obtained by text-mining procedures. An improved indexing has considerably speeded up several of the modules. An improved version of the FatiScan method for studying the coordinate behaviour of groups of functionally related genes is presented, along with a similar tool, the Gene Set Enrichment Analysis. Babelomics is now more oriented to test systems biology inspired hypotheses. Babelomics can be found at http://www.babelomics.org.

摘要

我们展示了Babelomics的新版本，这是一套用于基因组规模实验功能分析的完整网络工具集，并配备了全新且经过改进的工具。新纳入了一些功能相关的术语，如顺式作用元件基序或通过文本挖掘程序获得的生物实体。改进后的索引显著加快了几个模块的运行速度。我们还展示了用于研究功能相关基因组协同行为的FatiScan方法的改进版本，以及类似工具基因集富集分析。Babelomics现在更侧重于检验受系统生物学启发的假设。可通过http://www.babelomics.org访问Babelomics。