• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

为系统生物学实现高通量数据管理:生物信息学资源管理器

Enabling high-throughput data management for systems biology: the Bioinformatics Resource Manager.

作者信息

Shah Anuj R, Singhal Mudita, Klicker Kyle R, Stephan Eric G, Wiley H Steven, Waters Katrina M

机构信息

Biomolecular Systems Initiative, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2007 Apr 1;23(7):906-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btm031. Epub 2007 Feb 25.

DOI:10.1093/bioinformatics/btm031
PMID:17324940
Abstract

UNLABELLED

The Bioinformatics Resource Manager (BRM) is a software environment that provides the user with data management, retrieval and integration capabilities. Designed in collaboration with biologists, BRM simplifies mundane analysis tasks of merging microarray and proteomic data across platforms, facilitates integration of users' data with functional annotation and interaction data from public sources and provides connectivity to visual analytic tools through reformatting of the data for easy import or dynamic launching capability. BRM is developed using Java and other open-source technologies for free distribution.

AVAILABILITY

BRM, sample data sets and a user manual can be downloaded from http://www.sysbio.org/dataresources/brm.stm.

摘要

未标注

生物信息学资源管理器(BRM)是一个软件环境,为用户提供数据管理、检索和整合功能。BRM与生物学家合作设计,简化了跨平台合并微阵列和蛋白质组数据的日常分析任务,促进用户数据与来自公共来源的功能注释和相互作用数据的整合,并通过重新格式化数据以便轻松导入或具备动态启动功能,实现与可视化分析工具的连接。BRM使用Java和其他开源技术开发,可免费分发。

可用性

BRM、样本数据集和用户手册可从http://www.sysbio.org/dataresources/brm.stm下载。

相似文献

1
Enabling high-throughput data management for systems biology: the Bioinformatics Resource Manager.为系统生物学实现高通量数据管理:生物信息学资源管理器
Bioinformatics. 2007 Apr 1;23(7):906-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btm031. Epub 2007 Feb 25.
2
CEBS object model for systems biology data, SysBio-OM.用于系统生物学数据的CEBS对象模型,即系统生物学对象模型(SysBio-OM)。
Bioinformatics. 2004 Sep 1;20(13):2004-15. doi: 10.1093/bioinformatics/bth189. Epub 2004 Mar 25.
3
Bioinformatics Resource Manager v2.3: an integrated software environment for systems biology with microRNA and cross-species analysis tools.生物信息学资源管理器 v2.3:一个集成的系统生物学软件环境,具有 miRNA 和跨物种分析工具。
BMC Bioinformatics. 2012 Nov 23;13:311. doi: 10.1186/1471-2105-13-311.
4
Biowep: a workflow enactment portal for bioinformatics applications.生物工作流引擎(Biowep):一个用于生物信息学应用的工作流制定门户。
BMC Bioinformatics. 2007 Mar 8;8 Suppl 1(Suppl 1):S19. doi: 10.1186/1471-2105-8-S1-S19.
5
BIAS: Bioinformatics Integrated Application Software.BIAS:生物信息学集成应用软件。
Bioinformatics. 2005 Apr 15;21(8):1745-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti170. Epub 2004 Nov 30.
6
SBMLToolbox: an SBML toolbox for MATLAB users.SBMLToolbox:面向MATLAB用户的一个SBML工具箱。
Bioinformatics. 2006 May 15;22(10):1275-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btl111. Epub 2006 Mar 30.
7
GeneCruiser: a web service for the annotation of microarray data.基因巡航者:一个用于微阵列数据注释的网络服务。
Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3681-2. doi: 10.1093/bioinformatics/bti587. Epub 2005 Jul 19.
8
The proteios software environment: an extensible multiuser platform for management and analysis of proteomics data.Proteios软件环境:一个用于蛋白质组学数据管理与分析的可扩展多用户平台。
J Proteome Res. 2009 Jun;8(6):3037-43. doi: 10.1021/pr900189c.
9
Simpleaffy: a BioConductor package for Affymetrix Quality Control and data analysis.Simpleaffy:一个用于Affymetrix质量控制和数据分析的生物导体软件包。
Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3683-5. doi: 10.1093/bioinformatics/bti605. Epub 2005 Aug 2.
10
An insight-based methodology for evaluating bioinformatics visualizations.一种基于洞察的生物信息学可视化评估方法。
IEEE Trans Vis Comput Graph. 2005 Jul-Aug;11(4):443-56. doi: 10.1109/TVCG.2005.53.

引用本文的文献

1
Bioinformatics Resource Manager: a systems biology web tool for microRNA and omics data integration.生物信息学资源管理器:一个用于 miRNA 和组学数据集成的系统生物学网络工具。
BMC Bioinformatics. 2019 May 17;20(1):255. doi: 10.1186/s12859-019-2805-6.
2
Developmental alterations in Huntington's disease neural cells and pharmacological rescue in cells and mice.亨廷顿舞蹈症神经细胞的发育改变以及细胞和小鼠中的药理学挽救作用
Nat Neurosci. 2017 May;20(5):648-660. doi: 10.1038/nn.4532. Epub 2017 Mar 20.
3
Genetic and epigenetic changes in chromosomally stable and unstable progeny of irradiated cells.
受辐照细胞染色体稳定和不稳定子代中的遗传与表观遗传变化。
PLoS One. 2014 Sep 24;9(9):e107722. doi: 10.1371/journal.pone.0107722. eCollection 2014.
4
The influences of parental diet and vitamin E intake on the embryonic zebrafish transcriptome.父母饮食和维生素 E 摄入对胚胎斑马鱼转录组的影响。
Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2014 Jun;10:22-9. doi: 10.1016/j.cbd.2014.02.001. Epub 2014 Mar 1.
5
Retinoic acid-dependent regulation of miR-19 expression elicits vertebrate axis defects.视黄酸依赖性调节 miR-19 表达引发脊椎动物轴缺陷。
FASEB J. 2013 Dec;27(12):4866-76. doi: 10.1096/fj.12-225524. Epub 2013 Aug 23.
6
Global gene expression analysis reveals pathway differences between teratogenic and non-teratogenic exposure concentrations of bisphenol A and 17β-estradiol in embryonic zebrafish.全球基因表达分析揭示了双酚 A 和 17β-雌二醇在致畸和非致畸暴露浓度下对斑马鱼胚胎的作用途径差异。
Reprod Toxicol. 2013 Jul;38:89-101. doi: 10.1016/j.reprotox.2013.03.009. Epub 2013 Apr 1.
7
Diet-induced obesity reprograms the inflammatory response of the murine lung to inhaled endotoxin.饮食诱导的肥胖会重新编程小鼠肺部对吸入内毒素的炎症反应。
Toxicol Appl Pharmacol. 2013 Mar 1;267(2):137-48. doi: 10.1016/j.taap.2012.12.020. Epub 2013 Jan 7.
8
Bioinformatics Resource Manager v2.3: an integrated software environment for systems biology with microRNA and cross-species analysis tools.生物信息学资源管理器 v2.3:一个集成的系统生物学软件环境,具有 miRNA 和跨物种分析工具。
BMC Bioinformatics. 2012 Nov 23;13:311. doi: 10.1186/1471-2105-13-311.
9
Data management strategies for multinational large-scale systems biology projects.跨国大型系统生物学项目的数据管理策略
Brief Bioinform. 2014 Jan;15(1):65-78. doi: 10.1093/bib/bbs064. Epub 2012 Oct 9.
10
Polycyclic aromatic hydrocarbons as skin carcinogens: comparison of benzo[a]pyrene, dibenzo[def,p]chrysene and three environmental mixtures in the FVB/N mouse.多环芳烃作为皮肤致癌物:苯并[a]芘、二苯并[def,p]chrysene 与三种环境混合物在 FVB/N 小鼠中的比较。
Toxicol Appl Pharmacol. 2012 Nov 1;264(3):377-86. doi: 10.1016/j.taap.2012.08.014. Epub 2012 Aug 23.