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基因组全景图:基因组可视化与分析

Genomorama: genome visualization and analysis.

作者信息

Gans Jason D, Wolinsky Murray

机构信息

Biosciences Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM, USA.

出版信息

BMC Bioinformatics. 2007 Jun 14;8:204. doi: 10.1186/1471-2105-8-204.

DOI:10.1186/1471-2105-8-204
PMID:17570856
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1906841/
Abstract

BACKGROUND

The ability to visualize genomic features and design experimental assays that can target specific regions of a genome is essential for modern biology. To assist in these tasks, we present Genomorama, a software program for interactively displaying multiple genomes and identifying potential DNA hybridization sites for assay design.

RESULTS

Useful features of Genomorama include genome search by DNA hybridization (probe binding and PCR amplification), efficient multi-scale display and manipulation of multiple genomes, support for many genome file types and the ability to search for and retrieve data from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Entrez server.

CONCLUSION

Genomorama provides an efficient computational platform for visualizing and analyzing multiple genomes.

摘要

背景

可视化基因组特征以及设计能够靶向基因组特定区域的实验分析方法的能力对于现代生物学至关重要。为协助完成这些任务,我们推出了Genomorama,这是一个用于交互式显示多个基因组并识别用于分析设计的潜在DNA杂交位点的软件程序。

结果

Genomorama的有用功能包括通过DNA杂交进行基因组搜索(探针结合和PCR扩增)、对多个基因组进行高效的多尺度显示和操作、支持多种基因组文件类型以及从美国国立生物技术信息中心(NCBI)Entrez服务器搜索和检索数据的能力。

结论

Genomorama为可视化和分析多个基因组提供了一个高效的计算平台。

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