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用于生化反应系统随机模拟的算法与软件。

Algorithms and software for stochastic simulation of biochemical reacting systems.

作者信息

Li Hong, Cao Yang, Petzold Linda R, Gillespie Daniel T

机构信息

Department of Computer Science, University of California Santa Barbara, Santa Barbara, California 93106, USA.

出版信息

Biotechnol Prog. 2008 Jan-Feb;24(1):56-61. doi: 10.1021/bp070255h. Epub 2007 Sep 26.

DOI:10.1021/bp070255h
PMID:17894470
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2664303/
Abstract

Traditional deterministic approaches for simulation of chemically reacting systems fail to capture the randomness inherent in such systems at scales common in intracellular biochemical processes. In this manuscript, we briefly review the state of the art in discrete stochastic and multiscale algorithms for simulation of biochemical systems and we present the StochKit software toolkit.

摘要

用于模拟化学反应系统的传统确定性方法无法捕捉细胞内生化过程中常见尺度下此类系统所固有的随机性。在本手稿中，我们简要回顾了用于生化系统模拟的离散随机和多尺度算法的当前技术水平，并展示了StochKit软件工具包。