• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

GIMSAN：一种具有显著性分析的吉布斯基序查找工具。

GIMSAN: a Gibbs motif finder with significance analysis.

作者信息

Ng Patrick, Keich Uri

机构信息

Department of Computer Science, Cornell University, Ithaca, NY 14853, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2008 Oct 1;24(19):2256-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btn408. Epub 2008 Aug 14.

DOI:10.1093/bioinformatics/btn408
PMID:18703586
Abstract

UNLABELLED

We present GIMSAN (GIbbsMarkov with Significance ANalysis): a novel tool for de novo motif finding. GIMSAN combines GibbsMarkov, our variant of the Gibbs Sampler, described here for the first time, with our recently introduced significance analysis.

AVAILABILITY

GIMSAN is currently available as a web application and a stand-alone application on Unix and PBS (Portable Batch System) cluster through links from http://www.cs.cornell.edu/~keich.

摘要

未标注

我们展示了GIMSAN（具有显著性分析的吉布斯马尔可夫算法）：一种用于从头基序发现的新型工具。GIMSAN将吉布斯马尔可夫算法（我们首次在此描述的吉布斯采样器变体）与我们最近引入的显著性分析相结合。

可用性

GIMSAN目前可通过http://www.cs.cornell.edu/~keich上的链接作为网络应用程序以及在Unix和PBS（便携式批处理系统）集群上的独立应用程序使用。

相似文献

1
GIMSAN: a Gibbs motif finder with significance analysis.GIMSAN：一种具有显著性分析的吉布斯基序查找工具。
Bioinformatics. 2008 Oct 1;24(19):2256-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btn408. Epub 2008 Aug 14.
2
Apples to apples: improving the performance of motif finders and their significance analysis in the Twilight Zone.同类比较：提升模体发现工具在临界区域的性能及其显著性分析
Bioinformatics. 2006 Jul 15;22(14):e393-401. doi: 10.1093/bioinformatics/btl245.
3
Tree Gibbs Sampler: identifying conserved motifs without aligning orthologous sequences.树状吉布斯采样器：无需比对直系同源序列即可识别保守基序。
Bioinformatics. 2007 Aug 1;23(15):2013-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btm282. Epub 2007 May 31.
4
Computing the P-value of the information content from an alignment of multiple sequences.根据多条序列比对结果计算信息含量的P值。
Bioinformatics. 2005 Jun;21 Suppl 1:i311-8. doi: 10.1093/bioinformatics/bti1044.
5
FAST: Fourier transform based algorithms for significance testing of ungapped multiple alignments.FAST：基于傅里叶变换的无间隙多序列比对显著性检验算法
Bioinformatics. 2008 Feb 15;24(4):577-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btm594. Epub 2008 Jan 6.
6
Improved detection of DNA motifs using a self-organized clustering of familial binding profiles.利用家族性结合谱的自组织聚类改进DNA基序检测。
Bioinformatics. 2005 Jun;21 Suppl 1:i283-91. doi: 10.1093/bioinformatics/bti1025.
7
Motif Tool Manager: a web-based framework for motif discovery.基序工具管理器：一个基于网络的基序发现框架。
Bioinformatics. 2008 Dec 15;24(24):2930-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btn559. Epub 2008 Nov 18.
8
SPACER: identification of cis-regulatory elements with non-contiguous critical residues.间隔序列：具有非连续关键残基的顺式调控元件的鉴定
Bioinformatics. 2007 Apr 15;23(8):1029-31. doi: 10.1093/bioinformatics/btm041.
9
BioOptimizer: a Bayesian scoring function approach to motif discovery.生物优化器：一种用于基序发现的贝叶斯评分函数方法。
Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1557-64. doi: 10.1093/bioinformatics/bth127. Epub 2004 Feb 12.
10
Informative priors based on transcription factor structural class improve de novo motif discovery.基于转录因子结构类别的信息先验改进了从头基序发现。
Bioinformatics. 2006 Jul 15;22(14):e384-92. doi: 10.1093/bioinformatics/btl251.

引用本文的文献

1
PAR-CLIP: A Method for Transcriptome-Wide Identification of RNA Binding Protein Interaction Sites.PAR-CLIP：一种用于转录组范围内鉴定 RNA 结合蛋白相互作用位点的方法。
Methods Mol Biol. 2022;2404:167-188. doi: 10.1007/978-1-0716-1851-6_9.
2
Intracellular Action of a Secreted Peptide Required for Fungal Virulence.真菌毒力所需分泌肽的细胞内作用
Cell Host Microbe. 2016 Jun 8;19(6):849-64. doi: 10.1016/j.chom.2016.05.001. Epub 2016 May 19.
3
PAR-CLIP: A Method for Transcriptome-Wide Identification of RNA Binding Protein Interaction Sites.
PAR-CLIP：一种用于全转录组范围鉴定RNA结合蛋白相互作用位点的方法。
Methods Mol Biol. 2016;1358:153-73. doi: 10.1007/978-1-4939-3067-8_10.
4
Genome-wide replication landscape of Candida glabrata.光滑念珠菌的全基因组复制图谱
BMC Biol. 2015 Sep 2;13:69. doi: 10.1186/s12915-015-0177-6.
5
Improving MEME via a two-tiered significance analysis.通过双层意义分析来改进 MEME。
Bioinformatics. 2014 Jul 15;30(14):1965-73. doi: 10.1093/bioinformatics/btu163. Epub 2014 Mar 24.
6
GC-rich DNA elements enable replication origin activity in the methylotrophic yeast Pichia pastoris.富含鸟嘌呤和胞嘧啶的DNA元件可使甲基营养型酵母巴斯德毕赤酵母中的复制起点具有活性。
PLoS Genet. 2014 Mar 6;10(3):e1004169. doi: 10.1371/journal.pgen.1004169. eCollection 2014 Mar.
7
The dynamics of genome replication using deep sequencing.利用深度测序研究基因组复制的动力学。
Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(1):e3. doi: 10.1093/nar/gkt878. Epub 2013 Oct 1.
8
Active motif finder - a bio-tool based on mutational structures in DNA sequences.活性基序查找器——一种基于DNA序列突变结构的生物工具。
J Biomed Res. 2011 Nov;25(6):444-8. doi: 10.1016/S1674-8301(11)60059-6.
9
MGcV: the microbial genomic context viewer for comparative genome analysis.MGcV：用于比较基因组分析的微生物基因组上下文查看器。
BMC Genomics. 2013 Apr 1;14:209. doi: 10.1186/1471-2164-14-209.
10
Identification of mRNAs bound and regulated by human LIN28 proteins and molecular requirements for RNA recognition.鉴定人 LIN28 蛋白结合和调控的 mRNAs 及 RNA 识别的分子需求。
RNA. 2013 May;19(5):613-26. doi: 10.1261/rna.036491.112. Epub 2013 Mar 12.