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用于比较基因组学的微生物浏览器。

The Microbe browser for comparative genomics.

作者信息

Gattiker Alexandre, Dessimoz Christophe, Schneider Adrian, Xenarios Ioannis, Pagni Marco, Rougemont Jacques

机构信息

Swiss Institute of Bioinformatics, School of Life Sciences, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, 1015 Lausanne, Switzerland.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W296-9. doi: 10.1093/nar/gkp268. Epub 2009 Apr 30.

DOI:10.1093/nar/gkp268
PMID:19406928
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2703916/
Abstract

The Microbe browser is a web server providing comparative microbial genomics data. It offers comprehensive, integrated data from GenBank, RefSeq, UniProt, InterPro, Gene Ontology and the Orthologs Matrix Project (OMA) database, displayed along with gene predictions from five software packages. The Microbe browser is daily updated from the source databases and includes all completely sequenced bacterial and archaeal genomes. The data are displayed in an easy-to-use, interactive website based on Ensembl software. The Microbe browser is available at http://microbe.vital-it.ch/. Programmatic access is available through the OMA application programming interface (API) at http://microbe.vital-it.ch/api.

摘要

微生物浏览器是一个提供比较微生物基因组学数据的网络服务器。它提供来自GenBank、RefSeq、UniProt、InterPro、基因本体论和直系同源矩阵项目(OMA)数据库的全面、整合数据,并与五个软件包的基因预测结果一起显示。微生物浏览器每天从源数据库更新,包括所有已完全测序的细菌和古菌基因组。这些数据显示在一个基于Ensembl软件的易于使用的交互式网站上。可通过http://microbe.vital-it.ch/访问微生物浏览器。可通过http://microbe.vital-it.ch/api的OMA应用程序编程接口(API)进行编程访问。

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