• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

MouseCyc:一个为实验小鼠精心策划的生化途径数据库。

MouseCyc: a curated biochemical pathways database for the laboratory mouse.

作者信息

Evsikov Alexei V, Dolan Mary E, Genrich Michael P, Patek Emily, Bult Carol J

机构信息

The Jackson Laboratory, Bar Harbor, ME 04609, USA.

出版信息

Genome Biol. 2009;10(8):R84. doi: 10.1186/gb-2009-10-8-r84. Epub 2009 Aug 14.

DOI:10.1186/gb-2009-10-8-r84
PMID:19682380
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2745765/
Abstract

Linking biochemical genetic data to the reference genome for the laboratory mouse is important for comparative physiology and for developing mouse models of human biology and disease. We describe here a new database of curated metabolic pathways for the laboratory mouse called MouseCyc http://mousecyc.jax.org. MouseCyc has been integrated with genetic and genomic data for the laboratory mouse available from the Mouse Genome Informatics database and with pathway data from other organisms, including human.

摘要

将生化遗传数据与实验室小鼠的参考基因组相联系,对于比较生理学以及开发人类生物学和疾病的小鼠模型而言至关重要。我们在此描述了一个名为MouseCyc(http://mousecyc.jax.org)的关于实验室小鼠的精心策划的代谢途径新数据库。MouseCyc已与可从小鼠基因组信息数据库获取的实验室小鼠的遗传和基因组数据以及包括人类在内的其他生物的途径数据整合在一起。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/dd95edd5715e/gb-2009-10-8-r84-5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/b6335fc5db6c/gb-2009-10-8-r84-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/f65d55384d54/gb-2009-10-8-r84-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/900a0e1ad461/gb-2009-10-8-r84-3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/af9171f916ac/gb-2009-10-8-r84-4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/dd95edd5715e/gb-2009-10-8-r84-5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/b6335fc5db6c/gb-2009-10-8-r84-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/f65d55384d54/gb-2009-10-8-r84-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/900a0e1ad461/gb-2009-10-8-r84-3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/af9171f916ac/gb-2009-10-8-r84-4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b619/2745765/dd95edd5715e/gb-2009-10-8-r84-5.jpg

相似文献

1
MouseCyc: a curated biochemical pathways database for the laboratory mouse.MouseCyc:一个为实验小鼠精心策划的生化途径数据库。
Genome Biol. 2009;10(8):R84. doi: 10.1186/gb-2009-10-8-r84. Epub 2009 Aug 14.
2
Mouse Genome Database (MGD)-2018: knowledgebase for the laboratory mouse.小鼠基因组数据库(MGD)-2018:实验小鼠知识库。
Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D836-D842. doi: 10.1093/nar/gkx1006.
3
Mouse genome database 2016.小鼠基因组数据库2016年版
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D840-7. doi: 10.1093/nar/gkv1211. Epub 2015 Nov 17.
4
The Mouse Genome Database genotypes::phenotypes.小鼠基因组数据库 基因型::表型
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D712-9. doi: 10.1093/nar/gkn886. Epub 2008 Nov 3.
5
Mouse Genome Database: From sequence to phenotypes and disease models.小鼠基因组数据库:从序列到表型及疾病模型
Genesis. 2015 Aug;53(8):458-73. doi: 10.1002/dvg.22874. Epub 2015 Jul 27.
6
The Mouse Genome Database (MGD): facilitating mouse as a model for human biology and disease.小鼠基因组数据库(MGD):助力小鼠成为人类生物学和疾病研究的模型
Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D726-36. doi: 10.1093/nar/gku967. Epub 2014 Oct 27.
7
The Mouse Genome Database (MGD): the model organism database for the laboratory mouse.小鼠基因组数据库(MGD):实验小鼠的模式生物数据库。
Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):113-5. doi: 10.1093/nar/30.1.113.
8
Mouse Genome Database (MGD)-2017: community knowledge resource for the laboratory mouse.小鼠基因组数据库(MGD)-2017:实验室小鼠的社区知识资源。
Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D723-D729. doi: 10.1093/nar/gkw1040. Epub 2016 Nov 28.
9
MGD: the Mouse Genome Database.MGD:小鼠基因组数据库。
Nucleic Acids Res. 2003 Jan 1;31(1):193-5. doi: 10.1093/nar/gkg047.
10
The mouse genome database (MGD): new features facilitating a model system.小鼠基因组数据库(MGD):助力模型系统的新特性
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D630-7. doi: 10.1093/nar/gkl940. Epub 2006 Nov 29.

引用本文的文献

1
Metabolomic and transcriptional profiling reveals bioenergetic stress and activation of cell death and inflammatory pathways after neuronal deletion of NAMPT.代谢组学和转录组学分析揭示了神经元 NAMPT 缺失后细胞死亡和炎症途径的生物能量应激和激活。
J Cereb Blood Flow Metab. 2021 Aug;41(8):2116-2131. doi: 10.1177/0271678X21992625. Epub 2021 Feb 9.
2
A Mitochondrial Polymorphism Alters Immune Cell Metabolism and Protects Mice from Skin Inflammation.线粒体多态性改变免疫细胞代谢并保护小鼠免受皮肤炎症。
Int J Mol Sci. 2021 Jan 20;22(3):1006. doi: 10.3390/ijms22031006.
3
pathDIP 4: an extended pathway annotations and enrichment analysis resource for human, model organisms and domesticated species.

本文引用的文献

1
A dynamic interface for capsaicinoid systems biology.一种用于辣椒素类物质系统生物学的动态界面。
Plant Physiol. 2009 Aug;150(4):1806-21. doi: 10.1104/pp.109.136549. Epub 2009 Jun 24.
2
ChlamyCyc: an integrative systems biology database and web-portal for Chlamydomonas reinhardtii.衣藻循环(ChlamyCyc):莱茵衣藻的综合系统生物学数据库及网络平台。
BMC Genomics. 2009 May 4;10:209. doi: 10.1186/1471-2164-10-209.
3
How confident can we be that orthologs are similar, but paralogs differ?我们对直系同源物相似而旁系同源物不同这一点能有多大的信心呢?
pathDIP 4:一个扩展的人类、模式生物和驯化物种通路注释和富集分析资源。
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D479-D488. doi: 10.1093/nar/gkz989.
4
The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes - a 2019 update.代谢途径和酶的 MetaCyc 数据库——2019 年更新。
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D445-D453. doi: 10.1093/nar/gkz862.
5
anamiR: integrated analysis of MicroRNA and gene expression profiling.anamiR:MicroRNA 和基因表达谱的综合分析。
BMC Bioinformatics. 2019 May 14;20(1):239. doi: 10.1186/s12859-019-2870-x.
6
The Transcriptomic Toolbox: Resources for Interpreting Large Gene Expression Data within a Precision Medicine Context for Metabolic Disease Atherosclerosis.转录组学工具箱:在代谢性疾病动脉粥样硬化的精准医学背景下解读大型基因表达数据的资源
J Pers Med. 2019 Apr 29;9(2):21. doi: 10.3390/jpm9020021.
7
Analysis of the Small Molecule Content of Outer Membrane Vesicles Produced by Indicates an Extensive Metabolic Link between Microbe and Host.对[微生物名称]产生的外膜囊泡小分子含量的分析表明微生物与宿主之间存在广泛的代谢联系。 (注:原文中“Produced by”后面缺少具体微生物名称)
Front Microbiol. 2017 Dec 8;8:2440. doi: 10.3389/fmicb.2017.02440. eCollection 2017.
8
The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes.MetaCyc 数据库中的代谢途径和酶。
Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D633-D639. doi: 10.1093/nar/gkx935.
9
Comparative genomic evidence for the involvement of schizophrenia risk genes in antipsychotic effects.比较基因组学证据表明精神分裂症风险基因参与了抗精神病药物的作用。
Mol Psychiatry. 2018 Mar;23(3):708-712. doi: 10.1038/mp.2017.111. Epub 2017 May 30.
10
Prevention of tumorigenesis in mice by exercise is dependent on strain background and timing relative to carcinogen exposure.运动预防小鼠肿瘤发生依赖于品系背景和相对于致癌物暴露的时间。
Sci Rep. 2017 Feb 22;7:43086. doi: 10.1038/srep43086.
Trends Genet. 2009 May;25(5):210-6. doi: 10.1016/j.tig.2009.03.004. Epub 2009 Apr 14.
4
Reconstruction of metabolic pathways for the cattle genome.牛基因组代谢途径的重建。
BMC Syst Biol. 2009 Mar 12;3:33. doi: 10.1186/1752-0509-3-33.
5
KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways.用于代谢途径全局分析的KEGG图谱映射
Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36(Web Server issue):W423-6. doi: 10.1093/nar/gkn282. Epub 2008 May 13.
6
KEGG for linking genomes to life and the environment.京都基因与基因组百科全书,用于将基因组与生命及环境相联系。
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D480-4. doi: 10.1093/nar/gkm882. Epub 2007 Dec 12.
7
The MetaCyc Database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases.代谢途径与酶的MetaCyc数据库以及途径/基因组数据库的BioCyc集合。
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D623-31. doi: 10.1093/nar/gkm900. Epub 2007 Oct 27.
8
Agmatine : metabolic pathway and spectrum of activity in brain.胍丁胺:大脑中的代谢途径及活性谱
CNS Drugs. 2007;21(11):885-900. doi: 10.2165/00023210-200721110-00002.
9
Human ornithine decarboxylase paralogue (ODCp) is an antizyme inhibitor but not an arginine decarboxylase.人类鸟氨酸脱羧酶旁系同源物(ODCp)是一种抗酶抑制剂,但不是精氨酸脱羧酶。
Biochem J. 2008 Jan 1;409(1):187-92. doi: 10.1042/BJ20071004.
10
Peptidylarginine deiminase (PAD) 6 is essential for oocyte cytoskeletal sheet formation and female fertility.肽基精氨酸脱亚氨酶6(PAD6)对于卵母细胞细胞骨架片层的形成和雌性生育能力至关重要。
Mol Cell Endocrinol. 2007 Jul 15;273(1-2):25-31. doi: 10.1016/j.mce.2007.05.005. Epub 2007 May 17.