• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

高质量双蛋白相互作用组图谱的研究策略。

Strategies towards high-quality binary protein interactome maps.

机构信息

Department of Medical Protein Research, VIB, Ghent, Belgium.

出版信息

J Proteomics. 2010 Jun 16;73(8):1415-20. doi: 10.1016/j.jprot.2010.02.001. Epub 2010 Feb 12.

DOI:10.1016/j.jprot.2010.02.001
PMID:20153845
Abstract

Many processes in a cell depend on protein-protein interactions (PPIs) and perturbations of these interactions can lead to diseases. Comprehensive knowledge of PPI networks will not only give us information on how the cell is organized, but will also provide new drug targets. Current binary PPI networks are mainly generated by high-throughput yeast two-hybrid. Due to the small overlap of these maps, it has long been assumed that these maps are of low quality containing many false positives. However, by using an orthogonal two-hybrid method, MAPPIT (mammalian protein-protein interaction trap), these maps were shown to be of high quality suggesting that the limited overlap is likely due to low sensitivity and not to low specificity.

摘要

许多细胞中的过程都依赖于蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs),而这些相互作用的干扰可能导致疾病。全面了解 PPI 网络不仅可以让我们了解细胞的组织方式,还可以为新药靶点提供信息。目前的二进制 PPI 网络主要是通过高通量酵母双杂交产生的。由于这些图谱的重叠很小,长期以来人们一直认为这些图谱的质量较低,包含许多假阳性。然而,通过使用正交的双杂交方法——MAPPIT(哺乳动物蛋白质-蛋白质相互作用捕获),这些图谱被证明具有高质量,这表明有限的重叠可能是由于低灵敏度而不是低特异性所致。

相似文献

1
Strategies towards high-quality binary protein interactome maps.高质量双蛋白相互作用组图谱的研究策略。
J Proteomics. 2010 Jun 16;73(8):1415-20. doi: 10.1016/j.jprot.2010.02.001. Epub 2010 Feb 12.
2
Yeast two-hybrid contributions to interactome mapping.酵母双杂交技术在相互作用组图谱绘制中的贡献。
Curr Opin Biotechnol. 2006 Aug;17(4):387-93. doi: 10.1016/j.copbio.2006.06.006. Epub 2006 Jun 27.
3
High-quality binary protein interaction map of the yeast interactome network.酵母相互作用组网络的高质量二元蛋白质相互作用图谱。
Science. 2008 Oct 3;322(5898):104-10. doi: 10.1126/science.1158684. Epub 2008 Aug 21.
4
The Cartographers toolbox: building bigger and better human protein interaction networks.制图师工具箱:构建更大更好的人类蛋白质相互作用网络。
Brief Funct Genomic Proteomic. 2009 Jan;8(1):1-11. doi: 10.1093/bfgp/elp003. Epub 2009 Mar 12.
5
Assessment of high-confidence protein-protein interactome in yeast.酵母中高可信度蛋白质-蛋白质相互作用组的评估
Comput Biol Chem. 2013 Aug;45:1-8. doi: 10.1016/j.compbiolchem.2013.03.002. Epub 2013 Mar 26.
6
The use of mammalian two-hybrid technologies for high-throughput drug screening.哺乳动物双杂交技术在高通量药物筛选中的应用。
Methods. 2012 Dec;58(4):335-42. doi: 10.1016/j.ymeth.2012.08.003. Epub 2012 Aug 14.
7
Using yeast as a model to study membrane proteins.利用酵母作为模型来研究膜蛋白。
Curr Opin Nephrol Hypertens. 2011 Jul;20(4):425-32. doi: 10.1097/MNH.0b013e3283478611.
8
Array MAPPIT: high-throughput interactome analysis in mammalian cells.阵列MAPPIT:哺乳动物细胞中的高通量相互作用组分析。
J Proteome Res. 2009 Feb;8(2):877-86. doi: 10.1021/pr8005167.
9
MAPPIT, a mammalian two-hybrid method for in-cell detection of protein-protein interactions.MAPPIT,一种用于细胞内蛋白质-蛋白质相互作用检测的哺乳动物双杂交方法。
Methods Mol Biol. 2015;1278:447-55. doi: 10.1007/978-1-4939-2425-7_29.
10
A Drosophila protein-interaction map centered on cell-cycle regulators.以细胞周期调节因子为核心的果蝇蛋白质相互作用图谱。
Genome Biol. 2004;5(12):R96. doi: 10.1186/gb-2004-5-12-r96. Epub 2004 Nov 26.

引用本文的文献

1
Computational Network Inference for Bacterial Interactomics.计算网络推断在细菌相互作用组学中的应用。
mSystems. 2022 Apr 26;7(2):e0145621. doi: 10.1128/msystems.01456-21. Epub 2022 Mar 30.
2
APID database: redefining protein-protein interaction experimental evidences and binary interactomes.APID 数据库:重新定义蛋白质-蛋白质相互作用的实验证据和二进制相互作用组。
Database (Oxford). 2019 Jan 1;2019:baz005. doi: 10.1093/database/baz005.
3
The online Tabloid Proteome: an annotated database of protein associations.在线小报蛋白质组学:蛋白质关联注释数据库。
Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D581-D585. doi: 10.1093/nar/gkx930.
4
Pooled-matrix protein interaction screens using Barcode Fusion Genetics.使用条形码融合遗传学的汇集矩阵蛋白质相互作用筛选。
Mol Syst Biol. 2016 Apr 22;12(4):863. doi: 10.15252/msb.20156660.
5
Pathway mapping and development of disease-specific biomarkers: protein-based network biomarkers.疾病特异性生物标志物的通路映射与开发:基于蛋白质的网络生物标志物
J Cell Mol Med. 2015 Feb;19(2):297-314. doi: 10.1111/jcmm.12447. Epub 2015 Jan 5.
6
Integrating the interactome and the transcriptome of Drosophila.整合果蝇的相互作用组和转录组。
BMC Bioinformatics. 2014 Jun 10;15:177. doi: 10.1186/1471-2105-15-177.
7
Protein tyrosine phosphatases as wardens of STAT signaling.作为STAT信号通路守护者的蛋白酪氨酸磷酸酶
JAKSTAT. 2014 Jan 1;3(1):e28087. doi: 10.4161/jkst.28087. Epub 2014 Feb 20.
8
In-frame cDNA library combined with protein complementation assay identifies ARL11-binding partners.框内 cDNA 文库结合蛋白互补测定法鉴定 ARL11 结合伴侣。
PLoS One. 2012;7(12):e52290. doi: 10.1371/journal.pone.0052290. Epub 2012 Dec 18.
9
Network compression as a quality measure for protein interaction networks.网络压缩作为蛋白质相互作用网络的质量度量标准。
PLoS One. 2012;7(6):e35729. doi: 10.1371/journal.pone.0035729. Epub 2012 Jun 18.