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使用最优贝叶斯方法定量生物分子扩散率。

Quantifying biomolecule diffusivity using an optimal Bayesian method.

机构信息

Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique URA 2171, Unit In Silico Genetics, Paris, France.

出版信息

Biophys J. 2010 Feb 17;98(4):596-605. doi: 10.1016/j.bpj.2009.10.051.

Abstract

We propose a Bayesian method to extract the diffusivity of biomolecules evolving freely or inside membrane microdomains. This approach assumes a model of motion for the particle considered, namely free Brownian motion or confined diffusion. In each framework, a systematic Bayesian scheme is provided for estimating the diffusivity. We show that this method reaches the best performances theoretically achievable. Its efficiency overcomes that of widely used methods based on the analysis of the mean-square displacement. The approach presented here also gives direct access to the uncertainty on the estimation of the diffusivity and predicts the number of steps of the trajectory necessary to achieve any desired precision. Its robustness with respect to noise on the position of the biomolecule is also investigated.

摘要

我们提出了一种贝叶斯方法来提取在自由或在膜微域中演化的生物分子的扩散系数。该方法假设了所考虑粒子的运动模型,即自由布朗运动或受限扩散。在每个框架中,都提供了一种系统的贝叶斯方案来估计扩散系数。我们表明,该方法在理论上达到了可实现的最佳性能。它的效率超过了基于均方位移分析的广泛使用的方法。这里提出的方法还可以直接访问对扩散系数估计的不确定性,并预测轨迹的步数,以达到任何所需的精度。还研究了它对生物分子位置噪声的稳健性。

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