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Genomedata 格式用于存储大规模功能基因组学数据。

The Genomedata format for storing large-scale functional genomics data.

机构信息

Department of Genome Sciences, University of Washington, PO Box 355065, Seattle, WA 98195-5065, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2010 Jun 1;26(11):1458-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btq164. Epub 2010 Apr 29.

DOI:10.1093/bioinformatics/btq164
PMID:20435580
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2872006/
Abstract

SUMMARY

We present a format for efficient storage of multiple tracks of numeric data anchored to a genome. The format allows fast random access to hundreds of gigabytes of data, while retaining a small disk space footprint. We have also developed utilities to load data into this format. We show that retrieving data from this format is more than 2900 times faster than a naive approach using wiggle files.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Reference implementation in Python and C components available at http://noble.gs.washington.edu/proj/genomedata/ under the GNU General Public License.

摘要

摘要

我们提出了一种高效存储锚定到基因组的多个数值数据轨道的格式。该格式允许对数百千兆字节的数据进行快速随机访问，同时保持较小的磁盘空间占用。我们还开发了用于将数据加载到此格式的实用程序。我们表明，从该格式中检索数据的速度比使用 wiggle 文件的简单方法快 2900 多倍。

可用性和实现

在 http://noble.gs.washington.edu/proj/genomedata/ 下，可根据 GNU 通用公共许可证获得 Python 和 C 组件的参考实现。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/ac6d/2872006/7945fecdf548/btq164f1.jpg
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