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Cytoscape 2.8:新的数据集成和网络可视化功能。

Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization.

机构信息

Department of Medicine, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2011 Feb 1;27(3):431-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btq675. Epub 2010 Dec 12.

Abstract

UNLABELLED

Cytoscape is a popular bioinformatics package for biological network visualization and data integration. Version 2.8 introduces two powerful new features--Custom Node Graphics and Attribute Equations--which can be used jointly to greatly enhance Cytoscape's data integration and visualization capabilities. Custom Node Graphics allow an image to be projected onto a node, including images generated dynamically or at remote locations. Attribute Equations provide Cytoscape with spreadsheet-like functionality in which the value of an attribute is computed dynamically as a function of other attributes and network properties.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Cytoscape is a desktop Java application released under the Library Gnu Public License (LGPL). Binary install bundles and source code for Cytoscape 2.8 are available for download from http://cytoscape.org.

摘要

未标注

Cytoscape 是一个流行的生物信息学软件包,用于生物网络可视化和数据集成。版本 2.8 引入了两个强大的新功能——自定义节点图形和属性方程——可以联合使用,极大地增强了 Cytoscape 的数据集成和可视化功能。自定义节点图形允许将图像投影到节点上,包括动态生成或远程位置生成的图像。属性方程为 Cytoscape 提供了类似于电子表格的功能,其中属性的值可以作为其他属性和网络属性的函数动态计算。

可用性和实现

Cytoscape 是一个桌面 Java 应用程序,根据库通用公共许可证(LGPL)发布。可从 http://cytoscape.org 下载 Cytoscape 2.8 的二进制安装包和源代码。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/1090/3031041/0802c20e7817/btq675f1.jpg

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