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基于 CRISPR 的 Sulfolobales 免疫体系:复杂性和多样性。

CRISPR-based immune systems of the Sulfolobales: complexity and diversity.

机构信息

Archaea Centre, Department of Biology, University of Copenhagen, Ole Maaløes Vej 5, 2200N Copenhagen K, Denmark.

出版信息

Biochem Soc Trans. 2011 Jan;39(1):51-7. doi: 10.1042/BST0390051.

DOI:10.1042/BST0390051
PMID:21265746
Abstract

CRISPR (cluster of regularly interspaced palindromic repeats)/Cas and CRISPR/Cmr systems of Sulfolobus, targeting DNA and RNA respectively of invading viruses or plasmids are complex and diverse. We address their classification and functional diversity, and the wide sequence diversity of RAMP (repeat-associated mysterious protein)-motif containing proteins encoded in Cmr modules. Factors influencing maintenance of partially impaired CRISPR-based systems are discussed. The capacity for whole CRISPR transcripts to be generated despite the uptake of transcription signals within spacer sequences is considered. Targeting of protospacer regions of invading elements by Cas protein-crRNA (CRISPR RNA) complexes exhibit relatively low sequence stringency, but the integrity of protospacer-associated motifs appears to be important. Different mechanisms for circumventing or inactivating the immune systems are presented.

摘要

CRISPR(成簇规律间隔短回文重复)/Cas 和 Sulfolobus 的 CRISPR/Cmr 系统分别针对入侵病毒或质粒的 DNA 和 RNA,具有复杂性和多样性。我们讨论了它们的分类和功能多样性,以及 Cmr 模块中编码的含有 RAMP(重复相关神秘蛋白)基序的蛋白的广泛序列多样性。影响部分受损 CRISPR 为基础系统维持的因素也在讨论之中。考虑到尽管在间隔序列中摄取了转录信号,但仍能够生成整个 CRISPR 转录本的能力。Cas 蛋白-crRNA(CRISPR RNA)复合物对入侵元件的原间隔区的靶向显示出相对较低的序列严格性,但原间隔区相关基序的完整性似乎很重要。本文还提出了不同的规避或失活免疫系统的机制。

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