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Hmo1 通过掩盖无核小体区域将起始前复合物组装到其靶基因启动子上的适当位置。

Hmo1 directs pre-initiation complex assembly to an appropriate site on its target gene promoters by masking a nucleosome-free region.

机构信息

Division of Molecular and Cellular Biology, Graduate School of Nanobioscience, Yokohama City University, Yokohama 230-0045, Japan.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2011 May;39(10):4136-50. doi: 10.1093/nar/gkq1334. Epub 2011 Feb 2.

DOI:10.1093/nar/gkq1334
PMID:21288884
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3105432/
Abstract

Saccharomyces cerevisiae Hmo1 binds to the promoters of ∼ 70% of ribosomal protein genes (RPGs) at high occupancy, but is observed at lower occupancy on the remaining RPG promoters. In Δhmo1 cells, the transcription start site (TSS) of the Hmo1-enriched RPS5 promoter shifted upstream, while the TSS of the Hmo1-limited RPL10 promoter did not shift. Analyses of chimeric RPS5/RPL10 promoters revealed a region between the RPS5 upstream activating sequence (UAS) and core promoter, termed the intervening region (IVR), responsible for strong Hmo1 binding and an upstream TSS shift in Δhmo1 cells. Chromatin immunoprecipitation analyses showed that the RPS5-IVR resides within a nucleosome-free region and that pre-initiation complex (PIC) assembly occurs at a site between the IVR and a nucleosome overlapping the TSS (+1 nucleosome). The PIC assembly site was shifted upstream in Δhmo1 cells on this promoter, indicating that Hmo1 normally masks the RPS5-IVR to prevent PIC assembly at inappropriate site(s). This novel mechanism ensures accurate transcriptional initiation by delineating the 5'- and 3'-boundaries of the PIC assembly zone.

摘要

酿酒酵母 Hmo1 以高占有率结合到大约 70%的核糖体蛋白基因（RPGs）的启动子上，但在其余 RPG 启动子上的占有率较低。在Δhmo1 细胞中，Hmo1 富集的 RPS5 启动子的转录起始位点（TSS）向上游移位，而 Hmo1 受限的 RPL10 启动子的 TSS 没有移位。对嵌合 RPS5/RPL10 启动子的分析揭示了 RPS5 上游激活序列（UAS）和核心启动子之间的一个区域，称为间隔区（IVR），负责 Hmo1 的强结合和在Δhmo1 细胞中的上游 TSS 移位。染色质免疫沉淀分析表明，RPS5-IVR 位于无核小体区域内，并且起始前复合物（PIC）组装发生在 IVR 和重叠 TSS（+1 核小体）的核小体之间的位点。在这个启动子上，Δhmo1 细胞中的 PIC 组装位点向上游移位，表明 Hmo1 通常掩盖 RPS5-IVR 以防止 PIC 在不合适的位点组装。这种新的机制通过描绘 PIC 组装区域的 5'和 3'边界来确保准确的转录起始。

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