• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

一种用于从全基因组数据预测临床结果的高效贝叶斯方法。

An efficient bayesian method for predicting clinical outcomes from genome-wide data.

作者信息

Cooper Gregory F, Hennings-Yeomans Pablo, Visweswaran Shyam, Barmada Michael

机构信息

Department of Biomedical Informatics.

出版信息

AMIA Annu Symp Proc. 2010 Nov 13;2010:127-31.

PMID:21346954
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3041321/
Abstract

This paper compares the predictive performance and efficiency of several machine-learning methods when applied to a genome-wide dataset on Alzheimer's disease that contains 312,318 SNP measurements on 1411 cases. In particular, a Bayesian algorithm is introduced and compared to several standard machine-learning methods. The results show that the Bayesian algorithm predicts outcomes comparably to the standard methods, and it requires less total training time. These results support the further development and evaluation of the Bayesian algorithm.

摘要

本文比较了几种机器学习方法应用于一个关于阿尔茨海默病的全基因组数据集时的预测性能和效率,该数据集包含1411例病例的312318个单核苷酸多态性(SNP)测量值。特别地,引入了一种贝叶斯算法并将其与几种标准机器学习方法进行比较。结果表明,贝叶斯算法在预测结果方面与标准方法相当,并且所需的总训练时间更少。这些结果支持对贝叶斯算法进行进一步开发和评估。

相似文献

1
An efficient bayesian method for predicting clinical outcomes from genome-wide data.一种用于从全基因组数据预测临床结果的高效贝叶斯方法。
AMIA Annu Symp Proc. 2010 Nov 13;2010:127-31.
2
The application of naive Bayes model averaging to predict Alzheimer's disease from genome-wide data.朴素贝叶斯模型平均在全基因组数据预测阿尔茨海默病中的应用。
J Am Med Inform Assoc. 2011 Jul-Aug;18(4):370-5. doi: 10.1136/amiajnl-2011-000101.
3
An algorithm for direct causal learning of influences on patient outcomes.一种用于直接因果学习对患者预后影响的算法。
Artif Intell Med. 2017 Jan;75:1-15. doi: 10.1016/j.artmed.2016.10.003. Epub 2016 Nov 5.
4
Genome-wide prediction of discrete traits using Bayesian regressions and machine learning.基于贝叶斯回归和机器学习的全基因组离散性状预测。
Genet Sel Evol. 2011 Feb 17;43(1):7. doi: 10.1186/1297-9686-43-7.
5
[Current status of SNPs interaction in genome-wide association study].[全基因组关联研究中SNP相互作用的现状]
Yi Chuan. 2011 Sep;33(9):901-10. doi: 10.3724/sp.j.1005.2011.00901.
6
EpiMOGA: An Epistasis Detection Method Based on a Multi-Objective Genetic Algorithm.EpiMOGA:一种基于多目标遗传算法的上位性检测方法。
Genes (Basel). 2021 Jan 28;12(2):191. doi: 10.3390/genes12020191.
7
A fast algorithm for learning epistatic genomic relationships.一种用于学习上位性基因组关系的快速算法。
AMIA Annu Symp Proc. 2010 Nov 13;2010:341-5.
8
FHSA-SED: Two-Locus Model Detection for Genome-Wide Association Study with Harmony Search Algorithm.FHSA-SED:基于和声搜索算法的全基因组关联研究双位点模型检测
PLoS One. 2016 Mar 25;11(3):e0150669. doi: 10.1371/journal.pone.0150669. eCollection 2016.
9
Bag of Naïve Bayes: biomarker selection and classification from genome-wide SNP data.朴素贝叶斯袋:从全基因组 SNP 数据中进行生物标志物选择和分类。
BMC Bioinformatics. 2012;13 Suppl 14(Suppl 14):S2. doi: 10.1186/1471-2105-13-S14-S2. Epub 2012 Sep 7.
10
Genome-wide prediction using Bayesian additive regression trees.使用贝叶斯加法回归树进行全基因组预测。
Genet Sel Evol. 2016 Jun 10;48(1):42. doi: 10.1186/s12711-016-0219-8.

引用本文的文献

1
Identification of genetic interaction networks via an evolutionary algorithm evolved Bayesian network.通过进化算法进化的贝叶斯网络识别基因相互作用网络。
BioData Min. 2016 May 10;9:18. doi: 10.1186/s13040-016-0094-4. eCollection 2016.
2
Computational methods for ubiquitination site prediction using physicochemical properties of protein sequences.利用蛋白质序列的物理化学性质进行泛素化位点预测的计算方法。
BMC Bioinformatics. 2016 Mar 3;17:116. doi: 10.1186/s12859-016-0959-z.
3
A comparison of genomic profiles of complex diseases under different models.不同模型下复杂疾病基因组图谱的比较。
BMC Med Genomics. 2016 Jan 19;9:3. doi: 10.1186/s12920-015-0157-2.
4
Comparison of machine learning classifiers for influenza detection from emergency department free-text reports.基于急诊科自由文本报告的流感检测中机器学习分类器的比较
J Biomed Inform. 2015 Dec;58:60-69. doi: 10.1016/j.jbi.2015.08.019. Epub 2015 Sep 16.
5
Novel Application of Junction Trees to the Interpretation of Epigenetic Differences among Lung Cancer Subtypes.连接树在肺癌亚型表观遗传差异解读中的新应用
AMIA Jt Summits Transl Sci Proc. 2015 Mar 23;2015:31-5. eCollection 2015.
6
Evaluation of a two-stage framework for prediction using big genomic data.使用大型基因组数据评估用于预测的两阶段框架。
Brief Bioinform. 2015 Nov;16(6):912-21. doi: 10.1093/bib/bbv010. Epub 2015 Mar 18.
7
A comparative analysis of methods for predicting clinical outcomes using high-dimensional genomic datasets.基于高维基因组数据集的临床结局预测方法的比较分析。
J Am Med Inform Assoc. 2014 Oct;21(e2):e312-9. doi: 10.1136/amiajnl-2013-002358. Epub 2014 Apr 15.
8
A new method for predicting patient survivorship using efficient bayesian network learning.一种使用高效贝叶斯网络学习来预测患者生存期的新方法。
Cancer Inform. 2014 Feb 13;13:47-57. doi: 10.4137/CIN.S13053. eCollection 2014.
9
Influenza detection from emergency department reports using natural language processing and Bayesian network classifiers.基于自然语言处理和贝叶斯网络分类器的急诊科报告中流感的检测。
J Am Med Inform Assoc. 2014 Sep-Oct;21(5):815-23. doi: 10.1136/amiajnl-2013-001934. Epub 2014 Jan 9.
10
Survival prediction and treatment recommendation with Bayesian techniques in lung cancer.运用贝叶斯技术进行肺癌的生存预测与治疗推荐
AMIA Annu Symp Proc. 2012;2012:838-47. Epub 2012 Nov 3.

本文引用的文献

1
Bayesian rule learning for biomedical data mining.贝叶斯规则学习在生物医学数据挖掘中的应用。
Bioinformatics. 2010 Mar 1;26(5):668-75. doi: 10.1093/bioinformatics/btq005. Epub 2010 Jan 14.
2
Phenotype forecasting with SNPs data through gene-based Bayesian networks.通过基于基因的贝叶斯网络利用单核苷酸多态性(SNP)数据进行表型预测。
BMC Bioinformatics. 2009 Feb 5;10 Suppl 2(Suppl 2):S7. doi: 10.1186/1471-2105-10-S2-S7.
3
A review of feature selection techniques in bioinformatics.生物信息学中特征选择技术综述。
Bioinformatics. 2007 Oct 1;23(19):2507-17. doi: 10.1093/bioinformatics/btm344. Epub 2007 Aug 24.
4
GAB2 alleles modify Alzheimer's risk in APOE epsilon4 carriers.GAB2等位基因改变APOE ε4携带者患阿尔茨海默病的风险。
Neuron. 2007 Jun 7;54(5):713-20. doi: 10.1016/j.neuron.2007.05.022.
5
A century of Alzheimer's disease.阿尔茨海默病的一个世纪。
Science. 2006 Nov 3;314(5800):777-81. doi: 10.1126/science.1132814.