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SpEED：快速计算敏感的间隔种子。

SpEED: fast computation of sensitive spaced seeds.

机构信息

Department of Computer Science, University of Western Ontario, London, ON N6A 5B7, Canada.

出版信息

Bioinformatics. 2011 Sep 1;27(17):2433-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btr368. Epub 2011 Jun 20.

DOI:10.1093/bioinformatics/btr368
PMID:21690104
Abstract

SUMMARY

Multiple spaced seeds represent the current state-of-the-art for similarity search in bioinformatics, with applications in various areas such as sequence alignment, read mapping, oligonucleotide design, etc. We present SpEED, a software program that computes highly sensitive multiple spaced seeds. SpEED can be several orders of magnitude faster and computes better seeds than the existing leading software programs.

AVAILABILITY

The source code of SpEED is freely available at www.csd.uwo.ca/~ilie/SpEED/ CONTACT: ilie@csd.uwo.ca

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

摘要

在生物信息学中，多个间隔的种子代表了当前相似性搜索的最新技术，其应用领域包括序列比对、读取映射、寡核苷酸设计等。我们提出了 SpEED，这是一个计算高度敏感的多个间隔种子的软件程序。SpEED 的速度比现有的领先软件程序快几个数量级，并且计算出的种子更好。

可用性

SpEED 的源代码可在 www.csd.uwo.ca/~ilie/SpEED/ 上免费获得。

联系人

ilie@csd.uwo.ca

补充信息

补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。

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