Center for Bioinformatics Tuebingen, University of Tuebingen, 72076 Tübingen, Germany.
Bioinformatics. 2011 Aug 15;27(16):2314-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btr377. Epub 2011 Jun 23.
The KEGG PATHWAY database provides a widely used service for metabolic and nonmetabolic pathways. It contains manually drawn pathway maps with information about the genes, reactions and relations contained therein. To store these pathways, KEGG uses KGML, a proprietary XML-format. Parsers and translators are needed to process the pathway maps for usage in other applications and algorithms. We have developed KEGGtranslator, an easy-to-use stand-alone application that can visualize and convert KGML formatted XML-files into multiple output formats. Unlike other translators, KEGGtranslator supports a plethora of output formats, is able to augment the information in translated documents (e.g. MIRIAM annotations) beyond the scope of the KGML document, and amends missing components to fragmentary reactions within the pathway to allow simulations on those.
KEGGtranslator is freely available as a Java(™) Web Start application and for download at http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/. KGML files can be downloaded from within the application.
clemens.wrzodek@uni-tuebingen.de
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
KEGG PATHWAY 数据库为代谢和非代谢途径提供了广泛使用的服务。它包含有关其中包含的基因、反应和关系的手动绘制的途径图。KEGG 使用 KGML（专有的 XML 格式）来存储这些途径。需要解析器和翻译器来处理途径图，以便在其他应用程序和算法中使用。我们开发了 KEGGtranslator，这是一个易于使用的独立应用程序，可以将 KGML 格式的 XML 文件可视化并转换为多种输出格式。与其他翻译器不同，KEGGtranslator 支持众多输出格式，能够扩展翻译文档中的信息（例如 MIRIAM 注释）超出 KGML 文档的范围，并修改途径中不完整反应的缺失组件，以允许对其进行模拟。
KEGGtranslator 可作为 Java（™）Web Start 应用程序免费使用，并可从 http://www.cogsys.cs.uni-tuebingen.de/software/KEGGtranslator/ 下载。可以从应用程序内部下载 KGML 文件。
clemens.wrzodek@uni-tuebingen.de
补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。
