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表达谱图:一个基于网络的 RNA-Seq 和微阵列基因表达数据分析框架。

ExpressionPlot: a web-based framework for analysis of RNA-Seq and microarray gene expression data.

机构信息

Department of Molecular and Cell Biology, Harvard University, 7 Divinity Ave, Cambridge, MA 02138, USA.

出版信息

Genome Biol. 2011 Jul 28;12(7):R69. doi: 10.1186/gb-2011-12-7-r69.

DOI:10.1186/gb-2011-12-7-r69
PMID:21797991
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3218831/
Abstract

RNA-Seq and microarray platforms have emerged as important tools for detecting changes in gene expression and RNA processing in biological samples. We present ExpressionPlot, a software package consisting of a default back end, which prepares raw sequencing or Affymetrix microarray data, and a web-based front end, which offers a biologically centered interface to browse, visualize, and compare different data sets. Download and installation instructions, a user's manual, discussion group, and a prototype are available at http://expressionplot.com/.

摘要

RNA-Seq 和微阵列平台已经成为检测生物样本中基因表达和 RNA 处理变化的重要工具。我们提出了 ExpressionPlot,它是一个软件包,包括一个默认的后端,用于准备原始测序或 Affymetrix 微阵列数据,以及一个基于网络的前端,提供了一个以生物学为中心的界面,用于浏览、可视化和比较不同的数据集。下载和安装说明、用户手册、讨论组和原型可在 http://expressionplot.com/ 获得。

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