扩展 KNIME 以进行下一代测序数据分析。
Extending KNIME for next-generation sequencing data analysis.
机构信息
Departement Génomes et Génétique, Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, 25 Rue du Docteur Roux, F-75015 Paris, France.
出版信息
Bioinformatics. 2011 Oct 15;27(20):2907-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr478. Epub 2011 Aug 27.
SUMMARY
KNIME (Konstanz Information Miner) is a user-friendly and comprehensive open-source data integration, processing, analysis and exploration platform. We present here new functionality and workflows that open the door to performing next-generation sequencing analysis using the KNIME framework.
AVAILABILITY
All sources and compiled code are available via the KNIME update mechanism. Example workflows and descriptions are available through http://tech.knime.org/community/next-generation-sequencing.
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SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
摘要
KNIME（康斯坦茨信息矿工）是一个用户友好且全面的开源数据集成、处理、分析和探索平台。我们在此展示了新的功能和工作流程，为使用 KNIME 框架进行下一代测序分析打开了大门。
可利用性
所有源和编译代码都可通过 KNIME 更新机制获得。示例工作流程和说明可通过 http://tech.knime.org/community/next-generation-sequencing 获得。
联系人
补充信息
补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。
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