• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

扩展 KNIME 以进行下一代测序数据分析。

Extending KNIME for next-generation sequencing data analysis.

机构信息

Departement Génomes et Génétique, Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, 25 Rue du Docteur Roux, F-75015 Paris, France.

出版信息

Bioinformatics. 2011 Oct 15;27(20):2907-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr478. Epub 2011 Aug 27.

DOI:10.1093/bioinformatics/btr478
PMID:21873641
Abstract

SUMMARY

KNIME (Konstanz Information Miner) is a user-friendly and comprehensive open-source data integration, processing, analysis and exploration platform. We present here new functionality and workflows that open the door to performing next-generation sequencing analysis using the KNIME framework.

AVAILABILITY

All sources and compiled code are available via the KNIME update mechanism. Example workflows and descriptions are available through http://tech.knime.org/community/next-generation-sequencing.

CONTACT

bernd.jagla@pasteur.fr

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

摘要

KNIME（康斯坦茨信息矿工）是一个用户友好且全面的开源数据集成、处理、分析和探索平台。我们在此展示了新的功能和工作流程，为使用 KNIME 框架进行下一代测序分析打开了大门。

可利用性

所有源和编译代码都可通过 KNIME 更新机制获得。示例工作流程和说明可通过 http://tech.knime.org/community/next-generation-sequencing 获得。

联系人

bernd.jagla@pasteur.fr

补充信息

补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。

相似文献

1
Extending KNIME for next-generation sequencing data analysis.扩展 KNIME 以进行下一代测序数据分析。
Bioinformatics. 2011 Oct 15;27(20):2907-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr478. Epub 2011 Aug 27.
2
KNIME4NGS: a comprehensive toolbox for next generation sequencing analysis.KNIME4NGS：下一代测序分析的综合工具包。
Bioinformatics. 2017 May 15;33(10):1565-1567. doi: 10.1093/bioinformatics/btx003.
3
KNIME for reproducible cross-domain analysis of life science data.KNIME 用于生命科学数据的可重复跨领域分析。
J Biotechnol. 2017 Nov 10;261:149-156. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.07.028. Epub 2017 Jul 27.
4
TeachOpenCADD-KNIME: A Teaching Platform for Computer-Aided Drug Design Using KNIME Workflows.TeachOpenCADD-KNIME：一个使用 KNIME 工作流的计算机辅助药物设计教学平台。
J Chem Inf Model. 2019 Oct 28;59(10):4083-4086. doi: 10.1021/acs.jcim.9b00662. Epub 2019 Oct 15.
5
Anduril 2: upgraded large-scale data integration framework.安杜里尔 2 号：升级后的大规模数据集成框架。
Bioinformatics. 2019 Oct 1;35(19):3815-3817. doi: 10.1093/bioinformatics/btz133.
6
KNIME-CDK: Workflow-driven cheminformatics.KNIME-CDK：基于工作流的化学信息学。
BMC Bioinformatics. 2013 Aug 22;14:257. doi: 10.1186/1471-2105-14-257.
7
Integration of the ImageJ Ecosystem in the KNIME Analytics Platform.将ImageJ生态系统集成到KNIME分析平台中。
Front Comput Sci. 2020 Mar;2. doi: 10.3389/fcomp.2020.00008. Epub 2020 Mar 17.
8
Drug discovery applications for KNIME: an open source data mining platform.KNIME 在药物发现中的应用：一个开源的数据挖掘平台。
Curr Top Med Chem. 2012;12(18):1965-79. doi: 10.2174/156802612804910331.
9
SoFIA: a data integration framework for annotating high-throughput datasets.SoFIA：一个用于注释高通量数据集的数据集成框架。
Bioinformatics. 2016 Sep 1;32(17):2590-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btw302. Epub 2016 May 13.
10
Knime4Bio: a set of custom nodes for the interpretation of next-generation sequencing data with KNIME.Knime4Bio：一组用于使用 KNIME 解释下一代测序数据的自定义节点。
Bioinformatics. 2011 Nov 15;27(22):3200-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btr554. Epub 2011 Oct 7.

引用本文的文献

1
Plant natural compounds in the cancer treatment: A systematic bibliometric analysis.植物天然化合物在癌症治疗中的应用：一项系统的文献计量分析。
Heliyon. 2024 Jul 10;10(14):e34462. doi: 10.1016/j.heliyon.2024.e34462. eCollection 2024 Jul 30.
2
A dual-purpose polymerase engineered for direct sequencing of pseudouridine and queuosine.一种双用途聚合酶，可用于假尿嘧啶核苷和 queuosine 的直接测序。
Nucleic Acids Res. 2023 May 8;51(8):3971-3987. doi: 10.1093/nar/gkad177.
3
DDASSQ: An open-source, multiple peptide sequencing strategy for label free quantification based on an OpenMS pipeline in the KNIME analytics platform.
DDASSQ：一种基于 KNIME 分析平台中 OpenMS 管道的开源、多肽测序策略，用于无标记定量。
Proteomics. 2021 Aug;21(16):e2000319. doi: 10.1002/pmic.202000319.
4
Improving data workflow systems with cloud services and use of open data for bioinformatics research.利用云服务改进数据工作流程系统，并利用开放数据进行生物信息学研究。
Brief Bioinform. 2018 Sep 28;19(5):1035-1050. doi: 10.1093/bib/bbx039.
5
Integration and Visualization of Translational Medicine Data for Better Understanding of Human Diseases.转化医学数据的整合与可视化，以更好地理解人类疾病。
Big Data. 2016 Jun;4(2):97-108. doi: 10.1089/big.2015.0057.
6
ePhenotyping for Abdominal Aortic Aneurysm in the Electronic Medical Records and Genomics (eMERGE) Network: Algorithm Development and Konstanz Information Miner Workflow.电子病历与基因组学（eMERGE）网络中腹主动脉瘤的电子表型分析：算法开发与康斯坦茨信息挖掘器工作流程
Int J Biomed Data Min. 2015 Dec;4(1). Epub 2015 Jul 30.
7
Comparative analysis of viral RNA signatures on different RIG-I-like receptors.不同视黄酸诱导基因I样受体上病毒RNA特征的比较分析。
Elife. 2016 Mar 24;5:e11275. doi: 10.7554/eLife.11275.
8
Trends in IT Innovation to Build a Next Generation Bioinformatics Solution to Manage and Analyse Biological Big Data Produced by NGS Technologies.构建下一代生物信息学解决方案以管理和分析由新一代测序技术产生的生物大数据的信息技术创新趋势。
Biomed Res Int. 2015;2015:904541. doi: 10.1155/2015/904541. Epub 2015 Jun 1.
9
High mobility group protein-mediated transcription requires DNA damage marker γ-H2AX.高迁移率族蛋白介导的转录需要DNA损伤标志物γ-H2AX。
Cell Res. 2015 Jul;25(7):837-50. doi: 10.1038/cr.2015.67. Epub 2015 Jun 5.
10
Multi-omic data analysis using Galaxy.使用Galaxy进行多组学数据分析。
Nat Biotechnol. 2015 Feb;33(2):137-9. doi: 10.1038/nbt.3134.