• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

欧洲战略论坛研究基础设施(ESFRI)指导核心中心法兰克福:适用于膜蛋白及其他的自动化高通量结晶技术。

The ESFRI Instruct Core Centre Frankfurt: automated high-throughput crystallization suited for membrane proteins and more.

作者信息

Thielmann Yvonne, Koepke Juergen, Michel Hartmut

机构信息

Department of Molecular Membrane Biology, Max-Planck-Institute of Biophysics, Max-von-Laue Str. 3, 60438, Frankfurt, Germany.

出版信息

J Struct Funct Genomics. 2012 Jun;13(2):63-9. doi: 10.1007/s10969-011-9118-y. Epub 2011 Nov 19.

DOI:10.1007/s10969-011-9118-y
PMID:22101889
Abstract

Structure determination of membrane proteins and membrane protein complexes is still a very challenging field. To facilitate the work on membrane proteins the Core Centre follows a strategy that comprises four labs of protein analytics and crystal handling, covering mass spectrometry, calorimetry, crystallization and X-ray diffraction. This general workflow is presented and a capacity of 20% of the operating time of all systems is provided to the European structural biology community within the ESFRI Instruct program. A description of the crystallization service offered at the Core Centre is given with detailed information on screening strategy, screens used and changes to adapt high throughput for membrane proteins. Our aim is to constantly develop the Core Centre towards the usage of more efficient methods. This strategy might also include the ability to automate all steps from crystallization trials to crystal screening; here we look ahead how this aim might be realized at the Core Centre.

摘要

膜蛋白及膜蛋白复合物的结构测定仍然是一个极具挑战性的领域。为推动膜蛋白研究工作,核心中心采用了一种策略,该策略涵盖四个蛋白质分析与晶体处理实验室,涉及质谱分析、量热法、结晶及X射线衍射。本文介绍了这一通用工作流程,并在欧洲科学基金会研究基础设施战略论坛(ESFRI)的Instruct计划框架内,将所有系统20%的运行时间提供给欧洲结构生物学界。文中给出了核心中心提供的结晶服务的描述,包括筛选策略、所用筛选方法以及为适应膜蛋白高通量研究而做出的调整等详细信息。我们的目标是不断推动核心中心采用更高效的方法。该策略可能还包括实现从结晶试验到晶体筛选所有步骤自动化的能力;在此,我们展望这一目标在核心中心如何实现。

相似文献

1
The ESFRI Instruct Core Centre Frankfurt: automated high-throughput crystallization suited for membrane proteins and more.欧洲战略论坛研究基础设施(ESFRI)指导核心中心法兰克福:适用于膜蛋白及其他的自动化高通量结晶技术。
J Struct Funct Genomics. 2012 Jun;13(2):63-9. doi: 10.1007/s10969-011-9118-y. Epub 2011 Nov 19.
2
Automation of image processing in electron crystallography.电子晶体学中图像处理的自动化
Methods Mol Biol. 2013;955:313-30. doi: 10.1007/978-1-62703-176-9_18.
3
A procedure for setting up high-throughput nanolitre crystallization experiments. Crystallization workflow for initial screening, automated storage, imaging and optimization.一种用于建立高通量纳升结晶实验的程序。用于初始筛选、自动存储、成像和优化的结晶工作流程。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2005 Jun;61(Pt 6):651-7. doi: 10.1107/S0907444905007808. Epub 2005 May 26.
4
A robotic system for crystallizing membrane and soluble proteins in lipidic mesophases.一种用于在脂质中间相中使膜蛋白和可溶性蛋白结晶的机器人系统。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Oct;60(Pt 10):1795-807. doi: 10.1107/S0907444904019109. Epub 2004 Sep 23.
5
Determination of soluble and membrane protein structures by X-ray crystallography.通过X射线晶体学确定可溶性和膜蛋白结构。
Methods Mol Biol. 2013;955:475-93. doi: 10.1007/978-1-62703-176-9_25.
6
A guide to membrane protein X-ray crystallography.膜蛋白 X 射线晶体学指南。
FEBS J. 2021 Oct;288(20):5788-5804. doi: 10.1111/febs.15676. Epub 2020 Dec 31.
7
Methods for the successful crystallization of membrane proteins.膜蛋白成功结晶的方法。
Methods Mol Biol. 2015;1261:211-30. doi: 10.1007/978-1-4939-2230-7_12.
8
Laboratory information management system for membrane protein structure initiative--from gene to crystal.膜蛋白结构计划的实验室信息管理系统——从基因到晶体
Mol Membr Biol. 2008 Dec;25(8):639-52. doi: 10.1080/09687680802511766.
9
Lysine methylation as a routine rescue strategy for protein crystallization.赖氨酸甲基化作为蛋白质结晶的常规挽救策略。
Structure. 2006 Nov;14(11):1617-22. doi: 10.1016/j.str.2006.09.005.
10
Breaking the barriers in membrane protein crystallography.突破膜蛋白晶体学的障碍。
Int J Biochem Cell Biol. 2013 Mar;45(3):636-44. doi: 10.1016/j.biocel.2012.12.018. Epub 2013 Jan 3.

引用本文的文献

1
Crystal search - feasibility study of a real-time deep learning process for crystallization well images.晶体搜索 - 结晶池图像实时深度学习过程的可行性研究。
Acta Crystallogr A Found Adv. 2023 Jul 1;79(Pt 4):331-338. doi: 10.1107/S2053273323001948. Epub 2023 Jun 2.
2
The structure of the MATE family multidrug resistance transporter and sequence comparisons suggest the existence of a new subfamily.MATE 家族多药耐药转运蛋白的结构和序列比较表明存在一个新的亚家族。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Nov 16;118(46). doi: 10.1073/pnas.2107335118.
3
Classification of crystallization outcomes using deep convolutional neural networks.

本文引用的文献

1
Structure of the protein subunits in the photosynthetic reaction centre of Rhodopseudomonas viridis at 3Å resolution.光合反应中心的蛋白质亚基在 3Å 分辨率下的结构。
Nature. 1985;318(6047):618-24. doi: 10.1038/318618a0.
2
One plate, two plates, a thousand plates. How crystallisation changes with large numbers of samples.一个盘子,两个盘子,一千个盘子。随着样品数量的增加,结晶会如何变化。
Methods. 2011 Sep;55(1):73-80. doi: 10.1016/j.ymeth.2011.04.004. Epub 2011 May 6.
3
First experiences with semi-autonomous robotic harvesting of protein crystals.
使用深度卷积神经网络对结晶结果进行分类。
PLoS One. 2018 Jun 20;13(6):e0198883. doi: 10.1371/journal.pone.0198883. eCollection 2018.
4
A standardized technique for high-pressure cooling of protein crystals.一种蛋白质晶体高压冷却的标准化技术。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2017 Dec 1;73(Pt 12):997-1006. doi: 10.1107/S2059798317016357. Epub 2017 Nov 22.
5
Pseudomonas stutzeri as an alternative host for membrane proteins.恶臭假单胞菌作为膜蛋白的替代宿主。
Microb Cell Fact. 2017 Sep 20;16(1):157. doi: 10.1186/s12934-017-0771-0.
6
Structural genomics studies of human caries pathogen Streptococcus mutans.人类龋齿病原菌变形链球菌的结构基因组学研究。
J Struct Funct Genomics. 2014 Sep;15(3):91-9. doi: 10.1007/s10969-014-9172-3. Epub 2014 Jan 29.
蛋白质晶体半自动机器人收获的首次经验。
J Struct Funct Genomics. 2011 Jul;12(2):77-82. doi: 10.1007/s10969-011-9103-5. Epub 2011 Mar 23.
4
Microscopic rotary mechanism of ion translocation in the F(o) complex of ATP synthases.ATP 合酶 F(o) 复合物中离子易位的微观旋转机制。
Nat Chem Biol. 2010 Dec;6(12):891-9. doi: 10.1038/nchembio.457. Epub 2010 Oct 24.
5
The structure of cbb3 cytochrome oxidase provides insights into proton pumping.cbb3 细胞色素氧化酶的结构为质子泵提供了线索。
Science. 2010 Jul 16;329(5989):327-30. doi: 10.1126/science.1187303. Epub 2010 Jun 24.
6
Determination and application of empirically derived detergent phase boundaries to effectively crystallize membrane proteins.通过经验推导确定洗涤剂相界并将其应用于有效结晶膜蛋白。
Protein Sci. 2009 Sep;18(9):1828-39. doi: 10.1002/pro.193.
7
Isothermal titration calorimetry: experimental design, data analysis, and probing macromolecule/ligand binding and kinetic interactions.等温滴定量热法:实验设计、数据分析以及探究大分子/配体结合和动力学相互作用
Methods Cell Biol. 2008;84:79-113. doi: 10.1016/S0091-679X(07)84004-0.
8
The use of differential scanning fluorimetry to detect ligand interactions that promote protein stability.使用差示扫描荧光法检测促进蛋白质稳定性的配体相互作用。
Nat Protoc. 2007;2(9):2212-21. doi: 10.1038/nprot.2007.321.
9
How many drug targets are there?有多少种药物靶点?
Nat Rev Drug Discov. 2006 Dec;5(12):993-6. doi: 10.1038/nrd2199.
10
Differential scanning calorimetry in life science: thermodynamics, stability, molecular recognition and application in drug design.生命科学中的差示扫描量热法:热力学、稳定性、分子识别及在药物设计中的应用
Curr Med Chem. 2005;12(17):2011-20. doi: 10.2174/0929867054546564.