• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

PGDSpider:一个用于连接群体遗传学和基因组学程序的自动化数据转换工具。

PGDSpider: an automated data conversion tool for connecting population genetics and genomics programs.

机构信息

Computational and Molecular Population Genetics (CMPG) laboratory, Institute of Ecology and Evolution, University of Berne, Baltzerstrasse 6, 3012 Berne, Switzerland.

出版信息

Bioinformatics. 2012 Jan 15;28(2):298-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr642. Epub 2011 Nov 21.

DOI:10.1093/bioinformatics/btr642
PMID:22110245
Abstract

UNLABELLED

The analysis of genetic data often requires a combination of several approaches using different and sometimes incompatible programs. In order to facilitate data exchange and file conversions between population genetics programs, we introduce PGDSpider, a Java program that can read 27 different file formats and export data into 29, partially overlapping, other file formats. The PGDSpider package includes both an intuitive graphical user interface and a command-line version allowing its integration in complex data analysis pipelines.

AVAILABILITY

PGDSpider is freely available under the BSD 3-Clause license on http://cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/.

摘要

未加标签

遗传数据分析通常需要结合使用几种方法,这些方法使用不同且有时不兼容的程序。为了促进群体遗传学程序之间的数据交换和文件转换,我们引入了 PGDSpider,这是一个 Java 程序,可以读取 27 种不同的文件格式,并将数据导出到 29 种部分重叠的其他文件格式中。PGDSpider 软件包同时包含直观的图形用户界面和命令行版本,允许将其集成到复杂的数据分析管道中。

可用性

PGDSpider 根据 BSD 3-Clause 许可证免费提供,可在 http://cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/ 上获得。

相似文献

1
PGDSpider: an automated data conversion tool for connecting population genetics and genomics programs.PGDSpider:一个用于连接群体遗传学和基因组学程序的自动化数据转换工具。
Bioinformatics. 2012 Jan 15;28(2):298-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr642. Epub 2011 Nov 21.
2
Interactive microbial genome visualization with GView.交互式微生物基因组可视化软件 GView
Bioinformatics. 2010 Dec 15;26(24):3125-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btq588. Epub 2010 Oct 17.
3
BioDownloader: bioinformatics downloads and updates in a few clicks.BioDownloader:只需点击几下即可完成生物信息学下载和更新。
Bioinformatics. 2007 Jun 1;23(11):1437-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btm120. Epub 2007 May 5.
4
proBAMconvert: A Conversion Tool for proBAM/proBed.proBAMconvert:一种用于proBAM/proBed的转换工具。
J Proteome Res. 2017 Jul 7;16(7):2639-2644. doi: 10.1021/acs.jproteome.7b00132. Epub 2017 Jun 9.
5
VAGUE: a graphical user interface for the Velvet assembler.VAGUE:用于 Velvet 组装程序的图形用户界面。
Bioinformatics. 2013 Jan 15;29(2):264-5. doi: 10.1093/bioinformatics/bts664. Epub 2012 Nov 17.
6
Analysing georeferenced population genetics data with Geneland: a new algorithm to deal with null alleles and a friendly graphical user interface.使用Geneland分析地理参考群体遗传学数据:一种处理无效等位基因的新算法和友好的图形用户界面。
Bioinformatics. 2008 Jun 1;24(11):1406-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btn136. Epub 2008 Apr 14.
7
jSquid: a Java applet for graphical on-line network exploration.jSquid:一款用于图形化在线网络探索的Java小程序。
Bioinformatics. 2008 Jun 15;24(12):1467-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btn213. Epub 2008 Apr 29.
8
Pelican: pedigree editor for linkage computer analysis.鹈鹕:用于连锁计算机分析的系谱编辑器。
Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2327-8. doi: 10.1093/bioinformatics/bth231. Epub 2004 Apr 1.
9
Sequence file format conversion with command-line readseq.使用命令行工具readseq进行序列文件格式转换。
Curr Protoc Bioinformatics. 2003 Feb;Appendix 1:Appendix 1E. doi: 10.1002/0471250953.bia01es00.
10
ToxPi Graphical User Interface 2.0: Dynamic exploration, visualization, and sharing of integrated data models.ToxPi 图形用户界面 2.0:动态探索、可视化和集成数据模型的共享。
BMC Bioinformatics. 2018 Mar 5;19(1):80. doi: 10.1186/s12859-018-2089-2.

引用本文的文献

1
Genomic Data Reveals Cryptic Diversity in the Soda Lake Cichlid .基因组数据揭示苏打湖丽鱼的隐秘多样性
Ecol Evol. 2025 Sep 11;15(9):e72054. doi: 10.1002/ece3.72054. eCollection 2025 Sep.
2
Structure and genetic diversity of Macrobrachium Amazonicum complex.亚马逊沼虾复合体的结构与遗传多样性。
Sci Rep. 2025 Aug 29;15(1):31815. doi: 10.1038/s41598-025-17666-y.
3
Consequences of interspecific plant hybridization on metabolic diversity in naturally occurring hybrid swarms.种间植物杂交对自然杂交群体中代谢多样性的影响。
Plant J. 2025 Aug;123(4):e70444. doi: 10.1111/tpj.70444.
4
Genomic analysis highlights the conservation significance of Torenia concolor (Linderniaceae) from the periphery of its distribution range.基因组分析凸显了彩叶草(母草科)在其分布范围边缘的保护意义。
J Plant Res. 2025 Aug 19. doi: 10.1007/s10265-025-01659-z.
5
Genomic data define species delimitation in Liberica coffee with implications for crop development and conservation.基因组数据界定了利比里卡咖啡的物种界限,对作物发展和保护具有重要意义。
Nat Plants. 2025 Aug 8. doi: 10.1038/s41477-025-02073-y.
6
Population Patterns and Dynamics of (Clupeiformes: Pristigasteridae) Revealed by Target Enrichment Data.基于靶向富集数据揭示的(鲱形目:锯腹鳓科)种群模式与动态
Evol Appl. 2025 Aug 6;18(8):e70142. doi: 10.1111/eva.70142. eCollection 2025 Aug.
7
Population Phylogenomics and Genetic Structure of the Polyphagous Leafminer, (Burgess) (Diptera: Agromyzidae).多食性潜叶蝇(Burgess)(双翅目:潜蝇科)的群体系统基因组学与遗传结构
Evol Appl. 2025 Jul 9;18(7):e70132. doi: 10.1111/eva.70132. eCollection 2025 Jul.
8
Genetic structure and historical demography of inland wetland fish using the endangered Lisbon arched-mouth nase as a case-study.以内陆湿地鱼类濒危物种里斯本弓口雅罗鱼为例的遗传结构与历史种群动态研究
Sci Rep. 2025 Jul 2;15(1):22998. doi: 10.1038/s41598-025-05280-x.
9
Reduced representation sequencing reveals genetic diversity and adaptive genetic divergence in Calamus rhabdocladus.简化基因组测序揭示了杖藤的遗传多样性和适应性遗传分化。
Sci Rep. 2025 Jul 1;15(1):21848. doi: 10.1038/s41598-025-06829-6.
10
Hybridization and Asymmetrical Introgression Between the Vulnerable Gray-Headed Chickadee and a More Abundant Congener, the Boreal Chickadee: Implications for Conservation.易危黑头山雀与数量较多的同属物种北方山雀之间的杂交和不对称基因渗入:对保护工作的启示
Ecol Evol. 2025 Jun 26;15(7):e71673. doi: 10.1002/ece3.71673. eCollection 2025 Jul.