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xQTL 工作平台：一个用于多层次 QTL 分析的可扩展网络环境。

xQTL workbench: a scalable web environment for multi-level QTL analysis.

机构信息

Groningen Bioinformatics Centre, University of Groningen, Groningen, The Netherlands.

出版信息

Bioinformatics. 2012 Apr 1;28(7):1042-4. doi: 10.1093/bioinformatics/bts049. Epub 2012 Feb 3.

DOI:10.1093/bioinformatics/bts049
PMID:22308096
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3315722/
Abstract

SUMMARY

xQTL workbench is a scalable web platform for the mapping of quantitative trait loci (QTLs) at multiple levels: for example gene expression (eQTL), protein abundance (pQTL), metabolite abundance (mQTL) and phenotype (phQTL) data. Popular QTL mapping methods for model organism and human populations are accessible via the web user interface. Large calculations scale easily on to multi-core computers, clusters and Cloud. All data involved can be uploaded and queried online: markers, genotypes, microarrays, NGS, LC-MS, GC-MS, NMR, etc. When new data types come available, xQTL workbench is quickly customized using the Molgenis software generator.

AVAILABILITY

xQTL workbench runs on all common platforms, including Linux, Mac OS X and Windows. An online demo system, installation guide, tutorials, software and source code are available under the LGPL3 license from http://www.xqtl.org.

CONTACT

m.a.swertz@rug.nl.

摘要

摘要

xQTL 工作台是一个可扩展的网络平台，可用于在多个层次上进行数量性状基因座（QTL）的映射：例如基因表达（eQTL）、蛋白质丰度（pQTL）、代谢物丰度（mQTL）和表型（phQTL）数据。通过网络用户界面可以访问用于模式生物和人类群体的流行 QTL 映射方法。大型计算可以轻松扩展到多核计算机、集群和云。所有涉及的数据都可以在线上上传和查询：标记、基因型、微阵列、NGS、LC-MS、GC-MS、NMR 等。当出现新的数据类型时，xQTL 工作台可以使用 Molgenis 软件生成器快速定制。

可用性

xQTL 工作台可在所有常见平台上运行，包括 Linux、Mac OS X 和 Windows。在线演示系统、安装指南、教程、软件和源代码可根据 LGPL3 许可证从 http://www.xqtl.org 获取。

联系方式

m.a.swertz@rug.nl。

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