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WormQTL--用于秀丽隐杆线虫属自然变异数据的公共档案和分析网络门户。

WormQTL--public archive and analysis web portal for natural variation data in Caenorhabditis spp.

机构信息

Laboratory of Nematology, Wageningen University, Wageningen 6708 PB, The Netherlands.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D738-43. doi: 10.1093/nar/gks1124. Epub 2012 Nov 24.

DOI:10.1093/nar/gks1124
PMID:23180786
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3531126/
Abstract

Here, we present WormQTL (http://www.wormqtl.org), an easily accessible database enabling search, comparative analysis and meta-analysis of all data on variation in Caenorhabditis spp. Over the past decade, Caenorhabditis elegans has become instrumental for molecular quantitative genetics and the systems biology of natural variation. These efforts have resulted in a valuable amount of phenotypic, high-throughput molecular and genotypic data across different developmental worm stages and environments in hundreds of C. elegans strains. WormQTL provides a workbench of analysis tools for genotype-phenotype linkage and association mapping based on but not limited to R/qtl (http://www.rqtl.org). All data can be uploaded and downloaded using simple delimited text or Excel formats and are accessible via a public web user interface for biologists and R statistic and web service interfaces for bioinformaticians, based on open source MOLGENIS and xQTL workbench software. WormQTL welcomes data submissions from other worm researchers.

摘要

这里,我们介绍 WormQTL(http://www.wormqtl.org),这是一个易于访问的数据库,可用于搜索、比较分析和元分析所有关于 Caenorhabditis spp. 变异的资料。在过去的十年中,秀丽隐杆线虫已成为分子数量遗传学和自然变异系统生物学的重要工具。这些努力产生了大量有价值的表型、高通量分子和基因型数据,涉及数百个秀丽隐杆线虫品系在不同发育阶段和环境下的情况。WormQTL 提供了一个基于但不限于 R/qtl(http://www.rqtl.org)的基因型-表型连锁和关联映射的分析工具工作台。所有数据都可以使用简单的分隔文本或 Excel 格式上传和下载,并通过公共网络用户界面提供给生物学家,以及基于开源 MOLGENIS 和 xQTL 工作台软件的 R 统计和网络服务界面提供给生物信息学家。WormQTL 欢迎其他线虫研究人员提交数据。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fc1c/3531126/adaca166432c/gks1124f1p.jpg
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