• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data.

作者信息

Liu Yi, Qiao Nan, Zhu Shanshan, Su Ming, Sun Na, Boyd-Kirkup Jerome, Han Jing-Dong J

出版信息

Cell Res. 2013 Mar;23(3):440-3. doi: 10.1038/cr.2013.8. Epub 2013 Jan 15.

DOI:10.1038/cr.2013.8
PMID:23318583
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3587713/
Abstract
摘要
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e947/3587713/cb864afd58a4/cr20138f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e947/3587713/cb864afd58a4/cr20138f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e947/3587713/cb864afd58a4/cr20138f1.jpg

相似文献

1
A novel Bayesian network inference algorithm for integrative analysis of heterogeneous deep sequencing data.一种用于异质深度测序数据综合分析的新型贝叶斯网络推理算法。
Cell Res. 2013 Mar;23(3):440-3. doi: 10.1038/cr.2013.8. Epub 2013 Jan 15.
2
Variational inference for rare variant detection in deep, heterogeneous next-generation sequencing data.用于深度、异质性下一代测序数据中罕见变异检测的变分推断
BMC Bioinformatics. 2017 Jan 19;18(1):45. doi: 10.1186/s12859-016-1451-5.
3
Advances to Bayesian network inference for generating causal networks from observational biological data.贝叶斯网络推理在从观测生物数据生成因果网络方面的进展。
Bioinformatics. 2004 Dec 12;20(18):3594-603. doi: 10.1093/bioinformatics/bth448. Epub 2004 Jul 29.
4
SAGA: a hybrid search algorithm for Bayesian Network structure learning of transcriptional regulatory networks.SAGA:一种用于转录调控网络贝叶斯网络结构学习的混合搜索算法。
J Biomed Inform. 2015 Feb;53:27-35. doi: 10.1016/j.jbi.2014.08.010. Epub 2014 Aug 30.
5
iASeq: integrative analysis of allele-specificity of protein-DNA interactions in multiple ChIP-seq datasets.iASeq:整合分析多个 ChIP-seq 数据集的蛋白质-DNA 相互作用的等位特异性。
BMC Genomics. 2012 Nov 29;13:681. doi: 10.1186/1471-2164-13-681.
6
Detection of copy number variation from array intensity and sequencing read depth using a stepwise Bayesian model.基于逐步贝叶斯模型,利用阵列强度和测序读取深度检测拷贝数变异。
BMC Bioinformatics. 2010 Oct 31;11:539. doi: 10.1186/1471-2105-11-539.
7
Confident difference criterion: a new Bayesian differentially expressed gene selection algorithm with applications.置信差异准则:一种新的贝叶斯差异表达基因选择算法及其应用
BMC Bioinformatics. 2015 Aug 7;16:245. doi: 10.1186/s12859-015-0664-3.
8
A sub-space greedy search method for efficient Bayesian Network inference.一种用于高效贝叶斯网络推理的子空间贪婪搜索方法。
Comput Biol Med. 2011 Sep;41(9):763-70. doi: 10.1016/j.compbiomed.2011.06.012. Epub 2011 Jul 8.
9
Discerning Functional Connections in the Pulsed Neural Networks with the Dynamic Bayesian Network Structure Search Method Based on a Genetic Algorithm.基于遗传算法的动态贝叶斯网络结构搜索方法识别脉冲神经网络中的功能连接
J Comput Biol. 2019 Nov;26(11):1243-1252. doi: 10.1089/cmb.2019.0147. Epub 2019 Jun 18.
10
Genetic network analysis by quasi-bayesian method.基于准贝叶斯方法的遗传网络分析
J Bioinform Comput Biol. 2009 Feb;7(1):175-92. doi: 10.1142/s0219720009004059.

引用本文的文献

1
Time space and single-cell resolved tissue lineage trajectories and laterality of body plan at gastrulation.原肠胚形成时的时空以及单细胞分辨组织谱系轨迹和体轴的左右性。
Nat Commun. 2023 Sep 14;14(1):5675. doi: 10.1038/s41467-023-41482-5.
2
Machine Learning in Epigenomics: Insights into Cancer Biology and Medicine.机器学习在表观基因组学中的应用:癌症生物学和医学的新视角。
Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2021 Dec;1876(2):188588. doi: 10.1016/j.bbcan.2021.188588. Epub 2021 Jul 7.
3
Integrating Epigenomics into the Understanding of Biomedical Insight.

本文引用的文献

1
Wdr5 mediates self-renewal and reprogramming via the embryonic stem cell core transcriptional network.Wdr5 通过胚胎干细胞核心转录网络介导自我更新和重编程。
Cell. 2011 Apr 15;145(2):183-97. doi: 10.1016/j.cell.2011.03.003. Epub 2011 Apr 7.
2
Discovery and characterization of chromatin states for systematic annotation of the human genome.发现和描述染色质状态,用于系统注释人类基因组。
Nat Biotechnol. 2010 Aug;28(8):817-25. doi: 10.1038/nbt.1662. Epub 2010 Jul 25.
3
Bayesian network analysis of targeting interactions in chromatin.
将表观基因组学融入对生物医学见解的理解中。
Bioinform Biol Insights. 2016 Dec 4;10:267-289. doi: 10.4137/BBI.S38427. eCollection 2016.
4
RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes.RBFox2结合新生RNA以全局调控哺乳动物基因组中多梳蛋白复合体2的靶向作用。
Mol Cell. 2016 Jun 16;62(6):982. doi: 10.1016/j.molcel.2016.06.003.
5
RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes.RBFox2结合新生RNA以全局调控哺乳动物基因组中的多梳蛋白复合体2靶向作用。
Mol Cell. 2016 Jun 16;62(6):875-889. doi: 10.1016/j.molcel.2016.04.013. Epub 2016 May 19.
6
A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction.一种通过饮食限制逆向设计寿命延长的系统方法。
Cell Metab. 2016 Mar 8;23(3):529-40. doi: 10.1016/j.cmet.2016.02.002.
7
Genome-wide significant loci: how important are they? Systems genetics to understand heritability of coronary artery disease and other common complex disorders.全基因组显著位点:它们有多重要?利用系统遗传学理解冠状动脉疾病及其他常见复杂疾病的遗传力。
J Am Coll Cardiol. 2015 Mar 3;65(8):830-845. doi: 10.1016/j.jacc.2014.12.033.
8
Single-cell-level spatial gene expression in the embryonic neural differentiation niche.胚胎神经分化微环境中的单细胞水平空间基因表达
Genome Res. 2015 Apr;25(4):570-81. doi: 10.1101/gr.181966.114. Epub 2015 Jan 9.
9
Stability indicators in network reconstruction.网络重建中的稳定性指标。
PLoS One. 2014 Feb 27;9(2):e89815. doi: 10.1371/journal.pone.0089815. eCollection 2014.
10
CoCiter: an efficient tool to infer gene function by assessing the significance of literature co-citation.CoCiter:一种通过评估文献共引的显著性来推断基因功能的有效工具。
PLoS One. 2013 Sep 23;8(9):e74074. doi: 10.1371/journal.pone.0074074. eCollection 2013.
贝叶斯网络分析染色质中的靶向相互作用。
Genome Res. 2010 Feb;20(2):190-200. doi: 10.1101/gr.098822.109. Epub 2009 Dec 9.
4
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences.碱基分辨率下的人类DNA甲基化组显示出广泛的表观基因组差异。
Nature. 2009 Nov 19;462(7271):315-22. doi: 10.1038/nature08514. Epub 2009 Oct 14.
5
SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment.SOAP2:一种用于短读序列比对的改进型超快速工具。
Bioinformatics. 2009 Aug 1;25(15):1966-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btp336. Epub 2009 Jun 3.
6
Genomewide analysis of PRC1 and PRC2 occupancy identifies two classes of bivalent domains.对多梳抑制复合体1(PRC1)和多梳抑制复合体2(PRC2)占据情况的全基因组分析确定了两类双价结构域。
PLoS Genet. 2008 Oct;4(10):e1000242. doi: 10.1371/journal.pgen.1000242. Epub 2008 Oct 31.
7
Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).基于模型的染色质免疫沉淀测序分析(MACS)
Genome Biol. 2008;9(9):R137. doi: 10.1186/gb-2008-9-9-r137. Epub 2008 Sep 17.
8
Inferring causal relationships among different histone modifications and gene expression.推断不同组蛋白修饰与基因表达之间的因果关系。
Genome Res. 2008 Aug;18(8):1314-24. doi: 10.1101/gr.073080.107. Epub 2008 Jun 18.
9
High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.人类基因组中组蛋白甲基化的高分辨率分析。
Cell. 2007 May 18;129(4):823-37. doi: 10.1016/j.cell.2007.05.009.
10
Clustering by passing messages between data points.通过在数据点之间传递信息进行聚类。
Science. 2007 Feb 16;315(5814):972-6. doi: 10.1126/science.1136800. Epub 2007 Jan 11.