• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

RegaDB:面向传染病的社区驱动型数据管理和分析。

RegaDB: community-driven data management and analysis for infectious diseases.

机构信息

Department of Microbiology and Immunology, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, Leuven, Belgium.

出版信息

Bioinformatics. 2013 Jun 1;29(11):1477-80. doi: 10.1093/bioinformatics/btt162. Epub 2013 May 2.

DOI:10.1093/bioinformatics/btt162
PMID:23645815
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3661054/
Abstract

SUMMARY

RegaDB is a free and open source data management and analysis environment for infectious diseases. RegaDB allows clinicians to store, manage and analyse patient data, including viral genetic sequences. Moreover, RegaDB provides researchers with a mechanism to collect data in a uniform format and offers them a canvas to make newly developed bioinformatics tools available to clinicians and virologists through a user friendly interface.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Source code, binaries and documentation are available on http://rega.kuleuven.be/cev/regadb. RegaDB is written in the Java programming language, using a web-service-oriented architecture.

摘要

摘要

RegaDB 是一个免费的开源传染病数据管理和分析环境。RegaDB 允许临床医生存储、管理和分析患者数据,包括病毒基因序列。此外,RegaDB 为研究人员提供了一种以统一格式收集数据的机制,并为他们提供了一个画布,通过用户友好的界面将新开发的生物信息学工具提供给临床医生和病毒学家。

可用性和实现

源代码、二进制文件和文档可在 http://rega.kuleuven.be/cev/regadb 上获得。RegaDB 是用 Java 编程语言编写的,采用面向 Web 服务的架构。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6b9e/3661054/8ae80652c4e2/btt162f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6b9e/3661054/8ae80652c4e2/btt162f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6b9e/3661054/8ae80652c4e2/btt162f1p.jpg

相似文献

1
RegaDB: community-driven data management and analysis for infectious diseases.RegaDB:面向传染病的社区驱动型数据管理和分析。
Bioinformatics. 2013 Jun 1;29(11):1477-80. doi: 10.1093/bioinformatics/btt162. Epub 2013 May 2.
2
BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language.BioRuby:用于 Ruby 编程语言的生物信息学软件。
Bioinformatics. 2010 Oct 15;26(20):2617-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btq475. Epub 2010 Aug 25.
3
MetaBasis: a web-based database containing metadata on software tools and databases in the field of bioinformatics.MetaBasis:一个基于网络的数据库,包含生物信息学领域软件工具和数据库的元数据。
Appl Bioinformatics. 2006;5(3):187-92. doi: 10.2165/00822942-200605030-00007.
4
The Gaggle: an open-source software system for integrating bioinformatics software and data sources.Gaggle:一个用于整合生物信息学软件和数据源的开源软件系统。
BMC Bioinformatics. 2006 Mar 28;7:176. doi: 10.1186/1471-2105-7-176.
5
The MOLGENIS toolkit: rapid prototyping of biosoftware at the push of a button.MOLGENIS 工具包:一键快速原型生物软件。
BMC Bioinformatics. 2010 Dec 21;11 Suppl 12(Suppl 12):S12. doi: 10.1186/1471-2105-11-S12-S12.
6
SLIMS--a user-friendly sample operations and inventory management system for genotyping labs.SLIMS——一个用户友好的样本操作和库存管理系统,适用于基因分型实验室。
Bioinformatics. 2010 Jul 15;26(14):1808-10. doi: 10.1093/bioinformatics/btq271. Epub 2010 May 30.
7
The design of Jemboss: a graphical user interface to EMBOSS.Jemboss的设计:一个用于EMBOSS的图形用户界面。
Bioinformatics. 2003 Sep 22;19(14):1837-43. doi: 10.1093/bioinformatics/btg251.
8
BioLingua: a programmable knowledge environment for biologists.BioLingua:面向生物学家的可编程知识环境。
Bioinformatics. 2005 Jan 15;21(2):199-207. doi: 10.1093/bioinformatics/bth465. Epub 2004 Aug 12.
9
JSBML: a flexible Java library for working with SBML.JSBML:一个用于处理 SBML 的灵活的 Java 库。
Bioinformatics. 2011 Aug 1;27(15):2167-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btr361. Epub 2011 Jun 22.
10
DraGnET: software for storing, managing and analyzing annotated draft genome sequence data.DraGnET:用于存储、管理和分析带注释的草图基因组序列数据的软件。
BMC Bioinformatics. 2010 Feb 22;11:100. doi: 10.1186/1471-2105-11-100.

引用本文的文献

1
Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research.计算策略应对 COVID-19:加速 SARS-CoV-2 和冠状病毒研究的有用工具。
Brief Bioinform. 2021 Mar 22;22(2):642-663. doi: 10.1093/bib/bbaa232.
2
Increasing Prevalence of HIV-1 Transmitted Drug Resistance in Portugal: Implications for First Line Treatment Recommendations.葡萄牙 HIV-1 传播耐药性的流行率不断上升:对一线治疗建议的影响。
Viruses. 2020 Oct 30;12(11):1238. doi: 10.3390/v12111238.
3
Molecular Epidemiology of HIV-1 Infected Migrants Followed up in Portugal: Trends between 2001-2017.

本文引用的文献

1
A public HTLV-1 molecular epidemiology database for sequence management and data mining.用于序列管理和数据挖掘的公共 HTLV-1 分子流行病学数据库。
PLoS One. 2012;7(9):e42123. doi: 10.1371/journal.pone.0042123. Epub 2012 Sep 10.
2
Primary drug resistance in South Africa: data from 10 years of surveys.南非的原发性耐药性:十年调查数据
AIDS Res Hum Retroviruses. 2012 Jun;28(6):558-65. doi: 10.1089/aid.2011.0284. Epub 2012 Mar 12.
3
Public database for HIV drug resistance in southern Africa.南部非洲艾滋病毒耐药性公共数据库。
葡萄牙随访的 HIV-1 感染者中的分子流行病学:2001-2017 年的趋势。
Viruses. 2020 Feb 28;12(3):268. doi: 10.3390/v12030268.
4
Drivers of HIV-1 transmission: The Portuguese case.HIV-1 传播的驱动因素:葡萄牙案例。
PLoS One. 2019 Sep 30;14(9):e0218226. doi: 10.1371/journal.pone.0218226. eCollection 2019.
5
An Evolutionary Model-Based Approach To Quantify the Genetic Barrier to Drug Resistance in Fast-Evolving Viruses and Its Application to HIV-1 Subtypes and Integrase Inhibitors.基于进化模型的方法来量化快速进化病毒的耐药性遗传屏障及其在 HIV-1 亚型和整合酶抑制剂中的应用。
Antimicrob Agents Chemother. 2019 Jul 25;63(8). doi: 10.1128/AAC.00539-19. Print 2019 Aug.
6
A computational method for the identification of Dengue, Zika and Chikungunya virus species and genotypes.一种用于鉴定登革热、寨卡和基孔肯雅病毒种和基因型的计算方法。
PLoS Negl Trop Dis. 2019 May 8;13(5):e0007231. doi: 10.1371/journal.pntd.0007231. eCollection 2019 May.
7
PhyloGeoTool: interactively exploring large phylogenies in an epidemiological context.PhyloGeoTool:在流行病学背景下交互式探索大型系统发育。
Bioinformatics. 2017 Dec 15;33(24):3993-3995. doi: 10.1093/bioinformatics/btx535.
8
Bridging semantics and syntax with graph algorithms-state-of-the-art of extracting biomedical relations.用图算法弥合语义与句法——提取生物医学关系的研究现状
Brief Bioinform. 2017 Jan;18(1):160-178. doi: 10.1093/bib/bbw001. Epub 2016 Feb 5.
9
The Development of Computational Biology in South Africa: Successes Achieved and Lessons Learnt.南非计算生物学的发展:取得的成就与汲取的经验教训
PLoS Comput Biol. 2016 Feb 4;12(2):e1004395. doi: 10.1371/journal.pcbi.1004395. eCollection 2016 Feb.
10
Sub-Epidemics Explain Localized High Prevalence of Reduced Susceptibility to Rilpivirine in Treatment-Naive HIV-1-Infected Patients: Subtype and Geographic Compartmentalization of Baseline Resistance Mutations.亚流行情况解释了初治HIV-1感染患者中对利匹韦林敏感性降低的局部高流行率:基线耐药突变的亚型和地理分区
AIDS Res Hum Retroviruses. 2016 May;32(5):427-33. doi: 10.1089/AID.2015.0095. Epub 2016 Jan 29.
Nature. 2010 Apr 1;464(7289):673. doi: 10.1038/464673c.
4
A collaborative environment allowing clinical investigations on integrated biomedical databases.一个允许对综合生物医学数据库进行临床研究的协作环境。
Stud Health Technol Inform. 2009;147:51-61.
5
HIV decision support: from molecule to man.HIV 决策支持:从分子到人。
Philos Trans A Math Phys Eng Sci. 2009 Jul 13;367(1898):2691-703. doi: 10.1098/rsta.2009.0043.
6
A standardized framework for accurate, high-throughput genotyping of recombinant and non-recombinant viral sequences.用于重组和非重组病毒序列的准确、高通量基因分型的标准化框架。
Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W634-42. doi: 10.1093/nar/gkp455. Epub 2009 May 29.
7
Web resources for HIV type 1 genotypic-resistance test interpretation.用于解读1型人类免疫缺陷病毒基因耐药性检测结果的网络资源。
Clin Infect Dis. 2006 Jun 1;42(11):1608-18. doi: 10.1086/503914. Epub 2006 Apr 28.
8
An automated genotyping system for analysis of HIV-1 and other microbial sequences.一种用于分析HIV-1及其他微生物序列的自动化基因分型系统。
Bioinformatics. 2005 Oct 1;21(19):3797-800. doi: 10.1093/bioinformatics/bti607. Epub 2005 Aug 2.
9
An integrated genetic data environment (GDE)-based LINUX interface for analysis of HIV-1 and other microbial sequences.一种基于集成遗传数据环境(GDE)的LINUX界面,用于分析HIV-1和其他微生物序列。
Bioinformatics. 2003 Jan;19(1):153-4. doi: 10.1093/bioinformatics/19.1.153.
10
A genotypic drug resistance interpretation algorithm that significantly predicts therapy response in HIV-1-infected patients.一种能显著预测HIV-1感染患者治疗反应的基因型耐药性解读算法。
Antivir Ther. 2002 Jun;7(2):123-9.