• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

BooleSim:一个交互式布尔网络模拟器。

BooleSim: an interactive Boolean network simulator.

机构信息

Department of Biology, Theoretical Biophysics, Humboldt-Universität zu Berlin, 10115 Berlin, Germany and Chemical Engineering Department, Indian Institute of Technology Bombay, Mumbai 400 076, India.

出版信息

Bioinformatics. 2014 Jan 1;30(1):131-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btt568. Epub 2013 Sep 29.

DOI:10.1093/bioinformatics/btt568
PMID:24078712
Abstract

SUMMARY

BooleSim (Boolean network simulator) is an open-source in-browser tool for simulation and manipulation of Boolean networks. It was developed mainly during Google's Summer of Code 2012 and uses the biographer project for network visualization. It can be used specifically for the modeling of gene regulatory or signal transduction networks.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

BooleSim is free software and can be downloaded from GitHub (https://github.com/matthiasbock/BooleSim). Online version available at http://rumo.biologie.hu-berlin.de/boolesim/.

摘要

摘要

BooleSim(布尔网络模拟器)是一个用于模拟和操作布尔网络的开源网页工具。它主要是在 2012 年谷歌暑期项目期间开发的,使用 biographer 项目进行网络可视化。它可以专门用于基因调控或信号转导网络的建模。

可用性和实现

BooleSim 是免费软件,可以从 GitHub(https://github.com/matthiasbock/BooleSim)下载。在线版本可在 http://rumo.biologie.hu-berlin.de/boolesim/ 上获得。

相似文献

1
BooleSim: an interactive Boolean network simulator.BooleSim:一个交互式布尔网络模拟器。
Bioinformatics. 2014 Jan 1;30(1):131-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btt568. Epub 2013 Sep 29.
2
Biographer: web-based editing and rendering of SBGN compliant biochemical networks.生物传记作者:基于网络的编辑和渲染符合 SBGN 标准的生化网络。
Bioinformatics. 2013 Jun 1;29(11):1467-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btt159. Epub 2013 Apr 10.
3
PyBoolNet: a python package for the generation, analysis and visualization of boolean networks.PyBoolNet:一个用于布尔网络生成、分析和可视化的Python软件包。
Bioinformatics. 2017 Mar 1;33(5):770-772. doi: 10.1093/bioinformatics/btw682.
4
OCSANA+: optimal control and simulation of signaling networks from network analysis.OCSANA+:基于网络分析的信号网络最优控制和模拟。
Bioinformatics. 2020 Dec 8;36(19):4960-4962. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa625.
5
Interactive network visualization in Jupyter notebooks: visJS2jupyter.交互式网络可视化在 Jupyter 笔记本:visJS2jupyter。
Bioinformatics. 2018 Jan 1;34(1):126-128. doi: 10.1093/bioinformatics/btx581.
6
A neuro-evolution approach to infer a Boolean network from time-series gene expressions.一种从时间序列基因表达推断布尔网络的神经进化方法。
Bioinformatics. 2020 Dec 30;36(Suppl_2):i762-i769. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa840.
7
ViSiBooL-visualization and simulation of Boolean networks with temporal constraints.ViSiBooL - 具有时间约束的布尔网络的可视化与模拟
Bioinformatics. 2017 Feb 15;33(4):601-604. doi: 10.1093/bioinformatics/btw661.
8
Web-based network analysis and visualization using CellMaps.使用CellMaps进行基于网络的分析和可视化。
Bioinformatics. 2016 Oct 1;32(19):3041-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btw332. Epub 2016 Jun 13.
9
Phylesystem: a git-based data store for community-curated phylogenetic estimates.系统发育体系:一个基于Git的用于社区策划系统发育估计的数据存储库。
Bioinformatics. 2015 Sep 1;31(17):2794-800. doi: 10.1093/bioinformatics/btv276. Epub 2015 May 4.
10
PathRings: a web-based tool for exploration of ortholog and expression data in biological pathways.PathRings:一个用于探索生物途径中直系同源基因和表达数据的基于网络的工具。
BMC Bioinformatics. 2015 May 19;16(1):165. doi: 10.1186/s12859-015-0585-1.

引用本文的文献

1
A Boolean Network Approach to Study the Mechanism Associated with Inflammatory Response Induced by .布尔网络方法研究 诱导炎症反应相关机制
Arch Razi Inst. 2023 Feb 28;78(1):1-7. doi: 10.22092/ARI.2021.356604.1877. eCollection 2023 Feb.
2
Boolean modelling in plant biology.植物生物学中的布尔建模
Quant Plant Biol. 2022 Dec 20;3:e29. doi: 10.1017/qpb.2022.26. eCollection 2022.
3
Review and assessment of Boolean approaches for inference of gene regulatory networks.基因调控网络推理的布尔方法综述与评估
Heliyon. 2022 Aug 9;8(8):e10222. doi: 10.1016/j.heliyon.2022.e10222. eCollection 2022 Aug.
4
An Integrated View of Virus-Triggered Cellular Plasticity Using Boolean Networks.基于布尔网络的病毒触发细胞可塑性综合观点
Cells. 2021 Oct 24;10(11):2863. doi: 10.3390/cells10112863.
5
Myo-REG: A Portal for Signaling Interactions in Muscle Regeneration.肌调节蛋白:肌肉再生信号相互作用的门户。
Front Physiol. 2019 Sep 27;10:1216. doi: 10.3389/fphys.2019.01216. eCollection 2019.
6
RMut: R package for a Boolean sensitivity analysis against various types of mutations.RMut:R 包,用于针对各种类型的突变进行布尔敏感性分析。
PLoS One. 2019 Mar 19;14(3):e0213736. doi: 10.1371/journal.pone.0213736. eCollection 2019.
7
Properties of Boolean dynamics by node classification using feedback loops in a network.通过网络中使用反馈回路的节点分类实现布尔动力学的特性
BMC Syst Biol. 2016 Aug 24;10(1):83. doi: 10.1186/s12918-016-0322-z.
8
Modelling with ANIMO: between fuzzy logic and differential equations.使用ANIMO建模:介于模糊逻辑与微分方程之间
BMC Syst Biol. 2016 Jul 27;10(1):56. doi: 10.1186/s12918-016-0286-z.
9
CABeRNET: a Cytoscape app for augmented Boolean models of gene regulatory NETworks.CABeRNET:一款用于基因调控网络增强布尔模型的Cytoscape应用程序。
BMC Bioinformatics. 2016 Feb 4;17:64. doi: 10.1186/s12859-016-0914-z.
10
Reverse Engineering of Genome-wide Gene Regulatory Networks from Gene Expression Data.从基因表达数据中反向工程全基因组基因调控网络。
Curr Genomics. 2015 Feb;16(1):3-22. doi: 10.2174/1389202915666141110210634.