• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

Ten simple rules for reproducible computational research.

作者信息

Sandve Geir Kjetil, Nekrutenko Anton, Taylor James, Hovig Eivind

机构信息

Department of Informatics, University of Oslo, Blindern, Oslo, Norway ; Centre for Cancer Biomedicine, University of Oslo, Blindern, Oslo, Norway.

出版信息

PLoS Comput Biol. 2013 Oct;9(10):e1003285. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003285. Epub 2013 Oct 24.

DOI:10.1371/journal.pcbi.1003285
PMID:24204232
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3812051/
Abstract
摘要

相似文献

1
Ten simple rules for reproducible computational research.可重复计算研究的十条简单规则。
PLoS Comput Biol. 2013 Oct;9(10):e1003285. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003285. Epub 2013 Oct 24.
2
Reproducible research in computational science.计算科学中的可重复性研究。
Science. 2011 Dec 2;334(6060):1226-7. doi: 10.1126/science.1213847.
3
LIPID MAPS: Serving the next generation of lipid researchers with tools, resources, data, and training.脂质图谱:为下一代脂质研究人员提供工具、资源、数据和培训。
Sci Signal. 2019 Jan 8;12(563):eaaw2964. doi: 10.1126/scisignal.aaw2964.
4
The practice of theoretical neuroscience.理论神经科学的实践。
Nat Neurosci. 2005 Dec;8(12):1627. doi: 10.1038/nn1205-1627.
5
Avoiding a replication crisis in deep-learning-based bioimage analysis.避免基于深度学习的生物图像分析中的复制危机。
Nat Methods. 2021 Oct;18(10):1136-1144. doi: 10.1038/s41592-021-01284-3.
6
Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research.Icy:一个开放的生物影像信息学平台,用于扩展可重复研究。
Nat Methods. 2012 Jun 28;9(7):690-6. doi: 10.1038/nmeth.2075.
7
Visualizing data in research articles.研究文章中的数据可视化。
J Physiol. 2018 Aug;596(16):3431-3432. doi: 10.1113/JP276501.
8
Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research.推荐增强生物医学研究的严谨性和可重复性的建议。
Gigascience. 2020 Jun 1;9(6). doi: 10.1093/gigascience/giaa056.
9
An invitation to reproducible computational research.可重复计算研究的邀请函。
Biostatistics. 2010 Jul;11(3):385-8. doi: 10.1093/biostatistics/kxq028.
10
Ten simple rules for effective computational research.有效计算研究的十条简单规则。
PLoS Comput Biol. 2014 Mar 27;10(3):e1003506. doi: 10.1371/journal.pcbi.1003506. eCollection 2014 Mar.

引用本文的文献

1
A simple guide to the use of Student's t-test, Mann-Whitney U test, Chi-squared test, and Kruskal-Wallis test in biostatistics.生物统计学中使用学生t检验、曼-惠特尼U检验、卡方检验和克鲁斯卡尔-沃利斯检验的简易指南。
BioData Min. 2025 Aug 20;18(1):56. doi: 10.1186/s13040-025-00465-6.
2
An open-source workflow for identifying hydrodynamic water quality events in rivers by continuous water quality monitoring and time-series data processing using R and US EPA CANARY.一种通过使用R语言和美国环境保护局的CANARY进行连续水质监测和时间序列数据处理来识别河流中水力水质事件的开源工作流程。
MethodsX. 2025 Jul 27;15:103538. doi: 10.1016/j.mex.2025.103538. eCollection 2025 Dec.
3
Challenging the status quo: A guide to open and reproducible neuroimaging for early career researchers.挑战现状:早期职业研究人员的开放和可重复神经影像学指南。
Imaging Neurosci (Camb). 2025 Jun 24;3. doi: 10.1162/IMAG.a.21. eCollection 2025.
4
Encouraging reusability of computational research through Data-to-Knowledge Packages - A hydrological use case.通过数据到知识包促进计算研究的可重复使用性——一个水文案例
Open Res Eur. 2025 Jul 4;5:123. doi: 10.12688/openreseurope.20221.2. eCollection 2025.
5
Glow with the Flow: Reproducible Analysis of Transiently Transformed Protoplasts Using Dual Fluorescent Reporters in R.随流闪耀:利用双荧光报告基因对莱茵衣藻瞬时转化原生质体进行可重复分析
bioRxiv. 2025 Jul 29:2025.07.26.666912. doi: 10.1101/2025.07.26.666912.
6
Gain efficiency with streamlined and automated data processing: Examples from high-throughput monoclonal antibody production.通过简化和自动化数据处理提高效率:来自高通量单克隆抗体制备的示例。
PLoS One. 2025 Jul 1;20(7):e0326678. doi: 10.1371/journal.pone.0326678. eCollection 2025.
7
In Vitro Determination of Cytotoxic Effects of Ten Essential Oils on Which Causes Mastitis in Dairy Cows.十种精油对引起奶牛乳腺炎的[病原体名称未给出]的细胞毒性作用的体外测定
Int J Mol Sci. 2025 Jun 6;26(12):5451. doi: 10.3390/ijms26125451.
8
An open source statistical web application for validation and analysis of virtual cohorts.一个用于虚拟队列验证和分析的开源统计网络应用程序。
Sci Rep. 2025 May 6;15(1):15744. doi: 10.1038/s41598-025-99720-3.
9
Identification of MAD2L1 as a novel biomarker for hepatoblastoma through bioinformatics and machine learning approaches.通过生物信息学和机器学习方法鉴定MAD2L1作为肝母细胞瘤的新型生物标志物。
Front Oncol. 2025 Mar 31;15:1524714. doi: 10.3389/fonc.2025.1524714. eCollection 2025.
10
AnVILWorkflow: A runnable workflow package for Cloud-implemented bioinformatics analysis pipelines.AnVIL工作流程:一个用于云实现的生物信息学分析管道的可运行工作流程包。
F1000Res. 2024 Oct 21;13:1257. doi: 10.12688/f1000research.155449.1. eCollection 2024.

本文引用的文献

1
GigaDB: announcing the GigaScience database.GigaDB:发布 GigaScience 数据库。
Gigascience. 2012 Jul 12;1(1):11. doi: 10.1186/2047-217X-1-11.
2
Ten simple rules for the open development of scientific software.科学软件开放开发的十条简单规则。
PLoS Comput Biol. 2012;8(12):e1002802. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002802. Epub 2012 Dec 6.
3
Next-generation sequencing data interpretation: enhancing reproducibility and accessibility.下一代测序数据解读:提高可重复性和可及性。
Nat Rev Genet. 2012 Sep;13(9):667-72. doi: 10.1038/nrg3305.
4
Drug development: Raise standards for preclinical cancer research.药物研发:提高临床前癌症研究标准。
Nature. 2012 Mar 28;483(7391):531-3. doi: 10.1038/483531a.
5
Reproducible research in computational science.计算科学中的可重复性研究。
Science. 2011 Dec 2;334(6060):1226-7. doi: 10.1126/science.1213847.
6
Data replication & reproducibility. Again, and again, and again .... Introduction.数据复制与可重复性。一而再,再而三,再三地……引言。
Science. 2011 Dec 2;334(6060):1225. doi: 10.1126/science.334.6060.1225.
7
Addressing scientific fraud.应对科学欺诈。
Science. 2011 Dec 2;334(6060):1182. doi: 10.1126/science.1216775.
8
Believe it or not: how much can we rely on published data on potential drug targets?信不信由你:我们能在多大程度上依赖已发表的关于潜在药物靶点的数据?
Nat Rev Drug Discov. 2011 Aug 31;10(9):712. doi: 10.1038/nrd3439-c1.
9
Retractions in the scientific literature: is the incidence of research fraud increasing?科学文献中的撤稿:研究造假的发生率在增加吗?
J Med Ethics. 2011 Apr;37(4):249-53. doi: 10.1136/jme.2010.040923. Epub 2010 Dec 24.
10
Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences.Galaxy:一种支持生命科学领域可访问、可重现和透明计算研究的综合方法。
Genome Biol. 2010;11(8):R86. doi: 10.1186/gb-2010-11-8-r86. Epub 2010 Aug 25.