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使用RNAstructure进行RNA二级结构分析。

RNA Secondary Structure Analysis Using RNAstructure.

作者信息

Mathews David H

机构信息

Department of Biochemistry & Biophysics and Center for RNA Biology, University of Rochester Medical Center, Rochester, New York.

出版信息

Curr Protoc Bioinformatics. 2014 Jun 17;46:12.6.1-12.6.25. doi: 10.1002/0471250953.bi1206s46.

DOI:10.1002/0471250953.bi1206s46
PMID:24939127
Abstract

RNAstructure is a user-friendly program for the prediction and analysis of RNA secondary structure. It is available as a Web server, as a program with a graphical user interface, or as a set of command-line tools. The programs are available for Microsoft Windows, Macintosh OS X, or Linux. This unit provides protocols for RNA secondary structure prediction (using the Web server or the graphical user interface) and prediction of high-affinity oligonucleotide biding sites to a structured RNA target (using the graphical user interface).

摘要

RNAstructure是一个用户友好型程序,用于预测和分析RNA二级结构。它既可以作为网络服务器使用,也可以作为带有图形用户界面的程序使用,还可以作为一组命令行工具使用。这些程序适用于Microsoft Windows、Macintosh OS X或Linux。本单元提供了RNA二级结构预测(使用网络服务器或图形用户界面)以及预测高亲和力寡核苷酸与结构化RNA靶标的结合位点(使用图形用户界面)的实验方案。

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